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データ説明
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データ名
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tRNA配列、アノテーション及びキュレーションのデータ
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00720-001
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データ内容の説明
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tRNAの探索結果、キュレーションのデータ。tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム（tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder）を併用し、 予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行った。
判定結果には以下の３種の判定が使用される。
- reliable tRNA gene (オリジナルサイトでは○）
- ambiguous case （オリジナルサイトでは△）
- not tRNA gene （オリジナルサイトでは×）
取得元によってデータのタイプが9種に分類され、それぞれの内訳は以下の通り。
- Prokaryotic complete genome: 95,512件
- Prokaryotic draft genome (WGS): 196,032件
- Plant: 1,608件
- Fungus: 2,773件
- Virus: 151件
- Phage: 962件
- Chloroplast: 4,376件
- Environmental sample (ENV) from GenBank: 101,837件
- Environmental sample (ENV) from Sequence Read Archive: 54,872件
データ件数は、合計458,123件。 CSV形式のテキストファイル。
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データファイル
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データファイル名 :
trnadb_ce.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
22.7 MB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/trnadb_ce
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データ取得方法
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-
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解析方法
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-
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データ件数
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458,123件
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データ詳細
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項目名
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項目の説明
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| Data type |
取得したデータのタイプ。"Prokaryotic complete genome", "Prokaryotic draft genome (WGS)", "Plant", "Fungus", "Virus", "Phage", "Chloroplast", "Environmental sample (ENV) from GenBank", "Environmental sample (ENV) from Sequence Read Archive"の9種に分類される。 |
| Sequence ID |
配列ID |
| Genome ID |
ゲノムID (DDBJ GIBのゲノムIDを利用) |
| Phylum/Class |
系統名 |
| Species |
生物種名 |
| Start position |
ゲノム上でのtRNA遺伝子開始位置 |
| End position |
ゲノム上でのtRNA遺伝子終了位置 |
| Direction |
ゲノム上でのtRNA遺伝子の向き |
| Amino Acid |
アミノ酸タイプ |
| Anticodon |
アンチコドン |
| 1st Intron start position |
第1イントロンの挿入開始位置 |
| 1st Intron end position |
第1イントロンの挿入終了位置 |
| Seq |
tRNA配列 |
| Upstream seq. |
tRNA遺伝子上流配列(10bp) |
| tRNA1-7 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造(*1) の１から７のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA8-9 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の８から９のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA10-13 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の１０から１３のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA14-21 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の１４から２１のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA22-25 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の２２から２５のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA26 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の２６のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA27-31 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の２７から３１のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA32-38 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の３２から３８のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA39-43 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の３９から４３のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA44-48 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の４４から４８のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA49-53 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の４９から５３のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA54-60 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の５４から６０のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA61-65 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の６１から６５のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA66-72 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の６６から７２のtRNA遺伝子配列 |
| tRNA73-76 |
tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の７３から７６のtRNA遺伝子配列 |
| Downstream seq. |
tRNA遺伝子下流配列(10bp) |
| 1st Intron seq. |
第1イントロン配列 |
| 2nd Intron start position |
第2イントロン挿入開始位置 |
| 2nd Intron end position |
第2イントロン挿入終了位置 |
| 2st Intron seq. |
第2イントロン配列 |
| Decision from Dr. Muto |
判定結果1 (武藤先生) |
| Decision from Dr. Inokuchi |
判定結果2 (井口先生) |
| Decision from Dr. Yamada |
判定結果3 (山田先生) |
| Comment of Dr. Muto |
コメント1 (武藤先生) |
| Comment of Dr. Inokuchi |
コメント2 (井口先生) |
| Comment of Dr. Yamada |
コメント3 (山田先生) |
| Final decision |
最終判定結果 |
| Comments |
コメント |
| Original database |
ゲノム配列の取得元情報 |
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