「Medaka Full-length cDNA Database」はメダカ近交系Hd-rRⅡ1の完全長cDNAライブラリー11種に由来するcDNA配列のデータベース （基礎生物学研究所 成瀬清准教授）です。
「RIKEN SSBC」は高等動植物等タンパク質の結晶観察画像・Ｘ線回折画像・付随実験情報のデータベース（理化学研究所 横山茂之領域長）です。
「D-HaploDB」は全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイ プと連鎖不平衡構造のデータベース（九州大学 林健志名誉教授）です。
「Plabrain DB」はプラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の単一細胞での発現情報と、Whole-mount in situ hybridizationおよび組織免疫染色による画像データを収録したものです。
このデータベースの作成者は阿形清和 （京都大学） ･西村周泰 （京都大学）･西村理 （京都大学）･林哲太郎 （理化学研究所）･樽井寛（理化学研究所）です。
「MDeR」（The metadata element repository in life sciences）はライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリです。文部科学省委託研究開発事業 「統合データベースプロジェクト」により作成・公開されているものです。
「HHDB」は中性子回折法や高分解能Ｘ線回折法による生体高分子の立体構造中の、水素や水和水、水素結合のデータベース（日本原子力研究開発機構 玉田太郎グループリーダー・岡崎伸生研究員）です。
「Open TG-GATEs」は、131の化合物をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現と毒性のデータベースです。このデータベースは、独立行政法人医薬基盤研究所、国立医薬品食品衛生研究所および製薬企業（15社）が参画したトキシコゲノミクスプロジェクトにより作成されました。
「PGE」は、マウス胚の初期発生における遺伝子発現パターンデータベースです。このデータベースは、ERATO土居バイオアシンメトリプロジェクトと独立行政法人科学技術振興機構により作成されました。
「Micro-Tom BAC End Sequence Database」はトマト品種マイクロトムのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース（筑波大学 浅水恵理香准教授）です。
「Mouse B6N BAC Clone Database」はマウス （C57BL/6N系統）のBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース（理化学研究所 吉木淳室長）です。
