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生命科学系データベースアーカイブ

tRNADB-CE

データベースの説明

データベース全般

info 名称 tRNADB-CE
info 名称の読み方 ティーアールエヌエーディービー　シーイー
info 別名 -
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
阿部 貴志*
作成者英名:
Takashi Abe
作成者所属:
新潟大学大学院 自然科学研究科
作成者氏名:
池村 淑道
作成者英名:
Toshimichi Ikemura
作成者所属:
長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室
作成者氏名:
菅原 潤一
作成者英名:
Junichi Sugawara
作成者所属:
慶應義塾大学
作成者氏名:
金井 昭夫
作成者英名:
Akio Kanai
作成者所属:
慶應義塾大学
作成者氏名:
小原 康雄
作成者英名:
Yasuo Ohara
作成者所属:
長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室
作成者氏名:
上原 啓史
作成者英名:
Hiroshi Uehara
作成者所属:
長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室
作成者氏名:
木ノ内 誠
作成者英名:
Makoto Kinouchi
作成者所属:
山形大学
作成者氏名:
金谷 重彦
作成者英名:
Shigehiko Kanaya
作成者所属:
奈良先端科学技術大学院大学
作成者氏名:
山田 優子
作成者英名:
Yuko Yamada
作成者所属:
長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室
作成者氏名:
武藤 昱
作成者英名:
Akira Muto
作成者所属:
弘前大学
作成者氏名:
井口 八郎
作成者英名:
Hachiro Inokuchi
作成者所属:
長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室
info 連絡先 

E-mail :

info データベース分類 RNA配列データベース
info 生物種 

-

info データベースの説明 

エキスパートが精査を加えた、世界的に最も精度が高いtRNA遺伝子データベースで、 シニア世代研究者の専門知識の活用と次世代への知識継承の一つのモデルケースとして、 長浜バイオ大学で行っている取り組みの産物です。 具体的には、既存の複数のtRNA遺伝子検索プログラムを用いて、 塩基配列の解読された原核生物・真核生物・ウイルスのゲノムや環境由来DNA配列からtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、 プログラム間で相違のあるケースについては、エキスパートがマニュアルにより精査しています。

info データベースの特長・有用性・活用方法 
  • バクテリアと古細菌の1625 の完全長ゲノムや2993 のドラフトゲノム、151 のウイルスの完全長ゲノム、121 の葉緑体の完全長ゲノム、12 の真核生物(植物と菌類)の完全長ゲノム、約2 億3000 万の環境由来DNA 配列を 対象に、tRNA 遺伝子の網羅的な探索を行って構築。
  • tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム（tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder）を併用し、 予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行っている。
  • 生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA 遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャー isoaccepting tRNA が解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNA が解読するコドン(不適合コドン) が調べられる。

 

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
文部科学省「ライフサイエンス統合データベース」プロジェクト
info 論文等 
文献名:
tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts.
著者名:
Abe T, Ikemura T, Ohara Y, Uehara H, Kinouchi M, Kanaya S, Yamada Y, Muto A, Inokuchi H.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D163-8.
外部リンク:
 
文献名:
tRNADB-CE 2011: tRNA gene database curated manually by experts.
著者名:
Abe T, Ikemura T, Sugahara J, Kanai A, Ohara Y, Uehara H, Kinouchi M, Kanaya S, Yamada Y, Muto A, Inokuchi H.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D210-3.
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

info オリジナルサイト 
info 運用開始年月日 2008/7/1
info 最終更新年月日 2012/7/23
info 統括サイト -
info データの一括ダウンロードサイト 
info 参照先データベース 

DDBJ/EMBL/GENBANK

info 一覧表示 有り
info クエリ検索 有り
info Webサービス 無し
info WebサービスURL -
info ユーザ登録 無し