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データのメタデータ一覧
全 696 件 (636件から640件)
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データ名 データベース名 DOI 説明 データファイル 簡易検索URL データ取得方法 解析方法 データ件数 データ詳細
マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ Transposon insertion site database - germline 10.18908/lsdba.nbdc00718-001

マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ。 トランスポゾン挿入マウス系統に関する実験関連情報(挿入位置に隣接する配列情報等)、挿入位置近傍の遺伝子に関する情報、及びトランスポゾン挿入位置に 関する情報をリストしている。

germline_sb_transposon.zip
(28KB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/germline_sb_transposon

Ligation-mediated PCR (LM-PCR)

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259件
データ詳細 open_in_full
EST配列 Trifolium pratense EST index 10.18908/lsdba.nbdc00782-002

ムラサキツメクサのEST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。 データ件数は38,100件。

Red_clover_tfa.tar.gz
(7.2MB)
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キャピラリーシーケンサー

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38,100件
データ詳細 open_in_full
EST配列一覧 Trifolium pratense EST index 10.18908/lsdba.nbdc00782-001

ムラサキツメクサのEST配列データの一覧。CSV形式のテキストファイル。 データ件数は38,100件。

kazusa_trifo_est.zip
(5.9MB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kazusa_trifo_est

キャピラリーシーケンサー

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38,100件
データ詳細 open_in_full
tRNA配列、アノテーション及びキュレーションのデータ tRNADB-CE 10.18908/lsdba.nbdc00720-001

tRNAの探索結果、キュレーションのデータ。tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム(tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder)を併用し、 予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行った。
判定結果には以下の3種の判定が使用される。
- reliable tRNA gene  (オリジナルサイトでは○)
- ambiguous case (オリジナルサイトでは△)
- not tRNA gene (オリジナルサイトでは×)

取得元によってデータのタイプが9種に分類され、それぞれの内訳は以下の通り。
- Prokaryotic complete genome: 95,512件
- Prokaryotic draft genome (WGS): 196,032件
- Plant: 1,608件
- Fungus: 2,773件
- Virus: 151件
- Phage: 962件
- Chloroplast: 4,376件
- Environmental sample (ENV) from GenBank: 101,837件
- Environmental sample (ENV) from Sequence Read Archive: 54,872件
データ件数は、合計458,123件。 CSV形式のテキストファイル。

trnadb_ce.zip
(22.7 MB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/trnadb_ce

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458,123件
データ詳細 open_in_full
Protein Trypanosomes Database 10.18908/lsdba.nbdc01243-001

タンパク質の情報(配列情報、機能情報、関連する代謝系の情報)をまとめた一覧です。タンパク質の候補阻害剤がある場合は、その化学物質の情報も得られます。

trypanosome.zip
(1.4 KB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/trypanosome

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17 件
データ詳細 open_in_full
データ名 データベース名 DOI 説明 データファイル 簡易検索URL データ取得方法 解析方法 データ件数 データ詳細