マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ

-

トランスポゾン挿入マウスのID

染色体上のトランスポゾン挿入位置に隣接するDNA配列ID

系統の由来するドナーマウス

LM-PCRによって決定されたトランスポゾン挿入位置に隣接するDNA配列

-

遺伝子の名称 （トランスポゾンが挿入された遺伝子、または挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の名称） ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「No_gene(<50kb)」と記載 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載

・アーカイブファイルでは、空欄 ・TogoDBでは、NCBIのEntrez Geneで同じ遺伝子名で哺乳類の範囲で検索したページへのリンク

遺伝子産物名 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載

遺伝子に対応するMGIエントリのID ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載

・アーカイブファイルでは、空欄 ・TogoDBではMGIへのリンク

遺伝子に対応するEntrezGeneエントリのID ・TogoDBではEntrezGene Full Repoprtへのリンクを付加

遺伝子に対応するNCBI Accession番号 ・TogoDBではNCBIへのリンクを付加

遺伝子に対応するヒトのオーソログ遺伝子の、ヒト染色体マップ上の位置 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載 ・遺伝子が存在しても、対応するヒトのオーソログ遺伝子がない場合も、「N/D」と記載

-

染色体上のトランスポゾン挿入位置の両側100kbの領域の境界座標 ・TogoDBではUCSCブラウザへのリンクを付加 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載

染色体上のトランスポゾン挿入位置の染色体番号 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載

染色体上のトランスポゾン挿入位置の座標 ・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載

トランスポゾン挿入位置の遺伝子構造との関係 ・5 prime　：　遺伝子の1番目のエクソンの5’側の領域 ・3 prime　：　遺伝子の最後のエクソンの3’側の領域 ・intron n　：　遺伝子のn番目のイントロン領域 ・exon n　：　遺伝子のn番目のエクソン領域 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載

トランスポゾン挿入位置から、遺伝子末端位置までの塩基数 ・disrupt CDS : Locationがintron又はexonの場合、挿入位置が翻訳配列内にある場合 ・not disrupt CDS : Locationがintron又はexonの場合、挿入位置が翻訳配列外にある場合 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載

トランスポゾン挿入の向き ・Same ：挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の向きとトランスポゾンの向きが同じ場合 ・Inv   ：挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の向きとトランスポゾンの向きが反対の場合 ・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載