データベースの説明

トキシコゲノミクスデータベース

トキシコゲノミクスプロジェクト（Toxicogenomics Project、TGP ）は、独立行政法人医薬基盤研究所、国立医薬品食品衛生研究所および製薬企業（15社）が参画した官民共同プロジェクトであり、平成14年度から平成18年度までの5年間をかけて、150の化合物（医薬品等）をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現情報および毒性情報を取得し、大規模かつ良質なトキシコゲノミクスデータベースを構築しました。さらに当データベースに解析および毒性予測システムの機能を付加したTG-GATEs（Toxicogenomics Project-Genomics Assisted Toxicity Evaluation system）の開発も達成しています。
TGP2（Toxicogenomics Informatics Project、トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト）は、独立行政法人医薬基盤研究所、国立医薬品食品衛生研究所および企業13社が参画したTGPの後継プロジェクトであり、平成19年度から平成23年度までの5年間をかけ、TG-GATEsを活用して30種以上の安全性バイオマーカーの開発を達成しました。バイオマーカーの検証あるいは機序解析等を目的にTGP2で取得された追加データもTG-GATEsに収載されています。

Open TG-GATEsは、TGPおよびTGP2の研究成果を幅広い研究者に活用して頂くために開発した一般公開用のトキシコゲノミクスデータベースであり、TG-GATEsに格納されているデータの中から170化合物に係るデータを公開しています。データの絞り込みにおいては、化合物名を起点とした検索と臓器別病理所見を起点とした検索を行うことが出来ます。また病理所見等のフェノタイプデータに紐付けされた遺伝子発現データをCEL(*)ファイルとしてダウンロードすることが可能です。

(*)CELは、Affymetrix GeneChip®で取得された遺伝子発現データ（生データ）を表現する一つのファイル形式です。

化合物名を起点とした検索と臓器別病理所見を起点とした検索を行うことが出来ます。また病理所見等のフェノタイプデータに紐付けされた遺伝子発現データをCELファイルとしてダウンロードすることが可能です。