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生命科学系データベースアーカイブ

Transposon insertion site database - germline

マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ

データ説明

info データ名 マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ
info DOI 
info データ内容の説明 

マウス生殖系列のSBトランスポゾン挿入部位データ。 トランスポゾン挿入マウス系統に関する実験関連情報（挿入位置に隣接する配列情報等）、挿入位置近傍の遺伝子に関する情報、及びトランスポゾン挿入位置に 関する情報をリストしている。

info データファイル 
データファイル名:
germline_sb_transposon.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/germline_sb_transposon/LATEST/germline_sb_transposon.zip
ファイルサイズ:
28KB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

Ligation-mediated PCR (LM-PCR)

info 解析方法 

-

info データ件数 

259件

データ詳細

項目名項目の説明
実験関連情報
Mouse_ID トランスポゾン挿入マウスのID
Seq_ID 染色体上のトランスポゾン挿入位置に隣接するDNA配列ID
Donor 系統の由来するドナーマウス
Flanking Sequence LM-PCRによって決定されたトランスポゾン挿入位置に隣接するDNA配列
遺伝子関連情報
Mouse_Symbol 遺伝子の名称
（トランスポゾンが挿入された遺伝子、または挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の名称）
・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「No_gene(<50kb)」と記載
・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載
Link to Entrez (Mammalia) ・アーカイブファイルでは、空欄
・TogoDBでは、NCBIのEntrez Geneで同じ遺伝子名で哺乳類の範囲で検索したページへのリンク
Product 遺伝子産物名
・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載
MGI 遺伝子に対応するMGIエントリのID
・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「ND」と記載
Link to MGI ・アーカイブファイルでは、空欄
・TogoDBではMGIへのリンク
EntrezGene 遺伝子に対応するEntrezGeneエントリのID
・TogoDBではEntrezGene Full Repoprtへのリンクを付加
Accession# 遺伝子に対応するNCBI Accession番号
・TogoDBではNCBIへのリンクを付加
Human Map 遺伝子に対応するヒトのオーソログ遺伝子の、ヒト染色体マップ上の位置
・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
・遺伝子が存在しても、対応するヒトのオーソログ遺伝子がない場合も、「N/D」と記載
トランスポゾン挿入位置関連情報
UCSC Viewer 染色体上のトランスポゾン挿入位置の両側100kbの領域の境界座標
・TogoDBではUCSCブラウザへのリンクを付加
・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載
Chromosome 染色体上のトランスポゾン挿入位置の染色体番号
・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載
Position 染色体上のトランスポゾン挿入位置の座標
・挿入位置の隣接配列が染色体上にマッピングできなかった場合は、「:0」と記載
Location トランスポゾン挿入位置の遺伝子構造との関係
・5 prime　：　遺伝子の1番目のエクソンの5’側の領域
・3 prime　：　遺伝子の最後のエクソンの3’側の領域
・intron n　：　遺伝子のn番目のイントロン領域
・exon n　：　遺伝子のn番目のエクソン領域
・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
Distance(Base) トランスポゾン挿入位置から、遺伝子末端位置までの塩基数
・disrupt CDS : Locationがintron又はexonの場合、挿入位置が翻訳配列内にある場合
・not disrupt CDS : Locationがintron又はexonの場合、挿入位置が翻訳配列外にある場合
・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載
Mutagen Direction トランスポゾン挿入の向き
・Same ：挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の向きとトランスポゾンの向きが同じ場合
・Inv   ：挿入位置から±50kb内の最近接遺伝子の向きとトランスポゾンの向きが反対の場合
・挿入位置から±50kb内に遺伝子が見つからなかった場合は、「N/D」と記載