データベースのメタデータ検索
| データベース名称 ⇅ | DOI ⇅ | データベース分類 ⇅ | 生物種 ⇅ | 説明 ⇅ | データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅ | 運用場所 ⇅ | 利用許諾 ⇅ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
RGP caps
(RGP: 332 PCR-based genetic markers on rice chromosomes) |
10.18908/lsdba.nbdc00318-05-000 |
植物データベース-イネ
配列
PCRマーカー
|
Oryza sativa
(4530)
|
我々は161個のsequence tagged site(STS)マーカーと171個のcleaved amplified polymorphic sequence (CAPS)マーカーを含む、332個のPCR法による遺伝マーカーを開発しました。このページではこれらマーカー情報を提供します。 |
STSマーカーやCAPSマーカーについての染色体上の位置、プライマー配列、増幅断片（日本晴）の大きさ、制限酵素といったあらゆる情報を表にまとめました。これらのマーカーは、日本晴（ジャポニカ種）とKasalath（インディカ種）間の多型検出のために開発されました。これらのマーカーによる多型検出は、品種または系統の組合せに依存しますが、他の組合せでの分析に利用することができます。
|
CC 表示-継承 | |
|
RGP estmap2001
(RGP : A YAC-Based Rice Transcript Map Containing 6591 EST Sites) |
10.18908/lsdba.nbdc00318-04-000 |
植物データベース-イネ
ゲノム
配列
|
Oryza sativa
(4530)
|
このデータベースは、「Wu et al, Plant Cell 14, 2002」に掲載したYACベースのイネ転写産物地図に関する情報を提供しています。イネ転写産物地図作成に使用された6,591個のEST部位情報が含まれています。 |
表や図（ダウンロード用のMicrosoft ExcelフォーマットおよびPDFフォーマットあり）の形式で、YACベースのイネ転写産物地図の詳細を提供します。表には、クローン特異的なESTプライマーを用いた、PCR法によるYACスクリーニングの詳細な結果が含まれています。 図には、割り当てられたEST部位でのイネの遺伝地図、および、YAC物理地図が含まれています。
|
CC 表示-継承 | |
|
GlycoProtDB
(GPDB) |
10.18908/lsdba.nbdc00797-000 |
構造データベース―炭水化物(Carbohydrates)
|
Homo sapiens
(9606)
Mus musculus
(10090)
Caenorhabditis elegans
(6239)
|
質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質のデータベース。由来の生物種、試料組織、同定されたタンパク質の アミノ酸配列上の糖鎖付加位置、当該部位を含む糖ペプチドと親和性を示すレクチンの種類、の他、アミノ酸配列上の構造モチーフ(シグナル配列や膜貫通領域 の予測データ)、および同定された糖タンパク質の類縁分子についての外部データベースへのリンク、を含む。 |
興味あるタンパク質に糖鎖が結合しているか、結合している場合はその位置と、その部位に結合している糖鎖と親和性を示したレクチン名を知ることができる。 ただし、結合していないことを確定することはできない。糖鎖付加位置情報は膜タンパク質の配向を推定するために有効であり、また配向の予測プログラムを開 発する際の学習セットとして利用できる。またマウスタンパク質については、発現している組織の情報を得られる。 |
独立行政法人 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター グライコプロテオーム解析チーム |
CC 表示-継承 |
|
PCDq
(Protein Complex Database with complex quality index) |
10.18908/lsdba.nbdc01200-000 |
タンパク質複合体データベース
|
Homo sapiens
(9606)
|
PCDq は、予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベースです。 |
BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2Hの６つの蛋白質間相互作用（PPI）データを整理統合し、PPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体が予測され、それらを文献と比較し修正することで、既知の複合体情報と予測された複合体情報の両方を格納しています。既知と予測のサブユニットを区別・活用するため、品質管理指数（complex quality index: CQI）を、各複合体に付与しています。また、複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapがあります。
|
産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター |
CC 表示-継承 |
|
RGP gmap2000
(RGP: The Latest High-Density Rice Genetic Map, Including 3267 Markers) |
10.18908/lsdba.nbdc00318-03-000 |
植物データベース-イネ
ゲノム
配列
|
Oryza sativa
(4530)
|
このデータベースでは、1998年の高密度RFLP連鎖地図公開以降に生成された1000近いRFLPマーカーを含む、3267個のRFLPマーカー情報で構成される連鎖地図（2000年版）を提供します。 |
連鎖地図データは12の染色体毎に表で表示され、各染色体毎に短腕のテロメア末端からの地図上の位置（遺伝的距離をcMで表示）、マーカー名、RFLP分析でプローブとして使用した挿入断片である5'末端と3'末端配列のDDBJ accession番号（入手可能な場合のみ）が含まれます。
|
CC 表示-継承 | |
| データベース名称 | DOI | データベース分類 | 生物種 | 説明 | データベースの特長・有用性・活用方法 | 運用場所 | 利用許諾 |