データベースのメタデータ検索
| データベース名称 ⇅ | DOI ⇅ | データベース分類 ⇅ | 生物種 ⇅ | 説明 ⇅ | データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅ | 運用場所 ⇅ | 利用許諾 ⇅ |
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RED
(Rice Expression Database) |
10.18908/lsdba.nbdc00315-000 |
植物データベース-イネ
マイクロアレイ、遺伝子発現
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Oryza sativa
(4530)
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The Rice Expression Database（RED）は、イネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて、8987ESTアレイを用いて解析さ れた遺伝子発現データを集約したデータベースです。REDは、イネマイクロアレイプロジェクトと他の研究グループによる実験で得られた発現プロファイルか らの生データと正規化されたデータを保持しています。 |
特定の研究テーマに興味がある場合、red_subject_infoテーブルから適切な「Research ID」を見つけることができます。その後、選択した研究のための実験データを取得します。
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CC 表示-継承 | |
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ASTRA
(Alternative Splicing and Transcription Archives (ASTRA)) |
10.18908/lsdba.nbdc00371-000 |
塩基配列データベース-遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位
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Oryza sativa
(4530)
Arabidopsis thaliana
(3702)
Homo sapiens
(9606)
Mus musculus
(10090)
Drosophila melanogaster
(7227)
Caenorhabditis elegans
(6239)
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6真核生物種のゲノム中の選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンデータベース |
ゲノム配列への完全長cDNAのマッピング結果より選択的スプライシングと選択的転写開始によって構造変化を起こしている遺伝子を検索、そのパターンを表示し、アミノ酸配列を出力する。 |
産業技術総合研究所 |
CC 表示-継承 |
| MassBase | 10.18908/lsdba.nbdc00783-000 |
その他の分子生物学データベース
代謝産物分析データ
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質量分析装置による代謝産物の分析データについて、分析データそのもの（生データ）を、生データに近い形で蓄積・公開するためのデータベースです。分析機器から出力された直後の生データを、必要最低限なサンプル情報とともに公開しています。 |
様々な生物種の質量分析装置による分析生データを取得し、in silicoスクリーニングなどの解析を行うことができる。また、KOMICS（http://www.kazusa.or.jp/komics/）で配布している解析ツールを用いることで、代謝物アノテーションや比較解析などを行うことができる。 |
かずさDNA研究所 〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7 Tel : 0438-52-3590 Mail : |
CC 表示-継承 | |
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RMOS
(Rice Microarray Opening Site) |
10.18908/lsdba.nbdc00194-000 |
マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース
植物データベース-イネ
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Oryza sativa
(4530)
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イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年4月～2003年3月)に関する総合的な情報が掲載されています。 このマイクロアレイプロジェクトは、近年ゲノム的視点に立った遺伝子発現の網羅的解析技術として着目されているマイクロアレイ技術（詳細は技術的背景のページへ）を用いて、植物が低温、乾燥、有害な土壌、害虫や病気等の環境から種々の影響を受けた際に示す応答に関与する遺伝子やその耐性機構に関与すると思われる遺伝子をいち早く単離すること、また特定の組織や器官でのみ発現している遺伝子を単離することを目標として開始されました。 |
一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや我々が作成したマイクロアレイに関する研究データ等の情報を参照できます。 |
国立研究開発法人 農業生物資源研究所 |
CC 表示-継承 |
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RGP physicalmap
(Rice Genome Mapping and Sequencing Data from RGP, STAFF/NIAR, Japan) |
10.18908/lsdba.nbdc00318-06-000 |
植物データベース-イネ
配列
物理地図
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Oryza sativa
(4530)
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RGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンのデータファイルを示します。RGPのイネYACライブラリーは、日本晴（Oryza sativa L. cv. Nipponbare）の培養細胞から構築され、平均挿入長350kbのクローンを6934個含んでいます。 |
RGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンのデータファイルを染色体ごとに図や表で参照することができます。表では、染色体ごとにRGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンを、DNAマーカー、遺伝的距離とともにまとめています。図では、染色体での区分領域ごとにYAC物理地図を示します。
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