いくら良質なデータベースでも、説明が十分でない、利用条件が明確でない、ダウンロードできないなどの理由で十分に利用され、引用され、相応しい評価をうける機会を逃していることがあります。
生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管し、データ説明（メタデータ）を統一して検索 を容易にすると共に、利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするサービスです （詳細説明）。
データを長期にわたり保全し、データベース作成者のクレジットを明示する一方、公的機関や民間等様々なユーザが利用しやすい形にすることで、それぞれの研究の生命科学へのいっそうの貢献を支援します。 データベースの寄託を随時募集しています（寄託応募要領）。
| データベース | データベース運用場所 | 代表者 | データベースカテゴリ | 生物種 | 要約（キーワードを太字表示） | 利用許諾 | |
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| データベース | データベース運用場所 | 代表者 | データベースカテゴリ | 生物種 | 要約（キーワードを太字表示） | 利用許諾 | |
WINGpro 
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科学技術振興機構 |
- | カタログ | - | ライフサイエンス分野のデータベースの情報を収集、整理、分類したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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生物アイコン 
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バイオサイエンスデータベースセンター |
大久保 公策 | 画像 | 生物全般 | 細菌から動植物まで200種以上の生物種の画像（アイコン）を収録したデータベース | CC 表示 詳細 |
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KNApSAcK Family 
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奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 |
金谷 重彦 | 代謝物 | 植物 | 生物種と代謝物の関係および薬用・食用植物の機能性に関するデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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せいめいかがくけいしゅようぷろじぇくといちらん 
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バイオサイエンスデータベースセンター |
西川 哲夫 | カタログ | - | 日本国内の主要プロジェクトに関する情報（体制、予算、概要、データベースサイト、ダウンロードサイト、報告書や文献へのリンク情報等）を収集したカタログ型のデータベース。 | CC 表示-継承 詳細 |
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ゲノム解析ツールリンク集 
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科学技術振興機構 |
- | カタログ | - | 分子生物学分野のデータ解析に欠かせないツール提供サイトへのリンク集 | CC 表示-継承 詳細 |
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Webリソースポータルサイト 
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科学技術振興機構 |
- | カタログ | - | バイオインフォマティクス解析に役立つツールやワークフローなどのリソース情報をまとめたデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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eSOL 
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文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム |
田口 英樹 | 蛋白質 | 大腸菌 | 試験管内合成系で大腸菌の全タンパク質を発現した際の凝集の度合い（可溶率）と、シャペロンによる凝集抑制効果のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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tRNADB-CE 
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長浜バイオ大学 生体分子情報学研究室 |
阿部 貴志 | RNA配列 | 原核生物 | 世界的に最も精度が高い、エキスパートが精査を加えたtRNA 遺伝子データベース | CC 表示-継承 詳細 |
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GDBS 
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産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報センター |
五條堀 孝 | 遺伝子多型 | ヒト | 多因子性疾患（関節リウマチ、尋常性乾癬、摂食障害）に関する遺伝子多型情報をタイピングにより解析したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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ClEST 
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産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門 生物共生進化機構研究グループ |
森山 実 | cDNA | トコジラミ | トコジラミCimex leculariusのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列(EST)のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Open TG-GATEs 病理写真データベース 
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独立行政法人 医薬基盤研究所 |
トキシコゲノミクスプロジェクト | トキシコゲノミクスデータベース | ラット | 160の化合物を用いて実施した動物試験で作製した肝臓および腎臓の病理標本の高解像度画像データベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Open TG-GATEs 
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独立行政法人 医薬基盤研究所 |
トキシコゲノミクスプロジェクト | トキシコゲノミクスデータベース | ヒト、ラット | 170の化合物をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現と毒性のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DIAM - 微生物情報 
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バイオインダストリー協会 |
- | 文献 | 微生物全般 （ウイルス、真正細菌界、古細菌界、菌界、原生生物界を含む） | 微生物の同定・分類関連情報、安全関連情報、利用関連情報データベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DIAM - バイオセイフティ関連の法規制 
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バイオインダストリー協会 |
- | 文献 | - | 国内外のバイオセイフティ関連の法規制についての文献集およびQ&A | CC 表示-継承 詳細 |
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GenoBase ver.6 
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奈良先端科学技術大学院大学 生体情報学講座 |
森 浩禎 | DNA配列、遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位 | 大腸菌 | 大腸菌Escherichia coliのORF情報を中心に、遺伝子・クローン・PPI実験・文献等の関連データを収録したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Mouse BAC Clone Database 
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理化学研究所バイオリソースセンター 実験動物開発室 |
吉木 淳 | DNA配列 | マウス | マウス (C57BL/6N系統)のBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DGBY 
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独立行政法人 農業・食品産業技術総合研究機構 食品総合研究所 |
安藤 聡 | 発現 | 酵母 | パン酵母遺伝子の製パン関連ストレス下での発現と破壊株表現型を網羅的に解析したストレス耐性に関するデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Fluorome 
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早稲田大学 教育学部理学科 |
園池 公毅 | 変異体・表現型 | シアノバクテリア | 原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得し、変異株間で定量比較したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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INOH 
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東京大学大学院新領域創成科学研究科 |
高木 利久 | 代謝系/シグナル伝達経路 | 各種モデル生物（ヒト、マウス、ラット）を含む | 専門家が文献から抽出した生体内分子機序に関する知識（パスウェイ）を、様々な機械処理が可能な形式で電子化したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis
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農業生物資源研究所 |
篠村 知子 | 表現型 | イネ | イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できる システムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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FANTOM web resource 
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理化学研究所 オミックス基盤研究領域 |
林崎 良英 | 発現 | ヒト マウス |
CAGE法を使って得られたゲノムワイドな転写開始点等のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Medaka Full Length cDNA Database 
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自然科学研究機構 基礎生物学研究所 進化多様性生物学領域 バイオリソース研究室 |
成瀬 清 | cDNA | メダカ | メダカ近交系Hd-rRⅡ1の完全長cDNAライブラリー11種に由来するcDNA配列データベース | CC 表示-継承 詳細 |
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D-HaploDB 
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九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野 |
林 健志 | 多型 | ヒト | 全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプと連鎖不平衡構造のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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RIKEN SSBC 
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独立行政法人 理化学研究所 生命分子システム基盤研究領域 |
横山 茂之 | 立体構造 | ヒト、マウス | 高等動植物等タンパク質の結晶観察画像・Ｘ線回折画像・付随実験情報のデータベース | CC 表示-非営利-改変禁止 詳細 |
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Micro-Tom BAC Clone Database 
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筑波大学大学院生命環境科学研究科遺伝子実験センター |
浅水 恵理香 | DNA配列 | トマト | トマト品種マイクロトムのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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PGE 
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独立行政法人 科学技術振興機構 |
ERATO土居バイオアシンメトリプロジェクト | 発現 | マウス | マウス胚の初期発生における遺伝子発現パターンデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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HHDB 
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日本原子力研究開発機構 |
玉田 太郎 | 立体構造 | 生物全般 | 水素及び水和水を含むタンパク質や核酸の立体構造データ（中性子回折法や高分解能Ｘ線回折法による）に含まれる水素結合のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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MDeR 
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科学技術振興機構 |
- | メタデータ要素 | - | ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト | CC 表示-継承 詳細 |
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Plabrain DB 
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京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 生物物理学教室 分子発生学講座 |
阿形 清和 | 発現, 局在 | プラナリア | プラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の単一細胞での発現情報と、Whole-mount in situ hybridizationおよび組織免疫染色による画像データを収録したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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MAGEST 
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東京大学 医科学研究所 |
真壁 和裕 | cDNA | マボヤ | マボヤの遺伝子発現とESTのデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Medaka EST Database 
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東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 動物科学大講座動物発生学研究室 |
武田 洋幸 | cDNA、発現 | メダカ | メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、medaka microarray 8Kのデータ | CC 表示-継承 詳細 |
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Heterozygosity of the Microsatellite Markers in the Japanese Population 
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九州大学 生体防御医学研究所付属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野 |
山本 健 | 多型 | ヒト | 日本人におけるマイクロサテライトマーカーへテロ接合度のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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TMPDB 
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弘前大学大学院 理工学研究科 電子情報工学科 |
清水 俊夫 | 蛋白質 | 生物全般 | 膜貫通トポロジーモデルと各種トポロジー予測法の性能検証結果のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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RA target genes in the Ciona embryo 
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高知大学 理学部 応用理学科 |
藤原 滋樹 | 発現 | カタユウレイボヤ | カタユウレイボヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子候補のマイクロアレイによる発現解析とWhole mount in situ hybridizationによる画像のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DIAM - 安全性に関する文献 
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バイオインダストリー協会 |
- | 文献 | - | バイオテクノロジーにおける安全性に関する文献情報データベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DIAM - バイオテクノロジーの基礎知識 
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バイオインダストリー協会 |
- | 文献 | - | バイオテクノロジーの安全性についての解説、用語説明、Q& | CC 表示-継承 詳細 |
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The NAISTrap database 
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奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 動物遺伝子機能学講座 |
石田 靖雅 | 変異体・発現 | マウス | 遺伝子トラップで得たマウスES細胞のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DGSP Database - Drosophila Gene Search Project Database 
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首都大学東京 大学院理工学研究科 生命科学専攻 細胞遺伝学研究室 |
相垣 敏郎 | 変異体 | ショウジョウバエ | ショウジョウバエのGSベクター挿入系統のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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EGTC - Database for the Exchangeable Gene Trap Clones 
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熊本大学 生命資源研究・支援センター |
荒木 正健 | 変異体 | マウス | マウスの可変型遺伝子トラップクローンのデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Transposon insertion site database - germline 
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大阪大学大学院 医学系研究科 環境・生体機能学 |
堀江 恭二 | 変異体 | マウス | Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスに関するデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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HATODAS 
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独立行政法人理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター |
国島 直樹 | 立体構造 | 生物全般 | タンパク質のＸ線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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KTmAbDB 
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理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 発生ゲノミクス研究チーム |
杉本 亜砂子 | 局在 | 線虫 | 線虫C. elegans胚の特異的な細胞種・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションのデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Atlas (ISH Data Base) 
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筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報 |
漆原 秀子 | 発現 | 粘菌 | Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、 Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの | CC 表示-継承 詳細 |
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GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database 
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京都工芸繊維大学 |
林 茂生 | 変異体・発現 | ショウジョウバエ | ショウジョウバエにおいて、Gal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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WorTS - Worm TS mutant Database 
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大阪大学 微生物研究所 細胞機能分野 |
中村 邦明 | 変異体・表現型 | 線虫 | 線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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AcEST 
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首都大学東京 大学院理工学研究科生命科学専攻 植物環境応答研究室 |
鐘ヶ江 健 | cDNA | シダ | シダのEST配列と機能アノテーション結果のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Dicty_cDB 
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筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報 |
漆原 秀子 | cDNA | 粘菌 | Dictyostelium discoideum cDNAの塩基配列と機能アノテーション結果 （相同性検索・モチーフ検索・産物の局在性予測・発現特性・ゲノムへのアラインメント等）の情報を収録したもの | CC 表示-継承 詳細 |
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Gclust Server 
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東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系 |
佐藤 直樹 | 蛋白質配列 | 95生物種 | 総当たりBlast比較の結果得られた, 95生物種のタンパク質配列のクラスタのデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Budding yeast cDNA sequencing project 
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東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 |
伊藤 隆司 | ゲノム（脊椎動物以外）-真菌ゲノム | 酵母 | 出芽酵母の完全長クローンの5'cDNA配列データベース | CC 表示-継承 詳細 |
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Yeast Interacting Proteins Database 
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東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 |
伊藤 隆司 | 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ-タンパク質相互作用 | 酵母 | Y2Hによる出芽酵母のタンパク間相互作用のデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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DMPD (Dynamic Macrophage Pathway CSML Database 
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東京大学 医科学研究所 |
宮野 悟 | 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ | ヒト、哺乳類 | マクロファージの分化、活性化に関するパスウェイデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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GlycoProtDB 
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独立行政法人 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センターグライコプロテオーム解析チーム |
梶 裕之 | 構造―糖 | 線虫 (オリジナルはマウスも含む） | 質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の糖結合位置のデータベース。 | CC 表示-継承 詳細 |
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Arabidopsis thaliana EST index 
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 | DNA配列 | シロイヌナズナ | シロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 | CC 表示-継承 詳細 |
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Chlamydomonas reinhardtii EST index 
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 | DNA配列 | クラミドモナス | クラミドモナスのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 | CC 表示-継承 詳細 |
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Lotus japonicus EST index 
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 | DNA配列 | ミヤコグサ | ミヤコグサのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 | CC 表示-継承 詳細 |
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Trifolium pratense EST index 
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 | DNA配列 | ムラサキツメクサ | ムラサキツメクサのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 | CC 表示-継承 詳細 |
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BodyParts3D 
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
大久保 公策 | 器官 | ヒト | 解剖学用語が示す人体の部品（臓器、器官）の位置と形状を３次元人体モデルで記述したデータベース | CC 表示-継承 詳細 |
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せいめいかがくけいでーたべーすかたろぐ 
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バイオサイエンスデータベースセンター |
川本 祥子 | カタログ | - | 生命科学系データベースの情報(URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種)を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 | CC 表示-継承 詳細 |
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せいめいかがくけいがっきょうかいかたろぐ 
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バイオサイエンスデータベースセンター |
川本 祥子 | カタログ | - | 生命科学系学協会の情報(URL・名称・連絡先・会員数・学会誌)を分類別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 | CC 表示-継承 詳細 |
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しせつめいじしょ 
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
大久保 公策 | 辞書 | - | 施設名称や研究室名称と、それらの各表記の対応辞書 | CC 表示-継承 詳細 |
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いでんしめいしょうしそーらす 
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
大久保 公策 | 辞書 | 9生物種（ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌） | 9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。 | CC 表示-継承 詳細 |
