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Plabrain DB

データベースの説明

データベース全般

Plabrain DB
プラブレイン ディービー
Planarian Brain Database
作成者氏名: 阿形 清和*
英名: Kiyokazu Agata
所属: 京都大学
作成者氏名: 西村 周泰
英名: Kaneyasu Nishimura
所属: 京都大学
作成者氏名: 西村 理
英名: Osamu Nishimura
所属: 京都大学
作成者氏名: 林 哲太郎
英名: Tetsutaro Hayashi
所属: 理化学研究所 発生･再生科学総合研究センター
作成者氏名: 樽井 寛
英名: Hiroshi Tarui
所属: 理化学研究所 発生･再生科学総合研究センター
〒606-8502
京都市左京区北白川追分町
京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 生物物理学教室 分子発生学講座
Email: planaria-nerves_ad
マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース
Taxonomy Name: Dugesia japonica
Taxonomy ID: 6161
プラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の、単一細胞ごとの遺伝子発現情報、Whole-mount in situ hybridizationによる発現解析、および組織免疫染色による解析データを収録したデータベース。 特に、FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)を用いた半定量的single-cell PCR (FBSC-PCR)手法による、単一細胞レベルの発現解析結果の初めての公開となる。
半定量的single-cell RT-PCRとFACSを組み合わせた独自の手法により、プラナリアの単一ニューロンごとの遺伝子の発現パターンを解析し公開した点が特長である。ScholarpediaのPlanaria nervous systemを本データベースと併せて参照されたい。またin situ hybridizationデータについては、JT生命誌研究館のサイトから公開されている「Oh!脳」でも、関連するいくつかの遺 伝子の情報を閲覧できる。
本データベースについて、single cellでの遺伝子プロファイル法については、代表者が理化学研究所・発生再生総合科学研究センターに所属する時に確立されたものである。神経特異的な遺伝子の解析については、学術創成研究 (平成17-21年度、課題番号:17GS0318)『プラナリアの再生組織構築を決定する位置情報システムの解明』の成果として作成されたものである。
文献名: Single-cell gene profiling utilizing FACS and its “index sorting” function for stem cell research
著者名: Tetsutaro Hayashi, Norito Shibata, Ryo Okumura, Tomomi Kudome, Osamu Nishimura, Hiroshi Tarui and Kiyokazu Agata
雑誌名/掲載年月/号: Dev Growth Differ., 52, 131-144 (2010)
Pubmed ID: 20078655
文献名: Analysis of motor function modulated by cholinergic
neurons in planarian Dugesia japonica
著者名: Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takashi Taniguchi and
Kiyokazu Agata
雑誌名/掲載年月/号: Neuroscience, 168, 18-30 (2010)
Pubmed ID: 20338223
文献名: Planarians change their body size by maintaining a constant ratio of different cell types using stem cell system
著者名: Hiroyuki Takeda, Kaneyasu Nishimura and Kiyokazu Agata
雑誌名/掲載年月/号: Zoolog. Sci., 26, 805-813.
Pubmed ID: 19968467
文献名: Characterization of tyramine beta-hydroxylase in planarian Dugesia japonica: Cloning and expression
著者名: Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono, Kanji Yoshimoto, Takashi Taniguchi and Kiyokazu Agata
雑誌名/掲載年月/号: Dev Growth Differ., 52, 131-144 (2010)
Pubmed ID: 20078655
文献名: Identification and distribution of tryptophan hydroxylase (TPH)-positive neurons in the planarian Dugesia japonica
著者名: Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono, Kanji Yoshimoto, Kosei Takeuchi, Takashi Taniguchi and Kiyokazu Agata
雑誌名/掲載年月/号: Neurosci. Res., 59, 101-106 (2007)
Pubmed ID: 17624455
文献名: Reconstruction of dopaminergic neural network and recovery of behavioral function in planarian regenerates
著者名: Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono, Shozo Sano, Kanji Yoshimoto, Masatoshi Inden, Kazuyuki Takata, Takashi Taniguchi, Shun Shimohama and Kiyokazu Agata
雑誌名/掲載年月/号: Dev. Neurobiol., 67, 1059-1078 (2007)
Pubmed ID: 17565705

データベースのオリジナルサイト情報

京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 生物物理学教室 分子発生学講座
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