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生命科学系データベースアーカイブ

「Open TG-GATEs 病理写真データベース」(トキシコゲノミクスプロジェクト/トキシコゲ ノミクス・インフォマティクスプロジェクト)を追加しました

「Open TG-GATEs 病理写真データベース」は160の化合物を用いて実施した動物試験で作製した肝臓および腎臓の病理標本の高解像度画像データベース(トキシコゲノミクスプロジェクト/トキシコゲ ノミクス・インフォマティクスプロジェクト)です。

また本アーカイブの公開にあたり、既に公開されている「Open TG-GATEs」においても、3つの簡易検索ページ上の「Open TG-GATEs 病理写真データベース」へのリンクの追加と、それに伴うメタデータの変更を行いました(データ本体には追加や変更はありません)。

「GenoBase ver.6」(奈良先端科学技術大学院大学 森浩禎教授)を追加しました

「GenoBase ver.6」は大腸菌Escherichia coliのORF情報を中心に、遺伝子・クローン・PPI実験・文献等の関連データを収録したデータベース(奈良先端科学技術大学院大学 森浩禎教授)です。

「KNApSAcK Family」(奈良先端科学技術大学院大学 金谷重彦教授)を追加しました

「KNApSAcK Family」は生物種と代謝物の関係および薬用・食用植物の機能性に関するデータベース(奈良先端科学技術大学院大学 金谷重彦教授)です。

「Open TG-GATEs」(トキシコゲノミクスプロジェクト/トキシコゲ ノミクス・インフォマティクスプロジェクト)のデータを更新しました

「Open TG-GATEs」は多数の化合物をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現と毒性のデータベースです。今回の更新では、トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト(TGP2)において取得された39化合物,約3000件のデータを追加するとともに、これまでアーカイブに含まれていなかった各種毒性情報(in vitro試験における細胞生存率やin vivo試験における肝臓・腎臓での病理所見・臓器重量・血液・体重・摂餌などの情報)を追加しました。

「Mouse B6N BAC Clone Database」(理化学研究所 吉木淳室長)のデータを更新しました

「Mouse B6N BAC Clone Database」はマウス (C57BL/6N系統)のBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース(理化学研究所 吉木淳室長)です。今回の更新では平成22年度に取得した末端配列情報 (DDBJに登録されたGA000001 - GA131507の131,507エントリー)を追加しました。

「DGBY」 (食品総合研究所 安藤聡 主任研究員 ) を追加しました

「DGBY」はパン酵母遺伝子の製パン関連ストレス下での発現と破壊株表現型を網羅的に解析したストレス耐性に関するデータベース(食品総合研究所 安藤聡 主任研究員)です。

「FANTOM web resource」 (理化学研究所 林崎良英領域長) を追加しました

「FANTOM web resource」はCAGE法を使って得られたゲノムワイドな転写開始点等のデータベース (理化学研究所 林崎良英領域長)です。

「The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis」 (日立製作所) を追加しました

「The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis」はイネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できる システムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベース (日立製作所)です。

「INOH」 (the INOH database project) を追加しました

「INOH」は専門家が文献から抽出した生体内分子機序に関する知識(パスウェイ)を、様々な機械処理が可能な形式で電子化したデータベース(the INOH database project)です。

「Fluorome」(早稲田大学 園池公毅教授)のデータをver 2.01に更新しました

「Fluorome」は、シアノバクテリアの変異株ごとに表現型としてクロロフィル蛍光強度の時間変化を取得したデータベース(早稲田大学 園池公毅教授)です。今回の更新(オリジナルデータver. 2.01相当)では、データが多数追加され、変異体間の類似度距離の計算方法が変更されています。