GRIP ID 相互作用情報のID Main Title 相互作用の名称 GPCR Class GPCRクラス GPCR Subfamily GPCRサブファミリー GPCR Subtype GPCRサブタイプ GPCR Name GPCR名 Partner Class 相手方GPCRのクラス Partner Subfamily 相手方GPCRのサブファミリー Partner Subtype 相手方GPCRのサブファミリー Partner Name 相手方GPCRの名称 Evidence エビデンスの種類 ExperimentまたはPrediction Annotations 相互作用のアノテーション Articles 参照文献(PubMed ID) Methods エビデンスのメソッド Target GPCRのアミノ酸配列ID Other Partners 「Partner Name」に記載された以外の相手方GPCRの名称 Disease 相互作用に関連する疾患情報 Interface GPCRのインタフェース Mutation Information GPCRの変異情報へのリンク（簡易検索のみ） Experiment Information 実験で得られたGPCR相互作用部位情報へのリンク（簡易検索のみ） Predicted Information 予測されたGPCR相互作用部位情報へのリンク（簡易検索のみ）

ID 実験情報のID GRIP ID1 相互作用情報のGRIP ID GRIP ID2 GRIP ID1における番号 Template GRIP ID 1のインターフェイスの参照構造 Target GPCRのアミノ酸配列ID Interface GRIP ID 1のインターフェイス Template Start インタフェースの参照構造における残基開始位置 Template End インタフェースの参照構造における残基終了位置 Target Start インタフェースのGRIP ID1における残基開始位置 Target End インタフェースのGRIP ID1における残基終了位置 Annotation アノテーション Article 参照文献(PubMed ID)

ID 変異情報のID GPCR GPCR名 Mutation Type 変異の種類 Template 参照構造 Target GPCRのアミノ酸配列ID Template Start GPCR配列に対応する参照構造配列の残基開始位置 Template End GPCR配列に対応する参照構造配列の残基終了位置 Target Start 変異のGPCRにおける残基開始位置 Target End 変異のGPCRにおける残基終了位置 Variation 変異の内容

ID 予測情報のID GRIP ID 関連する相互作用のGRIP ID Prediction No 予測番号（GRIP IDの中の連番） Template GRIP IDのインターフェイスの参照構造 Target GPCRのアミノ酸配列ID Template Pos インタフェースの参照構造における残基開始位置 Template Seq インタフェースの参照構造における残基終了位置 Target Pos インタフェースのGRIP IDにおける残基開始位置 Target Seq インタフェースのGRIP IDにおける残基終了位置 CONS(i) 保存度 Article 参照文献(PubMed ID)

Sequence ID 配列のID Sequence 配列

prositeLisAC PROSITE DO番号 PROSITE Info prositeLisACに対応するPROSITE情報のエントリにリンク（簡易検索のみ） prositeLisFamilySize PROSITE DO番号に対応するACの個数 prositeLisDE PROSITE DO番号に対応するdescription prositeLisPatternSize PROSITE DO番号に対応するパターンACの個数 prositeLisRuleSize PROSITE DO番号に対応するルールACの個数 prositeLisRuleWithPASize PROSITE DO番号に対応するパターン・ルールACの個数 prositeLisRuleWithMASize PROSITE DO番号に対応するマトリクス・ルールACの個数 prositeLisMatrixSize PROSITE DO番号に対応するマトリクスACの個数 prosite3dLisIdSize PROSITEのデータベースにアノテーションされているPROSITE DO番号に対応するPDBの個数 prosite3dSeqIdLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数 prosite3dSeqChainLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数 prosite3dAtomIdLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBの個数 prosite3dAtomChainLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数

prositeAC PROSITE AC番号 PDB SEQRES prositeACに対応するPROSITE - PDB SEQRESマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ） prositeID PROSITE ID prositeIDType ACのタイプ prositeDE 当該PROSITEエントリの説明 prositeDO PROSITE DO番号 prosite3dSize PROSITEデータベースで、本エントリにアノテーション付けされたPDBの個数 prosite3dSeqIdSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数 prosite3dSeqChainSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数 prosite3dAtomIdSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBの個数 prosite3dAtomChainSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数

prositeAC PROSITE AC番号 pdbID PDB ID pdbChain PDBチェイン pdbMatchLine SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号

blocksFamilyAC BLOCKSデータベースのファミリーAC番号 BLOCKS Info blocksFamilyACに対応するBLOCKS情報のエントリにリンク（簡易検索のみ） blocksType このACの由来（PRINTSまたはPROTOMAT） blocksFamilySize 同じファミリーAC番号を持つBLOCKSエントリの個数 blocksPrints PRINTSデータベースのAC番号（blocksTypeがPRINTSの場合のみ） blocksName BLOCKSデータベースの当該エントリの説明 blocks3dIdFamilySize MASTによりアノテーション付けされたPDBの個数 blocks3dChainFamilySize MASTによりアノテーション付けされたPDBチェインの個数 blocks3dSeqIdFamilySize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数 blocks3dSeqChainFamilySize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数 blocks3dAtomIdFamilySize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBの個数 blocks3dAtomChainFamilySize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数

blocksAC BLOCKSデータベースのAC番号 PDB SEQRES BLOCKS ACに対応するBLOCKS - PDB SEQRESマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ） PDB ATOM BLOCKS ACに対応するBLOCKS - PDB ATOMマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ） blocksACFamily 本エントリのファミリーAC番号 Family VS PDB ファミリーAC番号に対応するBLOCKS - PDBマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ） blocksID BLOCKS ID blocksDE 本エントリの説明 blocks3dIdSize MASTによりアノテーション付けされたPDBの個数 blocks3dChainSize MASTによりアノテーション付けされたPDBチェインの個数 blocks3dSeqIdSize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数 blocks3dSeqChainSize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数 blocks3dAtomIdSize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBの個数 blocks3dAtomChainSize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数

blocksFamilyAC BLOCKSデータベースのファミリーAC番号 pdbID PDB ID pdbChain PDBチェイン

blocksAC BLOCKSデータベースのAC番号 pdbID PDB ID pdbChain PDBチェイン pdbMatchLine SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号

blocksAC BLOCKSデータベースのAC番号 pdbID PDB ID pdbChain PDBチェイン pdbIndex ATOM行の開始番号 pdbMatchLine SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号

Entry URI エントリのURI Image 変異体の画像 Entry name エントリ名 Original data name オリジナルデータベースにおける名前 Observed phenotype 観察された表現型 Phenotype URI 表現型のURI Modified gene 変異した遺伝子名

Entry URI エントリのURI Entry name エントリ名 Entity in PO 主語（POの定義） Quality in PATO 述語（PATOの定義） Num of observation data シロイヌナズナ変異体観察情報でこの表現型が使われるエントリ数

Entry URI エントリのURI Entry name エントリ名 Reference キュレーションした文献 Reference URI 文献のURI Pheno abnormality 表現型の変異 Abnormality URI 変異のURI Muteted gene 変異した遺伝子名

Entry URI エントリのURI Entry name エントリ名 Experimental condition 実験条件 Condition URI 実験条件のURI Quality in PATO 述語（PATOの定義） In organ named ～の器官に In period of ～の期間に In response to organism 生物Xに対して In situation of ～の状態で After ～の後で Under influence of 化学物質Xの影響下で During process named ～の過程において Exhibited by ～による For quantity of ～の量について For state of ～の状態が For trait of ～という性質に関して Num of phenotype gene 表現型－遺伝子でこの変異が使われるエントリ数

Entry URI エントリのURI Entry name エントリ名 Description エントリの説明 In environment of ～の環境条件で In presence of 物質Xの存在で In absense of 物質Xの欠乏で Num of phenotype abnormality 表現型の変異でこの条件が使われるエントリ数

Entry URI エントリのURI Entry name エントリ名 Title タイトル Authors 著者 Abstract 要旨 Pubmed ID Pubmed ID Journal ジャーナル名 Volume 巻 Issue 号 Pages ページ Publication date 出版日 Num of phenotype gene 表現型－遺伝子でこの文献が使われるエントリ数

dbQSNP_id dbQSNPにおけるID strand STSのforward strandをGenBank contig (NT sequence, NCBI Build 36) と比べた場合の向き。SNPは常にSTSのforward strandで記述してあることに注意。 contig_id STSと最も高い homologyを示したGenBank contig (NT sequence, NCBI Build 36) のID rs# dbSNP refSNPでのaccession #. (dbSNP Build 128) allele_1 allele 1の配列 allele_2 allele 2の配列 AF_allele_1 allele 1のアレル頻度 AF_allele_2 allele ２のアレル頻度 pool_id DNAプールのID (下記参照、いずれも末梢血リンパ球由来のDNA） 西欧人のプールとしては、CAU200 （Caucasian Panel of 200; HD200 としてコリエル医学研究所から入手)を主に使用した。このほかに、CP (CEPHの両親世代）、COP (HD100)も使用。 日本人のプールとしては、主にJSA426 （九州地区の健常人集団）を用いた。日本各地で収集された健康人DNAのプールも一部で用いた (JPK, JPK2, JPK3, JCM253, NCEP, NCL_P, NCP269, NCE_SP, JNCL_SP）。 このほかに、複数の地域の健常人集団（JPK、JPK2、JPK3、JCM253、NCEP、NCL_P、NCP269、NCE_SP、 JNCL_SP）、乳がん患者の試料（BREP、BRLP、JBRE_SP、 JBRL_SP）、 九州地区の全身性エリテマトーデス患者の試料 （ SLEP264、SLEP183）も用いた。 #individual プールに含まれる個人の人数

dbQSNP_id dbQSNPにおけるID allele_Pos 配列の中でのSNPの位置（多型の一番目の塩基の位置）。必ず多型の5’側の配列の長さプラス１となる。 total_Len 塩基配列の全体の長さ。多型の5’側、3’側、および多型の長さ(ins/delの場合は長いほう）を足したもの。 Internal_STS_ID dbQSNPにおける標的配列のID alleles SNPアレルの配列を"/"で区切って示したもの sequence 塩基配列

Entry エントリ番号 Residue(mutation) 変異のある残基の名称 Residue 残基の名称 Functionally important 機能的に重要か否か Function of the protein タンパク質の機能 Location 残基の位置するタンパク質の部位 Protein Name(abbreviation) タンパク質名（略称） Source(scientific name) タンパク質の由来（学名） Source(english name) タンパク質の由来（一般名） Authors 文献の著者 Journal Reference 雑誌名/掲載年月/号 PMID 文献のPubMed ID Experiments 実験名 Experimental data この項目の値に「Parameter」を付けたものが、実験による測定値を表す Parameter 実験パラメータ Methods/conditions 実験手法・条件 PDB ID タンパク質立体構造のPDB ID ASA 溶媒露出表面積 Sec. Str タンパク質の二次構造 G: 3-10ヘリックス H: ヘリックス L: ループ Uniprot ID アミノ酸配列のUniProt ID Type タンパク質のタイプ Remarks 所見 Keywords キーワード

PSCID データのID Classification 6桁の数字からなる分類番号。各数字の意味は、左から以下の通りである。 1. リガンド結合と共役したドメイン運動のコンポーネント数 2. リガンド結合と独立なドメイン運動のコンポーネント数 3. リガンド結合と共役したローカル運動のコンポーネント数 4. リガンド結合と独立なローカル運動のコンポーネント数 5. リガンドが埋没したドメイン数 6. 表面にリガンド分子が結合したドメイン数 Protein name タンパク質名 FreeID リガンドと結合していない立体構造(PDB ID) BoundID リガンド結合した立体構造(PDB ID) Ligands リガンド名(PDB) EC EC番号（酵素番号） Distance 酵素活性部位(Catalytic Site Atlas(CSA))とリガンド結合部位の距離

PSCID データのID Classification 6桁の数字からなる分類番号。各数字の意味は、左から以下の通りである。 1. リガンド結合と共役したドメイン運動のコンポーネント数 2. リガンド結合と独立なドメイン運動のコンポーネント数 3. リガンド結合と共役したローカル運動のコンポーネント数 4. リガンド結合と独立なローカル運動のコンポーネント数 5. リガンドが埋没したドメイン数 6. 表面にリガンド分子が結合したドメイン数 Protein name タンパク質名 FreeID リガンドと結合していない立体構造(PDB ID) BoundID リガンド結合した立体構造(PDB ID) Ligands リガンド名(PDB) EC EC番号（酵素番号） Distance 酵素活性部位(Catalytic Site Atlas(CSA))とリガンド結合部位の距離 Component No 運動のコンポーネント番号 Type of motion 運動の種類 Ligand binding リガンド結合の種類 Type of coupled motion リガンド結合と共役した運動の種類 Order-disorder transition ディスオーダー領域の有無（"Yes"または空白） RMSD ドメイン運動の平均二乗平方根変位量 Mean displacement ローカル運動の平均変位量 C.C. 線形応答理論によって予測された変位ベクトルと、結晶構造で実際に観測された変位ベクトルとの相関係数 Crystal packing 結晶場の影響により誘起された運動の有無（"Coupled"または空白） Fixed segment 固定した運動部位 Moving segment 可動する運動部位 Disorder ディスオーダー残基数 Helix/coil ヘリックス／コイル転移する残基数 Open state 結晶場の影響による開閉運動の区分 H-bonds/ligand リガンド埋没運動に分類されたタンパク質とリガンドの水素結合の数 H-bonds/water リガンド埋没運動に分類されたタンパク質と水分子の水素結合の数 H-bonds/protein リガンド埋没運動に分類されたタンパク質の水素結合の数

ＩＦＯ番号 菌株の番号（NBRCへのリンク） 菌種名 菌の種名（学名） 命名者 学名の命名者 var. 変種 AUTVAR 変種の命名者 オリジナル名 オリジナル名称、別名 来歴 来歴 培地 培地番号 培養温度 培地の温度（℃） 担当 担当者の氏名 IFO2 IFO2番号 細胞の形状 簡易検索ではアイコン画像が表示される。 菌糸の形状 簡易検索ではアイコン画像が表示される。 胞子の形状 簡易検索ではアイコン画像が表示される。 胞子の表面構造 簡易検索ではアイコン画像が表示される。 F1. Glucose グルコース（+/-で表示） F2. Galactose ガラクトース（+/-で表示） F3. Sucrose スクロース（+/-で表示） F4. Maltose マルトース（+/-で表示） F5. Trehalose トレハロース（+/-で表示） F6. Lactose ラクトース（+/-で表示） F7. Raffinose ラフィノース（+/-で表示） F8. D-Xylose D-キシロース（+/-で表示） F9. αMethyl D-glucoside α-メチル-D-グルコシド（+/-で表示） A01. Glucose グルコース（+/-で表示） A02. Galactose ガラクトース（+/-で表示） A03. L-sorbose L-ソルボース（+/-で表示） A04. Sucrose スクロース（+/-で表示） A05. Maltose マルトース（+/-で表示） A06. Cellobiose セロビオース（+/-で表示） A07. Trehalose トレハロース（+/-で表示） A08. Lactose ラクトース（+/-で表示） A09. Melibiose メリビオース（+/-で表示） A10. Raffinose ラフィノース（+/-で表示） A11. Melezitose メレジトース（+/-で表示） A12. Inulin イヌリン（+/-で表示） A13. Soluble starch 可溶性でんぷん（+/-で表示） A14. D-Xylose D-キシロース（+/-で表示） A15. L-Arabinose L-アラビノース（+/-で表示） A16. D-Arabinose D-アラビノース（+/-で表示） A17. D-Ribose D-リボース（+/-で表示） A18. L-Rhamnose L-ラムノース（+/-で表示） A19. Ethanol エタノール（+/-で表示） A20. Glycerol グリセロール（+/-で表示） A21. Erythritol エリトリトール（+/-で表示） A22. Ribitol リビトール（+/-で表示） A23. Galactitol ガラクチトール（+/-で表示） A24. D-Mannitol D-マンニトール（+/-で表示） A25. D-Glucitol D-ソルビトール（+/-で表示） A26. α-Methyl Glucoside α-メチル-D-グルコシド（+/-で表示） A27. Salicin サリシン（+/-で表示） A28. DL-Lactate DL-乳酸（+/-で表示） A29. Succinate コハク酸（+/-で表示） A30. Citrate クエン酸（+/-で表示） A31. Inositol イノシトール（+/-で表示） A32. Arbutin アルブチン（+/-で表示） A33. D-Gluconate D-グルコン酸（+/-で表示） A34. D-Glucosamine D-グルコサミン（+/-で表示） A35. N-Acetyl D-Glucosamine N-アセチル-D-グルコサミン（+/-で表示） A36. 2-Keto D-Gluconate 2-デヒドロ-D-グルコン酸（+/-で表示） A37. 5-Keto D-Gluconate ５-デヒドロ-D-グルコン酸（+/-で表示） A38. Hexadecane ヘキサデカン（+/-で表示） A39. Methanol メタノール（+/-で表示） N1. Nitrate 硝酸塩（+/-で表示） N2. Ethylamine エチルアミン（+/-で表示） N3. L-Lysine L-リシン（+/-で表示） N4. Cadaverine カダベリン（+/-で表示） N5. Creatine クレアチン（+/-で表示） G1. Growth in vitamin-free medium ビタミン無添加培地（+/-で表示） G2. Growth in 10% NaCl + 5% glucose in yeast nitorogen base 10%NaCl + 5% グルコース酵母窒素基礎培地（+/-で表示） G3. Growth on 50%(w/w) glucose-yeast extract agar 50% グルコースイースト寒天培地（+/-で表示） G4. Growth at 37flC （+/-で表示） G5. Growth in the presence of 100 ppm cycloheximide 100ppmシクロヘキシミド培地での成長（+/-で表示） G6. Starch formetion でんぷん生成（+/-で表示） G7. Urea hydrolysis 尿素加水分解（+/-で表示） G8. Diazonium Blue B reaction ジアゾニウム塩染色反応（+/-で表示） Co-Q コエンザイムQ（+/-で表示） Mol% G+C G+C含量 Comments 菌株についての補足情報

Organism タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名) Function タンパク質の機能 Cluster タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号 Symbol 遺伝子シンボル Synonyms 遺伝子シンボルの別名 Gene Name 遺伝子名 Other Name 遺伝子名の別名 Gene ID NCBI Entrez Gene データベースにおける遺伝子のID Nucleotide NCBI Nucleotide データベースにおける遺伝子のID (バージョン付きアクセション番号) GI NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (遺伝子情報番号) Protein NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号) Genomic 当該遺伝子を含むNCBI Nucleotide データベースのゲノムのエントリ UniProt UniProt のアクセション番号 Description UniProt に記載されているタンパク質の名前 PDB Structure PDB ID。構造がターゲットタンパク研究プログラムで決定されたものである場合、PDB ID の左側にターゲットタンパク研究プログラムのロゴが表示される。 Predicted Location WoLF PSORT を用いた細胞内局在予測の結果 Complex タンパク質複合体が形成される場所や複合体の名称 Interaction 当該タンパク質と相互作用するタンパク質のリスト Interaction (Human) 当該タンパク質のヒトにおけるオーソログと相互作用するヒトのタンパク質のリスト VaProS VaProS (構造生命科学分野のデータクラウド) へのリンク (簡易検索サイトのみ) Function (UniProt) UniProt に記載されているタンパク質の機能についての説明 UniGene NCBI UniGene データベースにおけるEST 配列のID Related Papers 関連する文献のPubMed ID Dichot ID Dichot のID Predicted Disordered Region DICHOT 法 (Fukuchi et al. 2009, BMC Struct Biol. 9:26) で予測された天然変性領域 Sequence アミノ酸配列

Bait Protein Bait タンパク質の遺伝子シンボル Symbol Bait タンパク質と相互作用するPrey タンパク質の遺伝子シンボル Gene ID Prey タンパク質のNCBI Gene ID Synonyms Prey タンパク質の遺伝子シンボルの別名 Description Prey タンパク質の説明 IPI International Protein Index。EBI が提供するPrey タンパク質のID Protein NCBI Protein データベースにおけるPrey タンパク質のID (バージョン付きアクセション番号)

Cluster タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号 Human Interactant Cluster に属するタンパク質のヒトのオーソログが、相互作用するタンパク質の遺伝子シンボル Description 相互作用するタンパク質の説明 Protein Accession 相互作用するタンパク質のNCBI Protein データベースにおけるID

Organism タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名) Symbol 遺伝子の略称 Protein Accession NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号) Length タンパク質の配列長 Known Domains DICHOT 法により立体構造領域と予測され、既存の立体構造とアミノ酸配列の相同性が認められた領域 Novel Domains DICHOT 法により立体構造領域と予測されたが、既存の立体構造とアミノ酸配列の相同性が認められない領域 Disorder Regions DICHOT 法により天然変性領域と予測された領域

Function タンパク質の機能 Cluster タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号 (生物種の学名) オーソログ・ホモログのリスト

Organism タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名) GTOP ID GTOP データベースにおける遺伝子のID Symbol 遺伝子シンボル Synonyms 遺伝子の別名 Gene Name 遺伝子名 Gene ID NCBI Entrez Gene データベースにおける遺伝子のID GI NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (遺伝子情報番号) Protein Accession NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号) Description NCBI Entrez Gene データベースに記載されているタンパク質の説明 Predicted Disordered Regions DICHOT 法により天然変性領域と予測された領域

confID このテーブルのID classID 構造変化のクラスの情報も含むID index レコードのインデックス pdbIDA 構造比較したPDBのＩD（Ａ） pdbIDB 構造比較したPDBのＩD（Ｂ） pdbChainA 構造比較したPDBのチェインＩD（Ａ） pdbChainB 構造比較したPDBのチェインＩD（Ｂ） confDatafile 構造解析結果ファイル(zip形式)へのリンク confClass 構造変化の種類（結合分子の種類） confName 構造変化の名前（結合分子の情報） dmax 重ね合わせたタンパク質構造の原子間距離の最大値 rmsd 重ね合わせたタンパク質構造のRMSD値 identity タンパク質配列の一致度

confID ConfAllテーブルのＩＤ siteNo N端から数えたsiteの番号 siteStart1 構造1におけるsiteのN端の二面角番号 siteStartR1 構造1におけるsiteのN端の残基番号 siteEnd1 構造1におけるsiteのC端の二面角番号 siteEndR1 構造1におけるsiteのC端の残基番号 siteLength1 構造１の残基長 siteStart2 構造２におけるsiteのN端の二面角番号 siteStartR2 構造２におけるsiteのN端の残基番号 siteEnd2 構造２におけるsiteのC端の二面角番号 siteEndR2 構造２におけるsiteのC端の残基番号 siteLength2 構造２の残基長 phiMax 二面角φの変化の最大値 psiMax 二面角ψの変化の最大値

confEVID このテーブルのID pdbIDA 構造比較したPDBのＩD（Ａ） pdbIDB 構造比較したPDBのＩD（Ｂ） pdbChainA 構造比較したPDBのチェインＩD（Ａ） pdbChainB 構造比較したPDBのチェインＩD（Ｂ） identity 配列一致率 indelSize 解析した挿入・欠損の数 alignment 配列のアライメント indel 挿入・欠損の解析結果

confID このテーブルのID classID 構造変化のクラス pdbID PDB ID pdbChain PDBチェインID method 実験方法 program リファイメントプログラム temperature 実験時の温度 resolution 解像度 Rfactor R因子 depositDate 登録日 depositDateClass 日付の書式 ECnumber EC番号 SCOPID SCOP ID domainNumber ドメイン数 complex 複合体の種類 SEQRESLength SEQRESの残基長 ATOMLength ATOMの残基長 REMARK465 REMARK 465（消失残基記述行）の使用の有無 disorderNumber ディスオーダー領域の数 disSumLength ディスオーダー残基の総数 maxDisLength 最長のディスオーダー領域 minDisLength 最短のディスオーダー領域 disSeqresPosition SEQRESでのディスオーダー領域の位置 disAtomPosition ATOMでのディスオーダー領域の位置 temperatureFactorAve 温度因子の平均 temperatureFactorStddev 温度因子の標準偏差 checkOccupy 1.00未満のOCCUPANCYの使用の有無 modelNumber MODEL NUMBERの使用の有無

id ID sui Unique identifier for string cui suiに対するUnique identifier for concept resolved_by_synonym_occurrence_count 同一文献中に同義語が出現したことにより、このcuiを割り当てることができた回数 major このsuiに対するcuiは、resolved_by_synonym_occurrence_countが最大のものかどうかを示すフラグ。すなわち、この多義語に対してコンセプトが全文献中において、最もメジャーがどうかを示している。

id ID sui Unique identifier for string method 方法のフラグ（r:ルールにより設定した（n文字以下など）、f:フラグにより設定した（ストリングのリストなど）） date タイムスタンプ

str_idx_id string_indexテーブルの主キー cui Unique Identifier for concept ambiguous このインデックスに多義語ストリングが位置しているかどうか acrotagger_solve_status http://www.ebi.ac.uk/Rebholz/software.htmlで紹介されているAcroTaggerというツールを適用した結果。結局AcrotaggerはLEGENDAに導入されていないため、空欄である。 legenda_solve_status 0: 多義語でない、1: 文脈により多義語を解決した 2: 多義語を最もメジャーなコンセプトに倒した、3: カウントが0のためメジャーなコンセプトか判断ができなかったが、１つのコンセプトに倒した

id ID cui1 Unique identifier for concept 1 cui2 Unique identifier for concept 2 max_before_first_occurrence_rec_cooccurence Max(Af、Bf)の値 total_rec_count Tabの値 probability Pabの値 mim 2つの確率変数の相互依存の尺度（Mutual Information Measure(equation(1)におけるPab/(Pa * Pb)の値)

id ID cui Unique identifier for concept before_first_occurrence_rec_count Af、Bfの値 total_rec_count Ta、Tbの値 probability Pa、Pbの値

id ID cui Unique identifier for concept dictionary_category_id 1:遺伝子、2:疾患、4:遺伝子機能、5:物質

id ID sui1 Unique identifier for string 1 cui1 Unique identifier for concept 1 sui2 Unique identifier for string 2 cui2 Unique identifier for concept 2 num_coocs 文共起の件数 num_docs 文共起が存在する文献の件数

id ID name カテゴリ名

id ID string_index_id1 string_index用キーid sui1 Unique identifier for string 1 cui1 Unique identifier for concept 1 string_index_id2 string_index用キーid sui2 Unique identifier for string 2 cui2 Unique identifier for concept 2

id ID cui1 Unique Identifier for concept 1 cui2 Unique Identifier for concept 2 mim cui1、cui2に関するMIMスコア num_coocs 文共起の件数 num_docs cui1とcui2のペアによる文共起が存在する文献の件数

id ID pmid PubMed ID xml MEDLINEのPubDateタグ内の出版年情報(XML形式)

id ID pmid PubMed ID pubdate MEDLINEのPubDateタグ内の出版年情報(Date型)

id ID cui Unique identifier for concept lat Language of term ts conceptの中の代表termかどうかを示すTerm status lui Unique identifier for term stt termの中の代表stringかどうかを示すString type sui Unique identifier for string str String lrl cui,suiでMRSOを引いた時に最も低いcrlの値であるLeast restriction level

id ID cui Unique identifier of concept lui Unique identifier of term sui Unique identifier of string sab Abbreviated source name for source vocabulary (由来するDBの略称) tty Abbreviated for term type name in source vocabulary（termの分野の略称） code Unique identifier or code for string in that source（由来するDB内でのID） srl Source restriction level（由来するDBのデータライセンスレベル）

id ID str_idx_id string_indexテーブルの主キー category NERツールで対象とした辞書カテゴリID ner 対象とするstring_indexを辞書カテゴリIDに対応するNamed Entityとして認識できるか否かを示すフラグ（0：認識できない、1：認識できる）

id ID disease_cui 疾患のcui disease_name 疾患名 mim_number 疾患に対応するOMIMのID gene_id 遺伝子に対応するEntrezGeneのGene ID gene_name 遺伝子名

id ID pmid sui(Unique Identifier for string)が出現しているPubMed ID sen_id suiが出現しているセンテンスID(0=タイトル、1=アブストラクトの一文目) index_start pmid、sen_id中のsuiに対応するストリングの出現開始位置（0始まり） index_end pmid、sen_id中のsuiに対応するストリングの出現修了位置 sui インデックスされているストリングに対応するsui

id ID sui Unique Identifier for string method 判断方法（r:ルールにより設定した（n文字以下など）、f:フラグにより設定した（ストリングのリストなど）） date タイムスタンプ

id ID sui Unique identifier for string method 判断方法（r:ルールにより設定した（n文字以下など）、f:フラグにより設定した（ストリングのリストなど）） date タイムスタンプ

Sample Set ID サンプルセットID Title サンプルセット名 Description サンプルセット情報の詳細 実験の目的、サンプル間の関連性など、データを解釈する上での重要な概念を記述する。 Authors 著者 Reference 関連する文献情報 Comment コメント Experimental Conditions Experimental Conditionsへのリンク (簡易検索ページのみ)

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Sample ID サンプルID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Title サンプル名 Organism - Scientific Name 生物　（学術名） Organism - ID 生物　（TaxonomyID) Compound - ID 化合物ID Compound - Source 試薬入手情報 Preparation 生育方法、特定の処理、サンプリング部位、サンプリング方法、試薬の調製法等 Comment コメント Analytical Method IDs Analytical Method (M)へのリンク (簡易検索ページのみ)

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"Sample ID"も含めて"ID"に統合) Analytical Method ID 分析方法ID (簡易検索ページでは"Sample ID"も含めて"ID"に統合) Title 分析名 Analytical Method Details ID 適用した分析詳細情報のID (簡易検索ページでは"Sample Set ID"も含める) Sample Amount 使用したサンプル量 他サンプルとの比較のために、定量データをノーマライズするのに必要な情報 Comment コメント Data Analysis IDs Data Analysis (D)へのリンク (簡易検索ページのみ)

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"Sample ID"と"Analytical Method ID"も含めて"ID"に統合) Data Analysis ID データ解析方法ID (簡易検索ページでは"Sample ID"と"Analytical Method ID"も含めて"ID"に統合) Title データ解析方法名 Data Analysis Details ID データ解析方法詳細情報のID (簡易検索ページでは"Sample Set ID"も含める) Recommended decimal places of mass 有効数字桁数 Comment コメント

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Analytical Method Details ID 分析詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Title 分析手法名 Instrument 機器の名前とベンダー名 Instrument Type 機器の種類 Ionization Method イオン化方法 Ion Mode ポジティブ分析、ネガティブ分析の区別 Description 分析方法の詳細 サンプルに依存する情報以外の、分析機器、条件の詳細をすべて記述する。 Comment_of_details コメント

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Data Analysis Details ID データ解析手法詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Title 解析手法の詳細情報名 Description 解析手法の詳細 使ったソフトウェア、そこで採用したパラメーター等、データ解析法の詳細をすべて記述する。 Comment_of_details コメント

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Annotation Method Details ID アノテーション方法ID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Title アノテーション方法名 Description アノテーションの詳細 どのような判断基準でアノテーションを付けたか。 Comment_of_details コメント

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Sample Preparation ID サンプル調製方法の詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Title サンプル調製方法名 Description サンプル調製方法の詳細 生体サンプルであれば成育・栽培・培養方法や、薬剤処理などの詳細を記述する。分析手法に依存する化合物抽出方法などは、ここではなくMSに記載する。 Comment_of_details コメント

Data Analysis ID データ解析方法ID Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索では非表示) Sample Set サンプルセット名 Sample ID サンプルID (簡易検索では非表示) Sample サンプル名 Analytical Method ID 分析方法ID (簡易検索では非表示) Sample Amount 使用したサンプル量 Sample Comment サンプルに関するコメント Analytical Method Details ID 分析詳細情報のID (簡易検索では非表示) Analytical Method Details 分析手法名 Data Analysis Details ID データ解析方法詳細情報のID (簡易検索では非表示) Data Analysis Details 解析手法の詳細情報名 Recommended decimal places of mass 有効数字桁数 Annotation Method ID アノテーション方法ID (簡易検索では非表示) Annotation Method アノテーション方法名 Sample Preparation ID サンプル調製方法の詳細情報のID (簡易検索では非表示) Sample Preparation サンプル調製方法名

Experimental ID Experimental ID (SRX, ERX, DRX) Genome assembly Genome assembly Antigen class Antigen class Antigen Antigen Cell type class Cell type class Cell type Cell type Cell type description Cell type description Processing logs Processing logs (# of reads, % mapped, % duplicates, # of peaks [q < 1E-05]) Title Title submitted by authors Meta data Meta data submitted by authors BigWig Link to a BigWig-formatted coverage score binary file. Peak-call (BED) (q < 1E-05) Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-05. Peak-call (BED) (q < 1E-10) Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-10. Peak-call (BED) (q < 1E-20) Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-20. Peak-call (BigBed) (q < 1E-05) Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-05). Peak-call (BigBed) (q < 1E-10) Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-10). Peak-call (BigBed) (q < 1E-20) Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-20).

File name File name Genome assembly Genome assembly Antigen class Antigen class Antigen Antigen Cell type class Cell type class Cell type Cell type Threshold Threshold Experimental IDs included Experimental IDs included Peak-call (BED) Link to a BED9 + GFF3 format file concatenated and converted from the BED4-formatted peak-call data files of the experiments in the "Experimental IDs included".

Antigen Antigen Cell type class in Colocalization Cell type class in Colocalization (comma separated) Recorded (+) or not (-) in Target Genes Target gene analysis performed or not (+/-) Genome assembly Genome assembly Target Genes (TSS ±1k) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 1 kb of each TSS (transcription start site). Target Genes (TSS ±5k) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 5 kb of each TSS (transcription start site). Target Genes (TSS ±10k) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 10 kb of each TSS (transcription start site). Colocalization (TSV) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the protein colocalization with the given antigen in the given cell type class. Colocalization (GML) Link to a GML (Graph Modelling Language) file that describes the protein colocalization in the given cell type class.

Genome assembly Genome assembly Antigen class Antigen class Antigen Antigen Number of experiments Number of experiments Experimental IDs included Experimental IDs included

Genome assembly Genome assembly Cell type class Cell type class Cell type Cell type Number of experiments Number of experiments Experimental IDs included Experimental IDs included

RefSeqID RefSeq ID domainSize リンクしているドメインモデリングの数 Link to Domain （簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDのドメインモデリングへのリンク Link to Complex （簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDの複合体モデリングへのリンク GeneID タンパク質をコードする遺伝子Entrez Gene ID Definition RefSeqに記述されているタンパク質名称 chromosome タンパク質をコードする遺伝子が存在する染色体番号 Location タンパク質をコードする遺伝子の遺伝子座 Sequence アミノ酸配列 EC number EC番号 EzCatDB EzCatDB ID HPRD HPRD ID Swiss-Prot （簡易検索ページのみ）UniProtKB/Swiss-Protへのリンク

RefSeqID RefSeq ID Link to Protein （簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDのタンパク質基本情報へのリンク chromosome タンパク質をコードする遺伝子が存在する染色体番号 domainIdx 同一タンパク質におけるドメイン番号（連番） apoholoNum 1: アポ構造のみモデリング。2:ホロ構造のみモデリング。 3:アポ体、ホロ体ともモデリング。 aafrom ドメインの先頭アミノ酸残基 aato ドメインの末尾アミノ酸残基 Domain description ドメインの機能（鋳型タンパク質情報から予測） apo Template アポ構造の鋳型 apo model PDB アポ構造の構造モデルのファイル holo Template ホロ構造の鋳型 holo model PDB ホロ構造の構造モデルのファイルへのリンク Detected by 鋳型検索手法 Ligand Binding Residues リガンド結合残基（予測） Interface Residues タンパク質-タンパク質相互作用部位、 Catalytic Residues 触媒残基（酵素の場合） Ligand リガンドの種類（PDBのchemical ID) morphing 0:モーフィングデータ無し。1: モーフィングデータあり（アポ、ホロ両方のモデルがある場合）。

RefSeqID RefSeq ID Link to Protein （簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDのタンパク質基本情報へのリンク regionFrom 複合体予測された領域の先頭アミノ酸残基 regionTo 複合体予測された領域の末尾アミノ酸残基 model PDB （簡易検索ページのみ）モデル構造（PDB形式）へのリンク Oligomer 複合体の種類（ホモ／ヘテロオリゴマー） Model 同一タンパク質におけるモデル番号（連番） Template 複合体の鋳型 Partner ID 複合体を形成する他のタンパク質のRefSeq ID

RefSeqID RefSeq ID Domain_type ドメイン構造のタイプ（apoまたはholo） Template 鋳型タンパク質名 Query_from ターゲットタンパク質のアラインされた領域の先頭残基番号 Query_to ターゲットタンパク質のアラインされた領域の末尾残基番号 Query_alignment ターゲットタンパク質のアライメント配列 Template_from 鋳型タンパク質のアラインされた領域の先頭残基番号 Template_to 鋳型タンパク質のアラインされた領域の末尾残基番号 Template_alignment 鋳型タンパク質のアライメント配列 Alignment_line アライメントのライン Identity(%) 配列一致度

id 内部用連番ID accession MassBankレコードID record_title MassBankレコードタイトル name サンプルの名称 date 作成日付 authors 著者名 license データに対するライセンス（Creative Commons） formula 組成式 exact_mass mass解析値 group データ登録機関名

ID エントリのID Accession アクセション番号 Description 説明 SO name 配列オントロジーによる分類 Organism 生物種 Xref クロスリファレンス情報 Length 配列長 Sequence 配列 Second Structure Thumbnail RNA二次構造画像のサムネイル Second Structure (PNG) RNA二次構造画像（PNG形式） Second Structure (PDF) RNA二次構造画像（PDF形式）

mKIAA No. マウスKIAAの遺伝子番号 Clone name クローン名 Accession No. DDBJ/GenBank/EMBLデータベース登録番号 Alias Name 遺伝子名 Antigen size 抗原の大きさ Antigen solubility 抗原の可溶性 Homolog human clone 相同なヒトクローン名 Reference protein 参照タンパク質 Predicted molecular weight 予想される分子量 Predicted gene function 予想される遺伝子機能（ジーンオントロジー番号） Antigen sequence name 抗原の配列名 Antigen sequence 抗原のアミノ酸配列 Purification tag 精製タグの状況 Western blot (adult organs) ウェスタンブロットの結果（成体マウスの臓器） Western blot (cell lines) ウェスタンブロットの結果（培養細胞株） Infrared Fluorescence scanner (cerebellum) 赤外蛍光による観察（小脳） Infrared Fluorescence scanner (forebrain 1) 赤外蛍光による観察（前脳１） Infrared Fluorescence scanner (forebrain 2) 赤外蛍光による観察（前脳２） Confocal laser scanning microscope (neocortex 1) 共焦点レーザー顕微鏡による観察（新皮質１） Confocal laser scanning microscope (neocortex 2) 共焦点レーザー顕微鏡による観察（新皮質２） confocal laser scanning microscope (hippocampus) 共焦点レーザー顕微鏡による観察（海馬） Confocal laser scanning microscope (cerebellum) 共焦点レーザー顕微鏡による観察（小脳） Immunoprecipitation 免疫沈降の結果 Mascot search results 質量分析でのMascot解析の結果 Ectopic expression (phase) 培養細胞でのKIAAの発現（位相差像） Ectopic expression (fluoro) 培養細胞でのKIAAの発現（蛍光像） mKIAA cDNA array analysis マウスKIAA cDNAのアレイ実験の結果

mKIAA No. マウスKIAAの遺伝子番号 Pathway image 情報伝達経路のイメージ KeyMolnet file KeyMolnetソフト由来のファイル Reference 関連論文

Database Name データベース名 JSNP_SNP：一塩基多型 JSNP_InsDel_IND：挿入／欠失 JSNP_InsDel_MIC：マイクロサテライト JSNP ID JSNP ID IMS-JSTで始まるID：東大医科研・JST由来 ssjで始まるID：理研遺伝子多型研究センターまたは東京女子医科大学由来 Allele Frequency （簡易検索ページのみ）同一JSNP IDのアレル頻度情報へのリンク Screening Information （簡易検索ページのみ）同一JSNP IDの多型探索情報へのリンク Mapping Information （簡易検索ページのみ）同一JSNP IDのマッピング情報へのリンク Integrated List （簡易検索ページのみ）同一JSNP IDの統合リストへのリンク dbSNP ss# dbSNPにおけるss （submitted SNP） number dbSNP rs# dbSNPにおけるrs （reference SNP） number 5' Flanking Sequence 多型の5’側の配列 Observed 実験で得られたアレル 3' Flanking Sequence 多型の３’側の配列 Offset in Flanking Sequence 前後配列上の多型の位置 Total Length トータル配列長 Accession No. 多型探索実験で対象とした配列のアクセション番号 Offset in Record 多型探索実験で対象とした配列上の多型の位置 Comment Type 多型が反復配列中に存在する場合は"1"を、多型の前後配列が反復配列と重複している場合は"2"を表示 Gene Symbol 多型が位置する遺伝子略称 （LocusLink,、GenBank、Unigeneによる） JSNP previous ID 過去のJSNP ID （IMS-JST104817～IMS-JST105472およびIMS-JST075266～IMS-JST075585はIDがssjへ変更されている） JSNP reference ID 参照用JSNP ID （複数のJSNP IDが同一の多型に与えられている場合）

JSNP ID JSNP ID Panel_ID 頻度を調べた日本人集団のID - JBIC-allele - 752 anonymous unrelated Japanese volunteers - RIKEN-allele - 893 anonymous unrelated Japanese volunteers - POP_102 - 144 unrelated Japanese volunteers with rheumatoid arthritis under informed consent - POP_103 - 16 unrelated Japanese volunteers with adult-onset Still's disease under informed consent - POP_104 - 92 healthy unrelated Japanese volunteers under informed consent - RIKEN_japanese_normal_weight - 711 unrelated japanese normal weight volunteers ( body mass index <= 25kg/m2 ) - RIKEN_japanese_obese - 796 unrelated japanese obese patients ( body mass index >= 30kg/m2 ) dbSNP ss# dbSNPにおけるss （submitted SNP） number dbSNP rs# dbSNPにおけるrs （reference SNP） number allele-1 アレル1 allele-2 アレル2 allele-1 frequency アレル1の頻度 allele-2 frequency アレル2の頻度 the number of chromosomes examined 頻度を調べた染色体数（サンプルサイズ）

JSNP ID JSNP ID In Gene 多形探索実験において、多型が位置する遺伝子領域区分 - promoter*1: GenBankエントリ中のアノテーション - promoter*2: GENSCANによる予測 - promoter*3: 推定プロモータ (RefSeqのmRNAレコードの開始位置の1.5kb上流) - CDS*1: GenBankエントリ中のアノテーション - CDS*2: GENSCANによる予測 - CDS*3: cDNAとのホモロジー検索による抽出 - exon*1: GenBankエントリ中のアノテーション（either positively or passively） - exon*3: mRNA/cDNA/Unigeneレコードとのホモロジー検索による抽出 - intron*1: GenBankエントリ中のアノテーションまたはExon*1やCDS*1の間 - intron*2: CDS*2の間 - intron*3: Exon*3やCDS*3の間 - others: 遺伝子の周辺領域 Type 多型の種類 - SNP：一塩基多型 - IND：挿入／欠失 - MIC：マイクロサテライト Frequencies dbSNPにおけるマイナーアレル頻度（複数） [ ]内の値はJSNPのオリジナルアレル頻度 allele 実験で得られたアレル dbSNP ss# dbSNPにおけるss （submitted SNP） number dbSNP rs# dbSNPにおけるrs （reference SNP） number HGVbase-ID HGVbaseにおけるID 5' assay 多型の5’側の配列 3' assay 多型の3’側の配列 Screened Accession 多型探索実験で対象とした配列のアクセション番号 Screened Position 多型探索実験で対象とした配列上の多型の位置 Screened Symbol 多型探索実験で対象とした配列に関連する遺伝子名 Screened OMIM-ID 多型探索実験で対象とした配列に関連するOMIM ID

snp_id JSNP ID snp_type 多型の種類：SNPまたはIND(挿入/欠失) 5_flank_seq 多型の5'側の配列 na_var 塩基多型 3_flank_seq 多型の3'側の配列 for_primer e-PCRにおけるフォワードプライマー塩基配列 back_primer バックワードプライマー塩基配列 product_size PCR産物の配列長 freq_minor JSNPオリジナルのマイナーアレル頻度（-1：頻度情報なし） freq_major JSNPオリジナルのメジャーアレル頻度 chr 多型がマッピングされた染色体番号 chr_start 染色体上の多型の開始位置 chr_end 染色体上の多型の終了位置 chr_direct 染色体に対する前後配列の向き contig_acc 多型がマップされたゲノムコンティグ（RefSeq NT）のアクセッション番号 contig_start ゲノムコンティグ上の多型の開始位置 contig_end ゲノムコンティグ上の多型の終了位置 contig_direct ゲノムコンティグに対する前後配列の向き hit_count ゲノム全体に対して多型をマップできた位置の数 gene_na_acc 多型をマップした遺伝子（RefSeq NM/XM）のアクセション gene_aa_acc 多型をマップした遺伝子（RefSeq NP/XP）のアクセション symbol 多型をマップした遺伝子の略称 locus_id 多型をマップした遺伝子（LocusLink）のID gene_direct 遺伝子の向きに対する前後配列の向き +：同じ場合 -：異なる場合 str_type 多型がマップされた遺伝子構造 CDS、exon、intron、5'-UTR、3'-UTR aa_var アミノ酸残基の変化 codon_var コドンの変化 codon_posi コドン中の多型の位置 dbsnp_rs_id dbSNPにおけるrs (reference SNP) number dbsnp_ss_id dbSNPにおけるss (submitted SNP) number

JSNP ID JSNP ID Chromosome 染色体番号 Location 染色体バンド名 Evidence of Location 染色体バンド名の情報源 - GenBankの "/chromosome" 、"/map" - EntrezGeneの "CHR"、"MAP" - UniGeneの "CHROMOSOME"、"CYTOBAND" In Gene マッピング結果において多型が位置する遺伝子領域区分 - promoter*1: GenBankエントリ中のアノテーション - promoter*2: GENSCANによる予測 - promoter*3: 推定プロモータ (RefSeqのmRNAレコードの開始位置の1.5kb上流) - CDS*1: GenBankエントリ中のアノテーション（either positively or passively） - CDS*2: GENSCANによる予測 - CDS*3: cDNAとのホモロジー検索による抽出 - exon*1: GenBankエントリ中のアノテーション（either positively or passively） - exon*3: mRNA/cDNA/Unigeneレコードとのホモロジー検索による抽出 - intron*1: GenBankエントリ中のアノテーションまたはExon*1やCDS*1の間 - intron*2: CDS*2の間 - intron*3: Exon*3やCDS*3の間 - others: 遺伝子の周辺領域 Type 多型の種類 Frequencies dbSNPにおけるマイナーアレル頻度（複数） [ ]内の値はJSNPのオリジナルアレル頻度 allele アレル塩基配列 dbSNP ss# dbSNPにおけるss (submitted SNP) number dbSNP rs# dbSNPにおけるrs (reference SNP) number HGVBase-ID HGVbaseにおけるID 5' assay 多型の5’側の配列 3' assay 多型の3’側の配列 Mapping Accession マッピングされたRefSeq-Contigアクセション番号(NT) Mapping Position マッピングされたRefSeq-Contigアクセション番号(NT)上の位置 Mapping Symbol マッピングされた多型に関連する遺伝子名 Mapping OMIM-ID マッピングされた多型に関連するOMIM ID Screened Accession 多型探索実験で対象としたGenBank配列アクセション番号 Screened Position 多型探索実験で対象としたGenBank配列上の位置 Screened Symbol 多型探索実験で対象としたGenBank配列に関連する遺伝子名 Screened OMIM-ID 多型探索実験で対象としたGenBank配列に関連するOMIM ID

Probe no プローブ番号 Probe ID プローブID TU ID TU（Transcriptional Unit）のID Microarray Microarrayの名前 ・RED : RMOSデータベースで使用されるRice 9k Array ・ARRAY22K : KOMEデータベースで使用されるRice 22k Array Accession 遺伝子アクセッション番号 5'end Accession 遺伝子アクセッション番号（プローブ 5'末端） 3'end Accession 遺伝子アクセッション番号（プローブ 3'末端） Gene name 遺伝子名 Probe name プローブ名 Annotation プローブのアノテーション 5'probe sequence プローブ配列（5'末端） 3'probe sequence プローブ配列（3'末端）

Experiment no 実験番号 Experiment ID Research ID, Round, Control IDデータのGroup no, Target IDデータのGroup noを '_' でつなげた文字列 Microarray Microarrayの名前 ・RED : RMOSデータベースで使用されるRice 9k Array ・ARRAY22K : KOMEデータベースで使用されるRice 22k Array Control ID コントロール・データ redii_inaho_sampleテーブルの「Sample ID」に対応 Target ID ターゲット・データ redii_inaho_sampleテーブルの「Sample ID」に対応 Control dye コントロール色素 Target dye ターゲット色素 Experimenter ユーザ名 Institute 組織 Experimental category1 実験カテゴリー 1 Experimental category2 実験カテゴリー 2 Experimental category3 実験カテゴリー 3 Experimental category4 実験カテゴリー 4 Keyword 実験キーワード Method メソッド Experiment Date 1 実験日 1 Glass ID 1 アレイglassのID 1 Glass Production Date 1 アレイglassの製作日 1 Spotter No 1 スポット番号 1 Pen Set ID 1 PenセットID 1 Glass Batch ID 1 アレイglassのバッチ 1 Experiment Date 2 実験日 2 Glass ID 2 アレイglassのID 2 Glass Production Date 2 アレイglassの製作日 2 Spotter No 2 スポット番号 2 Pen Set ID 2 PenセットID 2 Glass Batch ID 2 アレイglassのバッチ 2

Sample ID サンプルID Microarray Microarrayの名前 ・RED : RMOSデータベースで使用されるRice 9k Array ・ARRAY22K : KOMEデータベースで使用されるRice 22k Array Experiment ID オリジナルの実験ID Research ID, Round, Group noを '_' でつなげた文字列 Organism 生物種 Subspecies 亜種 Cultivar 栽培品種 Developmental Stage 発生段階 Tissue 組織 Mutant 変異体 Transgenic トランスジェニック

Microarray Microarrayの名前 ・RED : RMOSデータベースで使用されるRice 9k Array ・ARRAY22K : KOMEデータベースで使用されるRice 22k Array Experiment no 実験番号 Spot ID スポットID Probe no プローブ番号 Probe name プローブ名 Expression value 発現値（log比率）

Research ID 研究ID（課題番号） Institute 組織 Section 部門 User name ユーザ名 Experimental title 実験タイトル（研究課題） Year 年 HP url サイトのURL

Experimental ID Research ID, Round, "C", Control noデータのGroup no, Control noデータのIntra no, "T", Target noデータのGroup no, Target noデータのIntra noを '_' でつなげた文字列 Research ID 研究ID（課題番号） Round ラウンド（第～期） Combination ID サンプル組み合わせのID Control no コントロール・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 Target no ターゲット・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 Method メソッド 1 : 1色法 2 : 2色法 Release 課題の公開状況

Info ID 実験情報のID Research ID 研究ID（課題番号） Round ラウンド（第～期） Control no コントロール・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 Target no ターゲット・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 Glass position アレイglass上の位置情報 1 : 1st glass 2 : 2nd glass Probe type プローブのタイプ f : Rice8987 f_array（Full insert version） 3 : Rice8987 Array（3'UTR version） g : Rice8987 g_array（Full insert version） others : その他のタイプ 空欄 : 不明 glass ID アレイglassのID experiment date 実験日 glass production date アレイglassの製作日 spotter No スポット番号 pen set Penセット glass batch アレイglassのバッチ Array name 配列名

Research ID 研究ID（課題番号） Round ラウンド（第～期） Sample no サンプル番号 Sample name サンプル名 Sample type サンプルのタイプ C : コントロールサンプル T : ターゲットサンプル Treatment keyword トリートメントキーワード Physiology1 生理条件 1 Physiology2 生理条件 2 Organism 生物種 Scientific name 学名 Cultivar 栽培品種 Tissue stage detail 組織ステージの詳細 stage Keyword 発生段階 other stage Keyword 別の発生段階 tissue Keyword 採取器官 other tissue Keyword 別の採取器官 mRNA type mRNAタイプ t : トータル m : mRNA Treatment comment トリートメントの詳細 Group no グループ番号 Intra no イントラ番号（識別ID）

Experimental ID Research ID, Round, "C", Control noデータのGroup no, Control noデータのIntra no, "T", Target noデータのGroup no, Target noデータのIntra noを '_' でつなげた文字列 Research ID 研究ID（課題番号） Round ラウンド（第～期） Control no コントロール・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 Target no ターゲット・データ red_sampleテーブルの「Sample number」に対応 Element No(Glass) エレメント番号（アレイglass上の位置情報） EST name EST名 red_estの「Clone name」に対応 Expression value 発現値（正規化された比率平均）

Element No(Glass) エレメント番号（アレイglass上の位置情報） Clone name クローン名 Accession_01 DDBJ アクセッション番号（5'末端） Accession_02 DDBJ アクセッション番号（3'末端） Locus name 遺伝子座 Chr type 染色体番号 EST cluster type クラスタータイプ D : クローン配列を直接ゲノムへマッピング G : 類似配列グループの代表クローン配列をゲノムへマッピング Availability 利用可能かどうか true : 利用可 false : 利用不可 3'UTR M /no check PCR産物のチェック結果（3'UTR) 空欄：結果は予測バンド位置と一致 no : no band m : multiband Full insert M /no check PCR産物のチェック結果（Full inserts) 空欄：結果は予測バンド位置と一致 no : no band m : multiband Destination Plate PCRチェックを行う際に使用したDestination Plateの番号 Dplate Pos PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate上での位置 Mapped 3'UTR Primer seq (Upper) マップされた3'UTRプライマー配列（Upper） Mapped 3'UTR Primer seq (Lower) マップされた3'UTRプライマー配列（Lower） Unmapped 3'UTR Primer seq (Upper) マップされていない3'UTRプライマー配列（Upper） Unmapped 3'UTR Primer seq (Lower) マップされていない3'UTRプライマー配列（Lower） Putative Identification クローン配列から推定されたGene Identification

Extract name 実験の内部ID FF ontology FANTOMで定義されたオントロジーのID Description 実験の説明 Catalog ID RNAのカタログID Category 実験のカテゴリ Species 生物種 (ヒトまたはマウス) Sex 性別 Age 年齢 Developmental stage 発達段階 Tissue 組織 Cell lot 細胞のロット番号 Cell type 細胞の種別 Catalogue ID 細胞のカタログ番号 Collaboration 共同研究先 Provider 細胞の提供元 Extraction protocol RNA抽出の実験手法 Material type RNAサンプルの種別 RNA tube RNAチューブの内部ID。Extract nameと同じ。 Sample name サンプル名 RNA extraction RNA抽出の実験手法 RNA ID RNAの内部ID Comment on RNA RNAに関するコメント ratio_260/230 サンプルの吸光度比(260nm/230nm) ratio_260/280 サンプルの吸光度比(260nm/280nm) Concentration RNA濃度 RNA Integrity number RIN値 lsid サンプルグループのID Library protocol ライブラリ化の実験手法 Library ID ライブラリID Sequence protocol 配列決定の手法 Machine name マシン名 Run name ラン名 Flowcell channel フローセルのチャネル Alignment protocol 配列マッピングの手法 BAM file リード配列の参照配列へのマッピング結果 (BAM形式) BAI file BAMファイルのインデックスファイル CAGE TSS file CAGEタグの解析で同定した転写開始点 (BED形式) Ribosomal DNA sequence file リボソームDNAリピートユニットにヒットした配列のデータファイル（FASTA形式） Barcode RNAサンプル識別のためのバーコード配列

Extract name 実験の内部ID FF ontology FANTOMで定義されたオントロジーのID Description 実験の説明 Catalog ID RNAのカタログID Category 実験のカテゴリ Species 生物種 (ヒトまたはマウス) Sex 性別 Age 年齢 Developmental stage 発達段階 Tissue 組織 Cell lot 細胞のロット番号 Cell type 細胞の種別 Catalogue ID 細胞のカタログ番号 Collaboration 共同研究先 Provider 細胞の提供元 Extraction protocol RNA抽出の実験手法 Material type RNAサンプルの種別 RNA tube RNAチューブの内部ID。Extract nameと同じ。 Sample name サンプル名 RNA extraction RNA抽出の実験手法 RNA ID RNAの内部ID Comment on RNA RNAに関するコメント ratio_260/230 サンプルの吸光度比(260nm/230nm) ratio_260/280 サンプルの吸光度比(260nm/280nm) Concentration RNA濃度 lsid サンプルグループのID Library protocol ライブラリ化の実験手法 Library ID ライブラリID Sequence protocol 配列決定の手法 Machine name マシン名 Run name ラン名 Flowcell channel フローセルのチャネル Alignment protocol 配列マッピングの手法 BAM file リード配列の参照配列へのマッピング結果 (BAM形式) BAI file BAMファイルのインデックスファイル CAGE TSS file CAGEタグの解析で同定した転写開始点 (BED形式) Ribosomal DNA sequence file リボソームDNAリピートユニットにヒットした配列のデータファイル（FASTA形式）

id 内部ID accession 分析毎に付与されたID sample_name 試料名 sample_condition 試料の状態に関する詳細情報 fraction 抽出画分名 instrument 分析機器名 program 解析に使用したプログラム名 method 分析手法の詳細情報 reference 参考文献 author 著者名 author_affiliation 著者所属名 comment コメント end Excelで開いた場合に最終列を示すためのタグ

Accession DDBJアクセッション番号 Custom_CM_alllist 22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイのいずれかの上に存在するクローン 22,723件 Custom_CM_diff 22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で、有無が異なるクローン 2,013件 Custom_list 22Kカスタムアレイ (Rice Oligo Microarray ver. 1) のクローン 21,938件 Custom_CM_add データ更新に伴うMappingによりTUが増加したクローン 785件 (22Kカスタムアレイへ追加) Custom_CM_delete 22Kカスタムアレイ上から削除したクローン 1,228件 ・データ解析より： 340件 同一TU、同一アノテーションであり、クロスハイブリを起こす可能性がある。 ・10種類のハイブリ実験結果とデータ解析により： 888件 ゲノムにマップされず、植物アノテーションを持たない、なおかつ発現量が低いもの。 Custom_CM_common 22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で共通したクローン 20,710件 CM_list 22K コマーシャルアレイ （Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A）のクローン 21,495件 HitAccession クローンの配列を使用してBlastでヒットした配列のDDBJアクセッション番号 Blast Type BLASTN / BLASTX Definition HitAccessionに付記されたアノテーション

Element No. (Glass) エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照) Clone id クローンID 96 Plate PCRチェックを行う際に使用した96 Plateの番号 Position PCRチェックを行う際に使用した96 Plate内での位置 PCR products check (3'UTR) PCR産物のチェック結果（3'UTR） ・空欄：結果は予測バンド位置と一致 ・no : no band ・m : multiband PCR products check (Full) PCR産物のチェック結果（Full inserts） ・空欄：結果は予測バンド位置と一致 ・no : no band ・m : multiband Accession id 1 DDBJアクセッション番号 1 Accession id 2 DDBJアクセッション番号 2

Element No. (Glass) エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照) Clone name クローン名 Dplate PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate名 Dplate Pos. PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate上の位置 PCR products check (Full inserts) PCR産物のチェック結果（Full inserts） ・空欄：結果は予測バンド位置と一致 ・no : no band ・m : multiband Accession (5') DDBJ アクセッション番号（5'末端） Accession (3') DDBJ アクセッション番号（3'末端）

Element No. (Glass) エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照) Spot No. スポット番号 Clone name クローン名 Putative Gene Identification クローン配列から推定されたGene Identification Destination Plate (96) PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plate番号 Dplate Pos. PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plate上での位置 Source Plate Name Source Plate名 *現在データ無し Clone Pos in STAFFDWP STAFFDWP（STAFFでの保管に使用されていたDeep Well Plate）でのクローン位置 *現在データ無し Accession No. (A) DDBJアクセッション番号（Aがついたクローン名のもの） Accession No. (Z) DDBJアクセッション番号（Zがついたクローン名のもの） Primer No. プライマー番号 *現在データ無し to Full Spot No. フルスポット番号へ *現在データ無し 384Plate マイクロアレイ作成時にcDNAのスポッティングに用いた384穴Plateの番号 384Plate Pos. マイクロアレイ作成時にcDNAのスポッティングに用いた384穴Plate上の位置

f_array_element f_array エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照) Accession1 DDBJアクセッション番号 1 Accession2 DDBJアクセッション番号 2 Clone name クローン名 DDBJ name DDBJのDefinitionに記載された名 Multi クローン配列に類似性が高いゲノム配列が複数あるものについて、クローン配列と類似性の高いものからA, B・・の順に記載 Mapping D : クローン配列を直接ゲノムへマッピング G : 類似配列グループの代表クローン配列をゲノムへマッピング Chr. クローン配列と類似性の高いゲノム配列の存在する染色体番号 Clone name (group) グループの代表クローン名 Multi (group) グループの代表クローン配列に類似性が高いゲノム配列が複数あるものについて、代表クローン配列と類似性の高いものからA, B・・の順に記載 Chr. (group) グループの代表クローン配列と類似性の高いゲノム配列の存在する染色体番号

g_Element No. Rice8987 g_array上のElement番号 (位置番号) ；「アレイパターンとクローン配置」のfield内、各セルの左上の番号 f_Element No. Rice8987 f_array上のElement番号 (位置番号) ；「アレイパターンとクローン配置」のfield内、各セルの左上の番号 3UTR Element No. Rice8987 Array (3'UTR version)上のElement番号 (位置番号) ＊「アレイパターンとクローン配置」には情報がありません。 Clone name クローン名 Accession 01 DDBJアクセッション番号 01 Accession 02 DDBJアクセッション番号 02 Putative Identification クローンの配列情報から推定される (類似) 遺伝子のアノテーション情報 Destination Plate (96) PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plateの番号 Dplate Pos. PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plate上での位置 Full insert M /no check PCR産物のチェック結果（Full inserts : M13 RV primer とM4 primer(TAKARA)を使用) ・空欄：結果は予測バンド位置と一致 ・no : no band ・m : multiband Mapped 3'UTR Primer seq (Upper) マップされた3'UTRプライマー配列（Upper） Mapped 3'UTR Primer seq (Lower) マップされた3'UTRプライマー配列（Lower） Unmapped 3'UTR Primer seq (Upper) マップされていない3'UTRプライマー配列（Upper） Unmapped 3'UTR Primer seq (Lower) マップされていない3'UTRプライマー配列（Lower）

Chrom. No. 染色体番号 Region リージョン番号 Physical map image イネ物理地図のファイル名 First marker 最初のDNAマーカー Distance of first marker (cM) 最初のDNAマーカーの染色体腕端からの遺伝的距離（cM） Last marker 最後のDNAマーカー Distance of last marker (cM) 最後のDNAマーカーの染色体腕端からの遺伝的距離（cM）

Chrom. No. 染色体番号 Region リージョン番号 Physical map image イネ物理地図のファイル名 Order 連鎖順序 Marker マーカー名 Distance (cM) 順序が１つ前のマーカーからの遺伝的距離（cM） YAC clone1 YACクローン 1 ※以下、YACクローン名のあとの「c」の文字は、キメラを表す。 YAC clone2 YACクローン 2 YAC clone3 YACクローン 3 YAC clone4 YACクローン 4 YAC clone5 YACクローン 5 YAC clone6 YACクローン 6 YAC clone7 YACクローン 7 YAC clone8 YACクローン 8 YAC clone9 YACクローン 9 YAC clone10 YACクローン 10 YAC clone11 YACクローン 11 YAC clone12 YACクローン 12 YAC clone13 YACクローン 13 YAC clone14 YACクローン 14 YAC clone15 YACクローン 15 YAC clone16 YACクローン 16 YAC clone17 YACクローン 17 YAC clone18 YACクローン 18 YAC clone19 YACクローン 19 YAC clone20 YACクローン 20 YAC clone21 YACクローン 21 YAC clone22 YACクローン 22 YAC clone23 YACクローン 23 YAC clone24 YACクローン 24 YAC clone25 YACクローン 25 YAC clone26 YACクローン 26 YAC clone27 YACクローン 27 YAC clone28 YACクローン 28 YAC clone29 YACクローン 29 YAC clone30 YACクローン 30

YAC No. YACクローン番号 YAC insert size (kb) YACクローン毎の挿入断片サイズ (kb)

Chrom. No. 染色体番号 Position in a YAC physical map (cM) YAC（酵母人工染色体）物理地図上の位置（遺伝的距離、cM） Marker name マーカー名 Type of marker マーカーのタイプ。 日本晴とKasalath間の多型は「STS」「CAPS」「dCAPS」のいずれかによる。 「NP」は、日本晴とKasalath間で多型が検出できなかったことを示す。 Enzyme マーカータイプが「CAPS」または「dCAPS」の場合に、日本晴とKasalathとの間で多型を検出する制限酵素。「STS」マーカーでは、制限酵素切断は不要。 Amplified band size (bp) 日本晴の増幅バンドのサイズ (bp) 5' primer sequence 5'プライマー配列 3' primer sequence 3'プライマー配列 Mapping population マッピング集団 Position 各マーカーの染色体上の位置は、以前に報告された連鎖地図上 (Harushima et al. 1998 Genetices 148: 479-494, Lin et al.1998 Theor Appl Genet 96: 997-1003)の、同時分離するRFLPマーカーか、隣接するRFLPマーカーの間隔のどちらかによって示されている。 Comment コメント Image file name 1 ゲル電気泳動画像ファイル名 1 Image file name 2 ゲル電気泳動画像ファイル名 2 Image file name 3 ゲル電気泳動画像ファイル名 3 Image file name 4 ゲル電気泳動画像ファイル名 4

Chrom. No. 染色体番号 (UN: Chromosome unknown) YAC Clones YACクローンの数 YAC Contigs YACコンティグの数 Total Length of YAC Contigs (Mb) YACコンティグの全長 (Mb) Coverage (%) カバー率 「YACコンティグの全長(Mb)/（染色体の遺伝子長(cM) X 430(Mb)/1,530.4(cM)） X 100」で算出。 EST Sites EST部位の数 Ave EST Density (EST/100 kb) 平均EST密度 (EST/100 kb)。 「EST数/YACコンティグの全長」で算出。 Contig Image File 染色体分布図の画像ファイル名

Anchor YACのランディングに使用される遺伝子マーカー Chrom. No. 染色体番号 Position (cM) 前のマーカーとの遺伝的距離 (cM) EST Clone ESTクローン (部位) 名 DDBJ Acc FW ESTクローン (正方向配列) のDDBJアクセション番号 DDBJ Acc RV ESTクローン (逆方向配列) のDDBJアクセション番号 Positive YACs ポジティブYAC名 PCR Primer PCRプライマー名 Amplified Band Size 増幅PCRバンドサイズ (kb) Ann T アニーリング温度 (℃) 5'-Primer Sequence プライマー配列 (5'プライマー、20塩基) 3'-Primer Sequence プライマー配列 (3'プライマー、20塩基) Map Image File イネ転写産物地図の画像ファイル名

Complex ID 複合体ID Complex Name 複合体名称 Description 複合体の詳細 CQI CQI (Complex Annotation Quality Check Index)値 品質管理指標 "I.II.III/Total proteins" （I, II, IIIは「タンパク質複合体メンバー」の項目”Category”の数値 (1,2,3) に対応し、複合体構成タンパク質のうち各カテゴリに属するタンパク質の数を示す。表現CQI=0.0.3/3） Number of member proteins 複合体のメンバータンパク質数 Complex Type 複合体タイプ Function Category 機能カテゴリ Subcellular Localization 細胞内局在

Complex ID 複合体ID Rep HIP 代表HIP ID (H-InvDB タンパク質ID) Category 複合体内における信頼度 1:対象タンパク質が複合体を構成することが文献や立体構造で明らかになっているもの 2:対象タンパク質が複合体に対して、関連する機能を持っているもの 3:カテゴリーI, IIに分類されない物であるが、ネットワーク解析により複合体構成タンパク質であると予測されているもの Rep HIT 代表HIT ID (H-InvDB 転写産物ID) Rep HIX 代表HIX ID (H-InvDB 遺伝子座ID) HIT Category 代表HIT IDの信頼度指標 1: 既知のヒトタンパク質 2: 既知のタンパク質と相同なタンパク質 3: InterProドメインをもつタンパク質 4: 保存されたhypothetical protein 5: hypothetical protein Gene Symbol EntrezGene Symbol Number of PPI Members 当該タンパク質が関与するPPI数 Description タンパク質の詳細 Expression iAFLP data (JBIRC) によって決定された10組織カテゴリにおける組織特異的発現量。数値は「neural, blood/spleen/LND, dermal_connective, placenta/testis/ovary, muscle/heart, stomach/colon, liver, lung, kidney/bladder, endocrine_exocrine」の組織順。 Subcellular Localization 細胞内局在 UniProt タンパク質の外部DB参照 (UniProt) RefSeq タンパク質の外部DB参照 (RefSeq) GI タンパク質の外部DB参照 (GI) CCDS タンパク質の外部DB参照 (CCDS) PDB タンパク質の外部DB参照 (PDB)

Rep HIP A 相互作用するタンパク質Aの代表HIP ID (H-InvDBタンパク質ID) Rep HIP B 相互作用するタンパク質Bの代表HIP ID (H-InvDBタンパク質ID) Rep HIT A 相互作用するタンパク質Aの代表HIT ID (H-InvDB転写産物ID) Rep HIT B 相互作用するタンパク質Bの代表HIT ID (H-InvDB転写産物ID) BIND タンパク質の外部DB参照 (BIND) DIP タンパク質の外部DB参照 (DIP) MINT タンパク質の外部DB参照 (MINT) HPRD タンパク質の外部DB参照 (HPRD) HPRDは相互作用に対するID採番がされていないため、相互作用するタンパク質A・BのIDを記載している IntACT タンパク質の外部DB参照 (IntACT) GNP_Y2H タンパク質の外部DB参照 (GNP_Y2H) エラーにより現バージョンでは空欄、次回訂正予定。 PubMed ID 当該タンパク質相互作用に関する文献PubMed ID Experimental Method 当該タンパク質相互作用の検出に用いられた実験手法 (The Proteomics Standards Initiative Molecular Interaction Standard,PSI-MI, controlled vocabulary に従って記載)

Sequence Collection ID 独自にゲノムに付与した通し番号 Classification 生物分類（Archaea、Bacteria、またはEukaryota） Organism Name 生物種名。複数の染色体を持つ生物は染色体番号も含む。 Locus ゲノム配列のRefSeq ID FASTA File ゲノム配列が記載されたFASTAファイル

Sequence ID 独自にアミノ酸配列に付与した通し番号 Sequence Collection ID 独自にゲノムに付与した通し番号 New Approach 新たに開発した手法により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果。 本手法は以下のステップで実行される。 1. β-バレル型膜タンパク質と球状タンパク質のジペプチドの出現傾向を用い、β-バレル型膜タンパク質を検出する 2. さらに、β-バレル型膜タンパク質とヘリックス型膜タンパク質のジペプチドの出現傾向を用い、β-バレル型膜タンパク質を絞り込む 3. 配列長が50以下のタンパク質を除く 4. SOSUIで膜貫通ヘリックス部位が2箇所以上予測されたタンパク質を除く 5. 80%の配列領域において、PDBに登録されている球状タンパク質とヘリックス型膜タンパク質に対し、70%を超える同一性のあるタンパク質を除く 6. SWISS-PROTに登録されている球状タンパク質とヘリックス型膜タンパク質に対し、80%を超える同一性のあるタンパク質を除く SOSUI 膜タンパク質予測ツールであるSOSUIを使い、ヘリックス型膜タンパク質の判別を行った結果 Amino Acid アミノ酸組成を使った統計的手法（TMBETADISC-COMP）により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果 Dipeptide ジペプチドの出現傾向を使った統計的手法（TMBETADISC_DIPEPTIDE）により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果 Motif 上記のモチーフを使った統計的手法（TMBETADISC-MOTIF）により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果 SVM アミノ酸組成とジペプチド出現傾向をSVM（Support Vector Machine）で機械学習を行った分類器（TMBETA-SVM）を使い、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果 Header FASTAファイルに記載されたアミノ酸配列データのヘッダ行 Sequence アミノ酸配列

Chrom. No. 染色体番号 Floating marker フローティングマーカー。 「F」は遺伝子座分離データが異なる位置のデータといかなる組換えも示さなかったことを表す。 「F」が表示されている場合、最小位置はPositionカラム、最大位置はMaxカラムで表示される。 Position 短腕末端からの遺伝子座の遺伝的距離。 Floating markerカラムが「F」の場合は最小位置を示す。 Max Floating markerカラムが「F」の場合は最大位置を示す。 Marker name マーカー名：マーカー名をlocus nameとして使用しており、「DNAマーカー詳細情報」の「Real name」と同じ Accession 5'_1 プローブとして使用した挿入断片である 5'末端のDDBJシーケンスアクセッション番号 Accession 5'_2 5'末端に２個のアクセッション番号がある場合の、もう一つのDDBJアクセッション番号 Accession 3' 3'末端のDDBJシーケンスアクセッション番号

Chrom. No. 染色体番号 Locus name ローカス名 Real name 複数箇所の多型が検出された場合に、本来の配列情報に一致するマーカーのローカス名を「Real name」とした。 「高密度連鎖地図情報」の「Marker name」に同じ。 Restriction enzyme NipponbareとKasalath間の多型を検出する制限酵素名 Nipponbare band size (kb) Nipponbareのサザンバンドサイズ Kasalath band size (kb) Kasalathのサザンバンドサイズ Probe size (kb) プローブのサイズ Vector クローニングベクター Cloning site クローニング部位 Special primers or restriction enzymes for NotI-linking clone NotI-linkingマーカーのための特別なプライマーや制限酵素 Primer sequence 1 マーカーのプライマー配列1 Primer sequence 2 マーカーのプライマー配列2 PCR protocol マーカーのPCRプロトコル Image file name 親サザン画像ファイル名

Chrom. No. 染色体番号 Genotype data 簡易検索サイト上で、全分離個体（186個体）についての遺伝子型データへのリンク Linkage order 簡易検索サイト上で、連鎖地図順のマーカー情報へのリンク Map image file 簡易検索サイト上で、イネ高密度連鎖地図へのリンク

Chrom. No. 染色体番号 Floating marker フローティングマーカー 「F」は遺伝子座分離データが異なる位置のデータといかなる組換えも示さなかったことを表す。 「F」が表示されている場合、最小位置はPositionカラム、最大位置はMaxカラムで表示される。 Position 短腕末端からの遺伝子座の位置 Floating markerカラムが「F」の場合は最小位置 Max Floating markerカラムが「F」の場合は最大位置 Arm セントロメアの連鎖地図上の位置を決めるために用いたマーカーで、telo-torisomyの系統で確認された染色体腕 Locus name 遺伝子座名 Image file name 親サザン画像ファイル名 Accession マーカー配列のDDBJアクセッション番号 Accession 2 マーカーが２個のアクセッション番号を持つ場合の、もう一つのDDBJアクセッション番号 Orignal clone name オリジナルのクローン名 Protein PIRデータベース R48.0 および SWISS-PROT R33に出現した最も類似したタンパク質の名前 Organism PIRデータベース R48.0 および SWISS-PROT R33に出現した最も類似したタンパク質を持つ生物名 Score PIRデータベース R48.0 および SWISS-PROT R33に出現した最も類似したタンパク質のbitsスコア

Chrom. No. 染色体番号 Isozyme locus アイソザイム遺伝子座名 Enzyme name アイソザイムとして推定された遺伝子座がコードする酵素名 cDNA locus 1 第１cDNA由来の遺伝子座 Position 1 第１cDNA由来の遺伝子座の位置 cDNA locus 2 第２cDNA由来の遺伝子座 Position 2 第２cDNA由来の遺伝子座の位置 cDNA locus 3 第３cDNA由来の遺伝子座 Position 3 第３cDNA由来の遺伝子座の位置 cDNA locus 4 第４cDNA由来の遺伝子座 Position 4 第４cDNA由来の遺伝子座の位置

Chrom. No. 染色体番号 Locus 遺伝子座名（マーカー名） Genetic code MAPMAKERによる遺伝コード

Chrom. No. 染色体番号 Order 連鎖順序 Markers マーカー名 Distance 順序が１つ後ろのマーカーまでの遺伝的距離（cM） Genotypes mapping populationにおけるマーカーごとに観測された遺伝子型の数 codom：共優性マーカー +/-：優性マーカー

probe_set プローブセット名 probe プローブID hit H-Invitational transcript ID (HIT) hix H-Invitational cluster ID (HIX) score プローブのマッピングスコア (BLASTスコア)

probe_set プローブセットID PGID215:Human 1A Oligo Microarray PGID247:Whole Human Genome Oligo Microarray probe プローブ名 (AgilentのSPOT_ID) no プローブに結合する複数のHIT_IDにおける通し番号 total_no プローブが結合するHITの数 hit H-Invitational transcript ID (HIT) hix H-Invitational cluster ID (HIX) acc GenBank accession number hit_cnt 特定のHITへのプローブの結合領域の数 info プローブの結合位置情報 (結合開始座標：終了座標：ストランド：ミスマッチ数) min_pos プローブが結合するHITの中での最小座標 max_pos プローブが結合するHITの中での最大座標

probe_set GeneChipのアレイ名 probe GeneChipのprobe set名 no プローブセットにおけるHIT-IDの違いに基づいた通し番号 total_no プローブセットに対応するHIT-IDの数 hit H-Invitational transcript ID (HIT) hix H-Invitational cluster ID (HIX) acc GenBank accession ID hit_cnt プローブセット中の特定のHIT 配列に結合するプローブの数 info プローブマッピング位置情報 (各プローブの開始座標：終了座標：プローブの成分となる配列のID：ストランド：ミスマッチ数) min_pos 最小座標 max_pos 最大座標

hix H-Invitational cluster ID (HIX) num SNP数 snps SNPの位置情報 (開始座標：終了座標：NCBI dbSNP IDの"rs"以降数字部分)

probe_set プローブセット名 acc ESTのGenBank Accession ID lst (full length cDNAのNCBI GenBank accession):(blastにおける対応開始位置)(type(+/-))(対応する配列の長さ):(4桁=score)(2桁=percentage)(probability) *scoreは整数 または（整数部小数部併せて４桁の）小数 *percentageは00のとき100の意味 *probabilityは ・Zの場合、0 ・_(整数)の場合、e-(整数) ・(整数)、つまり「_」なしの場合、(1桁)e-(残りの桁)

hosac H-Invitational cluster ID (HIX) chr 染色体番号 h_start 遺伝子座開始座標 h_end 遺伝子座終了座標 strand ストランド ext H-Invitational transcript ID (HIT) acc Genbank accession number unigene Unigene entry name locus Locus ID omim Omim ID definition Definition

chr 染色体番号 a_start 転写物マッピングの開始座標 a_end 転写物マッピングの終了座標 a_name 転写物の名前 strand ストランド cds_start CDS開始座標 cds_end CDS終了座標 exon_count エクソン数 e_start エクソン開始座標 e_end エクソン終了座標 ext H-Invitational transcript ID (HIT) hosac H-Invitational cluster ID (HIX) unigene Unigene entry name locus Locus ID omim Omim ID definition Definition product プロダクト c_start cDNA開始座標 c_end cDNA終了座標

chr 染色体番号 s_start SNP開始座標 s_end SNP終了座標 id SNP ID type SNPのタイプ（genomeなど） info SNPアリル情報

Nikkaji Number 日化辞の化合物ID InChI IUPAC International Chemical Identifier InChIKey IUPAC International Chemical Identifier Key

Chrom. No. 染色体番号 (簡易検索サイトでは、染色体番号から該当のDNAマーカー詳細情報へリンク。イメージファイル名から該当染色体のマップへリンク。） No. of callus cDNA clones カルスcDNAクローンの数 No. of root cDNA clones 根cDNAクローンの数 No. of random genomic clones ランダムなゲノムクローンの数 No. of NotI-linking clones NotI-linkingクローンの数 No. of YAC end clones YACエンドクローンの数 No. of telomere-associated clones テロメアに関連したクローンの数 No. of RAPD markers RAPDマーカーの数 No. of STS markers STSマーカーの数 No. of wheat clones 小麦クローンの数 No. of other clones 他のクローンの数 Total marker number 総マーカー数 Total length in error detection off mode MAPMAKER/EXPのエラー検出オフモードでのKosambiマップ関数による全長 Total length in error detection on mode MAPMAKER/EXPのエラー検出オンモードでのKosambiマップ関数による全長 Difference between error detection on and off mode (cM) エラー検出オンモードとオフモードでの違い (cM) Difference between error detection on and off mode (%) エラー検出オンモードとオフモードでの違い (%) No. of candidate errors by MAPMAKER/EXP MAPMAKER/EXP 3.0によるエラー候補の数 Total number of observed genotypes マップ計算のために観測された遺伝子型の総数 Average number of observed genotypes per marker マーカーごとに観測された遺伝子型の数の平均

Chrom. No. 染色体番号 Two-point distance (cM) 前のマーカーとの2点間の距離 Position (cM) 当該染色体内におけるマーカーの位置 Locus name ローカス名 DDBJ accession No. マーカーの配列のDDBJアクセション番号 Restriction enzyme NipponbareとKasalathの間の多型を検出するための制限酵素名 Nipponbare band size (kb) Nipponbareのサザンバンドサイズ Kasalath band size (kb) Kasalathのサザンバンドサイズ Probe size (kb) プローブのサイズ Vector クローニングベクター Cloning site クローニング部位 Special primers or restriction enzymes for NotI-linking clone NotI-linkingマーカーのための特別なプライマーや制限酵素 RAPD primer sequence 1 RAPDマーカーのプライマー配列1 RAPD primer sequence 2 RAPDマーカーのプライマー配列2 PCR protocol for RAPD and STS markers RAPDマーカーとSTSマーカーのPCRプロトコル Image file name サザン画像ファイル名

PDB ID PDB ID Japanese name 生物種の和名 English name 生物種の英名 Scientific name 生物種の学名 Protein name タンパク質名 Gene name 遺伝子名 Source/Organism 生物種 Compound 化合物 Classification 分類 EC number EC番号 Authors 著者 Reference 文献 Key word キーワード Cross reference クロスリファレンス Experimental method 実験手法 Sequence characteristics アミノ酸配列の特性 Sequence アミノ酸配列 Image 立体構造の画像ファイル名

Accession Number アクセション番号 Clone Name クローン名 Length 配列の長さ (bp) GO check_date InterProScan実行日 GO Iprscan Value InterProScan結果へのリンク GO ID GO ID一覧 NR blast_date BLAST実行日(DB: NCBI-nr) NR value BLAST検索結果概要(DB: NCBI-nr) NR definition 相同な配列のdefinition(DB: NCBI-nr) Drosophila blast_date BLAST実行日(DB: D. melanogasterタンパク質配列) Drosophila value BLAST検索結果概要(DB: D. melanogasterタンパク質配列) Drosophila definition 相同な配列のdefinition(DB: D. melanogasterタンパク質配列) C.elegans blast_date BLAST実行日(DB: C. elegansタンパク質配列) C.elegans value BLAST検索結果概要(DB: C. elegansタンパク質配列) C.elegans definition 相同な配列のdefinition(DB: C. elegansタンパク質配列) Anopheles blast_date BLAST実行日 (DB: A. gambiaeタンパク質配列) Anopheles value BLAST検索結果概要 (DB: A. gambiaeタンパク質配列) Anopheles definition 相同な配列のdefinition (DB: A. gambiaeタンパク質配列) Apis blast_date BLAST実行日(DB: A.melliferaタンパク質配列) Apis value BLAST検索結果概要(DB: A.melliferaタンパク質配列) Apis definition 相同な配列のdefinition(DB: A.melliferaタンパク質配列) Tribolium blast_date BLAST実行日(DB: T. castaneumタンパク質配列) Tribolium value BLAST検索結果概要(DB: T. castaneumタンパク質配列) Tribolium definition 相同な配列のdefinition(DB: T. castaneumタンパク質配列) Cluster Size 同一クラスタに属する配列の数 Rep ID 代表的ESTのアクセション番号 cDNA library name cDNAライブラリ名 Sequence 配列

Rep ID 各クラスタの代表的ESTのアクセション番号 Cluster Size 各クラスタの全クローン件数 an-- an--のクローン件数 bmmt bmmtのクローン件数 bmov bmovのクローン件数 bmte bmteのクローン件数 BmN- BmN-のクローン件数 br-- br--のクローン件数 brP- brP-のクローン件数 brS- brS-のクローン件数 caL- caL-のクローン件数 ce-- ce--のクローン件数 ceN- ceN-のクローン件数 cesb cesbのクローン件数 dpe- dpe-のクローン件数 e100 e100のクローン件数 e4 e4のクローン件数 e96h e96hのクローン件数 epM- epM-のクローン件数 epV3 epV3のクローン件数 F1mg F1mgのクローン件数 famL famLのクローン件数 fbf fbfのクローン件数 fbm fbmのクローン件数 fbpv fbpvのクローン件数 fbS2 fbS2のクローン件数 fcaL fcaLのクローン件数 fcP8 fcP8のクローン件数 fe8d fe8dのクローン件数 ffbm ffbmのクローン件数 FJsb FJsbのクローン件数 fmgV fmgVのクローン件数 fner fnerのクローン件数 ftes ftesのクローン件数 fufe fufeのクローン件数 fwgP fwgPのクローン件数 heS0 heS0のクローン件数 heS3 heS3のクローン件数 J150 J150のクローン件数 JFsb JFsbのクローン件数 maV3 maV3のクローン件数 MFB- MFB-のクローン件数 mg mgのクローン件数 msgV msgVのクローン件数 MSV3 MSV3のクローン件数 mxg- mxg-のクローン件数 n nのクローン件数 Nnor Nnorのクローン件数 NRPG NRPGのクローン件数 NV02 NV02のクローン件数 NV06 NV06のクローン件数 NV12 NV12のクローン件数 ovS0 ovS0のクローン件数 ovS3 ovS3のクローン件数 P5PG P5PGのクローン件数 pg-- pg--のクローン件数 phe- phe-のクローン件数 prgv prgvのクローン件数 prW- prW-のクローン件数 ps4M ps4Mのクローン件数 psV3 psV3のクローン件数 PSV3 PSV3のクローン件数 tesS tesSのクローン件数 tesV tesVのクローン件数 vg4M vg4Mのクローン件数 wd-- wd--のクローン件数 wdV1 wdV1のクローン件数 wdV3 wdV3のクローン件数 ws0 ws0のクローン件数 ws2 ws2のクローン件数 ws3 ws3のクローン件数 wv4 wv4のクローン件数 swa swaのクローン件数 swb swbのクローン件数 swc swcのクローン件数 swd swdのクローン件数 swe sweのクローン件数 swf swfのクローン件数 swg swgのクローン件数 swh swhのクローン件数 swj swjのクローン件数 swk swkのクローン件数 swl swlのクローン件数 swp swpのクローン件数 BmP BmPのクローン件数 L1 L1のクローン件数 L2 L2のクローン件数 L3 L3のクローン件数 L4 L4のクローン件数 L5 L5のクローン件数 L6 L6のクローン件数 L7 L7のクローン件数 L8 L8のクローン件数 L9 L9のクローン件数 L10 L10のクローン件数 L11 L11のクローン件数 L12 L12のクローン件数 L13 L13のクローン件数 L14 L14のクローン件数 L15 L15のクローン件数 L16 L16のクローン件数 Other その他ライブラリのクローン件数

Rep ID 代表的ESTのアクセション番号 ORF Name ORFの名前 Frame フレーム番号 ORF Number ORFの番号 Threshold 配列長（終止コドンを含む）の閾値 Length 配列の長さ (bp) Sequence アミノ酸配列

Rep ID 代表的ESTのアクセション番号 ORF Name ORFの名前 CRC64 各配列におけるCRC64の値 Length 配列の長さ (bp) Analysis 解析プログラム Signature Accession モチーフのaccession Signature Description モチーフのdescription Start location モチーフの開始位置 Stop location モチーフの終了位置 Score 機能部位配列への一致度のE-value Status 機能部位配列との一致状況のステータス (“T”=一致) InterPro accession InterProアノテーションのaccession InterPro description InterProアノテーションのdescription GO terms GOターム

Registered library name 登録されたライブラリ名 Library synonym ライブラリ別名 (オリジナルの名前) Local library name ローカルライブラリ名 Strain/Race 系統 Organ/Tissue 臓器/組織 Developmental stage 発生ステージ Sex 性別 Vector ベクター名 Cloning sites クローニング部位 Sequence direction シークエンス解析を行った方向 Accession number 対応するクローンのアクセション番号 Clone name クローン名の命名規則 Note 注釈

Accession Number (アクセッション番号) Soil Icon 土壌群と土地利用を記号で表示 Accession Number (アクセッション番号) 管理者が指定する土壌登録番号 ＊Accession Numberの識別 ・ハイフン前方の6桁の数字が同じ場合、同一反復(処理)区かつ同一採取日のサンプルであることを示す ・ハイフン後方について 例）001531-1, 001531-2・・・ 1処理区の2反復 　　001533-0 ・・・ 反復のない場合 　　001534-a, 001534-b ・・・ １処理区内の2サブサンプル 　　001536-1a, 001536-1b ・・・ １反復内の2サブサンプル 　　001538-1* ・・・ *はその反復（処理区）を代表するサンプルであることを示す 　　001539-1.1, 001539-1.2 ・・・ドットの後の数字は、1反復（処理区）の土からDNA抽出を複数回 行った場合の識別 　　001541-1.mix ・・・ ドットの後の｢mix｣表示は、同じ土からとった複数のDNA抽出サンプルを 混合した場合の識別 　　001542-1.repeat ・・・ ドットの後の｢repeat｣表示は、既に同一サンプルを登録してある場合の識別 Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) DGGE Standardized 標準マニュアルに従ってDGGEを実行（B: 一般細菌相、F: 糸状菌相、N: 線虫相） Associated Data (関連データ) Repeat Data (反復データ) 反復データがある場合に表示 Sample Registration (サンプル登録) Collector (採取者名) 採取者名 Affiliation (所属名) 所属名 Sampling Date (採取年月日) 採取年月日 Experimental Purpose (試験目的) Experimental Purpose (試験目的) 例）肥料と収量の関係 Experimental Plan (試験設計) Experimental Plan (試験設計) 例）X区=A処理×B処理×C反復、あるいは現地調査A地点の反復サンプル数Cなどのように Sample Information (サンプル情報) Sample Information (サンプル情報) DNA情報に相当するサンプルの情報　例）X処理のZ区の反復2番目 Experimental Plot (試験区面積) Experimental Plot (試験区面積) 試験区面積 Sampling Site (採取場所) Latitude (緯度(北緯)) * 非公開にしました(2019/10/17) 緯度(北緯) Longitude (経度(東経)) * 非公開にしました(2019/10/17) 経度(東経) Location * 非公開にしました(2019/10/17) サンプルの採取場所を示すGoogle Mapsへのリンク Note (備考) 備考 Origin (由来) Origin (由来) non-rhizosphere（非根圏）、rhizosphere（根圏）、その他から選択 Note (備考) 備考 Soil Groups (土壌群) Soil Groups (土壌群) 農耕地土壌分類（第3次案）の24群から選択 Land Use (土地利用) Land Use (土地利用) 田、普通畑、樹園地（果樹園・茶園等）、草地（牧草地・放牧地等）、その他（耕作放棄地・非農耕地）から選択 Physical and Chemical Properties of Soil (土壌物理化学性) Soil Texture (土性) 土性11項目から選択 pH (pH (風乾土)) pH (風乾土) EC (EC) EC Total C (炭素含有率) 炭素含有率 Total N (窒素含有率) 窒素含有率 Soil Biomass (土壌バイオマス) 微生物バイオマス量 Available P (可給態P) トルオーグリン酸 Nitrogen Mineralization Rate (窒素無機化量) 培養法（土壌標準分析測定法に準ずる） Soil Respiration Activity (土壌呼吸活性) 土壌呼吸活性 Soil Moisture Content (土壌水分(生土あたりの含水量)) 土壌水分(生土あたりの含水量) Cation Exchange Capacity (CEC) (陽イオン交換容量) 陽イオン交換容量 The Others (その他) その他 Crop (栽培作物) Crop (作物名) 作物名 Cultivar (品種) 品種 Planting Density (1) (栽植密度) 密度（本／m2） Planting Density (2) (栽培様式) 畝間or 条間(cm)×株間(cm) Note (備考) 備考 Organic Fertilizer (有機質肥料) Kind of Organic Material (有機物の種類) 有機物の種類 Rate of Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Fertilizer Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Chemical Fertilizer (化学肥料) Kind of Fertilizer (肥料の種類) 肥料の種類 Rate of Fertilizer Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Fertilizer Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Pesticide Application (薬剤散布) Kind of Pesticide (薬剤の種類) 薬剤の種類 Rate of Pesticide Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Pesticide Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Water Management (水管理) Water Management (水管理) 水管理 Experimental Result (試験結果) Experimental Result (試験結果) 調査データ（収量、病害発生等） Cultivation History (栽培暦) Former Cultivated Crop (前作物名) 前作物名 Seeding or Transplanting Date (作業日) 播種日または移植日（裸地などの場合はNDと記入） Harvest Date (収穫日) 収穫日 Temperature (気温) Temperature (気温) 気温 Microarray (マイクロアレイ) Microarray (マイクロアレイ) マイクロアレイ

Accession Number (アクセッション番号) Soil Icon 土壌群と土地利用を記号で表示 図: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/archive/eddass/images/soil_icon.png Accession Number (アクセッション番号) 管理者が指定する土壌登録番号 ＊Accession Numberの識別 ・ハイフン前方の6桁の数字が同じ場合、同一反復(処理)区かつ同一採取日のサンプルであることを示す ・ハイフン後方について 例）001531-1, 001531-2・・・ 1処理区の2反復 　　001533-0 ・・・ 反復のない場合 　　001534-a, 001534-b ・・・ １処理区内の2サブサンプル 　　001536-1a, 001536-1b ・・・ １反復内の2サブサンプル 　　001538-1* ・・・ *はその反復（処理区）を代表するサンプルであることを示す 　　001539-1.1, 001539-1.2 ・・・ドットの後の数字は、1反復（処理区）の土からDNA抽出を複数回 行った場合の識別 　　001541-1.mix ・・・ ドットの後の｢mix｣表示は、同じ土からとった複数のDNA抽出サンプルを 混合した場合の識別 　　001542-1.repeat ・・・ ドットの後の｢repeat｣表示は、既に同一サンプルを登録してある場合の識別 Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) DNA Marker Information (対象マーカー情報) marker for bacterium, fungas, nematodeから選択 Lane Number (レーン番号) DGGEゲル画像におけるレーン番号（左側から） Quality (精度) 精度 DGGE Gel Image DGGEゲル画像 Associated Data (関連データ) Repeat Data (反復データ) 反復データがある場合に表示 Microorganisms (微生物) 他の微生物を対象としたデータがある場合に表示 Diversity Index (多様性指数) Richness (R) (種の豊富さ) 種の豊富さ Shannon index (H’) (シャノン指数) シャノン指数 Simpson index (1-D) (シンプソン指数) シンプソン指数 Sample Registration (サンプル登録) Collector (採取者名) 採取者名 Affiliation (所属名) 所属名 Sampling Date (採取年月日) 採取年月日 Experimental Purpose (試験目的) Experimental Purpose (試験目的) 例）肥料と収量の関係 Experimental Plan (試験設計) Experimental Plan (試験設計) 例）X区=A処理×B処理×C反復、あるいは現地調査A地点の反復サンプルCなどのように Sample Information (サンプル情報) Sample Information (サンプル情報) DNA情報に相当するサンプルの情報　例）X処理のZ区の反復2番目 Experimental Plot (試験区面積) Experimental Plot (試験区面積) 試験区面積 Sampling Site (採取場所) Latitude (緯度(北緯)) * 非公開にしました(2019/10/17) 緯度(北緯) Longitude (経度(東経)) * 非公開にしました(2019/10/17) 経度(東経) Location * 非公開にしました(2019/10/17) サンプルの採取場所を示すGoogle Mapsへのリンク Note (備考) 備考 Origin (由来) Origin (由来) non-rhizosphere(非根圏)、rhizosphere(根圏)、その他から選択 Note (備考) 備考 Soil Groups (土壌群) Soil Groups (土壌群) 農耕地土壌分類（第3次案）の24群から選択 Land Use (土地利用) Land Use (土地利用) 田、普通畑、樹園地（果樹園・茶園）、草地（牧草地・放牧地等）、その他（耕作放棄地・非農耕地）から選択 Physical and Chemical Properties of Soil (土壌物理化学性) Soil Texture (土性) 土性11項目から選択 pH (pH (風乾土)) pH (風乾土) EC (EC) EC Total C (炭素含有率) 炭素含有率 Total N (窒素含有率) 窒素含有率 Soil Biomass (土壌バイオマス) 微生物バイオマス量 Available P (可給態P) トルオーグリン酸 Nitrogen Mineralization Rate (窒素無機化量) 培養法（土壌標準分析測定法に準ずる） Soil Respiration Activity (土壌呼吸活性) 土壌呼吸活性 Soil Moisture Content (土壌水分(生土あたりの含水量)) 土壌水分(生土あたりの含水量) Cation Exchange Capacity (CEC) (陽イオン交換容量) 陽イオン交換容量 The Others (その他) その他 Crop (栽培作物) Crop (作物名) 作物名 Cultivar (品種) 品種 Planting Density (1) (栽植密度) 密度（本／m2） Planting Density (2) (栽培様式) 畝間 or 条間（cm）×株間（cm） Note (備考) 備考 Organic Fertilizer (有機質肥料) Kind of Organic Material (有機物の種類) 有機物の種類 Rate of Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Fertilizer Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Chemical Fertilizer (化学肥料) Kind of Fertilizer (肥料の種類) 肥料の種類 Rate of Fertilizer Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Fertilizer Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Pesticide Application (薬剤散布) Kind of Pesticide (薬剤の種類) 薬剤の種類 Rate of Pesticide Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Pesticide Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Water Management (水管理) Water Management (水管理) 水管理 Experimental Result (試験結果) Experimental Result (試験結果) 調査データ（収量、病害発生等） Cultivation History (栽培暦) Former Cultivated Crop (前作物名) 前作物名 Seeding or Transplanting Date (作業日) 播種日または移植日（裸地などの場合はNDと記入） Harvest Date (収穫日) 収穫日 Temperature (気温) Temperature (気温) 気温 DNA Sequence (DNA) DNA Extraction Methods (抽出法) スタンダード法か、独自法か選択 Sample Name (サンプル名) サンプル名 Target DNA (種類) 例）16S rDNA Note (備考) 備考 Other Related Date (その他関連データ) Gradient of Denaturing Agent (変性剤濃度勾配) 変性剤濃度勾配 Run Voltage (泳動電圧) 泳動電圧 Run Time (泳動時間) 泳動時間 Run Temperature (泳動温度) 泳動温度 Amount of Sample DNA (泳動DNA量) 泳動DNA量 Note (備考) 備考 Download DGGE Gel Image DGGEゲル画像 Environmental Data 環境データ All Data 全データ

Identifier 識別子 Accession number アクセッション番号 Date (operation) author 日付 (操作) 作成者 Description 説明 (制御、遺伝子、トランス作用因子など) Keywords キーワード Species 生物種 Sequence シスエレメントの配列 シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。 B: C, G or T D: A, G or T H: A, C or T K: G or T M: A or C N: A, C, G or T R: A or G S: C or G V: A, C or G W: A or T Y: C or T

Identifier 識別子 Authors 作成者 Title タイトル Literature data 文献データ Criteria 分類基準 (DNase I フットプリント法 / 化学修飾 / ゲル遅延アッセイ / 相同性 / その他) PubMed PubMed ID GenBank DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号

ID 識別子 AC アクセッション番号 DT 日付 (操作) 作成者 DE 説明 (制御、遺伝子、トランス作用因子など) KW キーワード OS 生物種 RA 作成者 RT タイトル RL 文献データ RC 分類基準 (DNase I フットプリント法 / 化学修飾 / ゲル遅延アッセイ / 相同性 / その他) RD 外部データベース (MEDLINE番号、または、DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号) SQ シスエレメントの配列 シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。 B: C, G or T D: A, G or T H: A, C or T K: G or T M: A or C N: A, C, G or T R: A or G S: C or G V: A, C or G W: A or T Y: C or T XX データ種別の区切り

Old data ID 旧データでの識別子 (r01.1以前 : 識別子、r02.0以降 : "unknown") ID 識別子(r01.1以前 : 名前、r02.0以降 : 識別子) Sequence シスエレメントの配列 シスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。 B: C, G or T D: A, G or T H: A, C or T K: G or T M: A or C N: A, C, G or T R: A or G S: C or G V: A, C or G W: A or T Y: C or T Sequence length シスエレメントの配列長 Accession number アクセッション番号

Picture 顕微鏡写真名（簡易検索サイトでは画像） Name 学名 Description 説明

ID 遺伝子名 Number 連番 Swiss-Prot ID Swiss-Prot ID Synonym シノニム Isoform ID Isoform ID

SP_Code 生物種コード Genome ゲノムデータベース名 GPCR No. GPCR数 Large Families （Level Aの）メンバの多いファミリーの名前

ID 遺伝子名 Number 連番 Leftend エクソンの左末端 Rightend エクソンの右末端 Sequence 塩基配列

ID 遺伝子名 Pseudo pseudogeneか否か（空欄：gene pseudo：pseudogene） Novel 新規であるか否か Chromosome 染色体番号 Level レベル（A~D）※下表参照 Family ファミリー（分からない場合　"UNKNOWN"） Alternativeproducts Swiss-protにalternative productsの記載がない場合は空欄、ある場合はシノニム（シノニムがなければNONEと表記） Swiss-Prot BLAST top hit 対Swiss-Protのトップヒット Swiss-Prot BLAST top hit (E-value) 対Swiss-ProtのトップヒットのE-value Swiss-Prot BLAST top hit (Identity) 対Swiss-ProtのトップヒットのIdentity NCBI nr-aa BLAST top hit 対nrのトップヒット NCBI nr-aa BLAST top hit (E-value) 対nrのトップヒットのE-value NCBI nr-aa BLAST top hit (Identity) 対nrのトップヒットのIdentity NCBI Unigene BLAST top hit 対Unigeneのトップヒット NCBI Unigene BLAST top hit (E-value) 対UnigeneのトップヒットのE-value NCBI Unigene BLAST top hit (Identity) 対UnigeneのトップヒットのIdentity Expression Unigene ID Ligand リガンド（複数知られている場合は１種のみ表示） G-protein coupling G蛋白質とのカップリング（0がカップリングしない、1がカップリングする）　左から順に、Gi/o、Gq/11、Gs、G12/13 Sequence アミノ酸配列 Leftend 遺伝子の左末端 Rightend 遺伝子の右末端

ID 遺伝子名 Coupling G蛋白質とのカップリング（0がカップリングしない、1がカップリングする）　左から順に、Gi/o、Gq/11、Gs、G12/13

ID 遺伝子名 Number 連番 Ligand リガンド Molecular Weight リガンド分子量

ID 遺伝子名 Number 連番 Leftend 遺伝子の左末端 Rightend 遺伝子の右末端 Name 名称 GI gi番号 E-Value E-value Identity identity

ID 遺伝子名 Number 連番 Leftend 遺伝子の左末端 Rightend 遺伝子の右末端 Pdb list PDBリスト Information list インフォメーションリスト

ID 遺伝子名 Number 連番 Position フレームシフト/ストップコドンのある残基位置 Kind 種類　（INS/STOP/DEL）

ID 遺伝子名 Mean hydrophobicity 平均疎水性値（Kyte-Doolittleの疎水性値の総和/配列長） Amino acid appear frequently アミノ酸出現頻度（左から順にGPCAVILMFYWHRKNQEDSTX）

ID 遺伝子名 Number 連番 Leftend 遺伝子の左末端 Rightend 遺伝子の右末端 Name 名称 E-Value E-Value Identity identity

ID 遺伝子名 Number 連番 Swiss-Prot ID Swiss-Prot ID Ligand リガンド

ID 遺伝子名 Number 連番 Leftend 遺伝子の左末端 Rightend 遺伝子の右末端 Name 名称 GI gi番号 E-Value E-Value Identity identity

ag_id Algae ID (このデータベース独自のID) protein タンパク質名 kegg_id KEGG ID (データなし) ec EC番号 equation 化学反応式 domain 分類 phylum 分類階級（門） order 分類階級（目） family 分類階級（科） reaction_mechanism 反応メカニズム (データなし) pathway パスウェイ情報 (データなし) curator キュレーター species 生物種名 gene 遺伝子名 reference 参考文献 amino_seq_accession アミノ酸配列Accession ID amino_seq アミノ酸配列 dna_seq_accession DNA配列Accession ID dna_seq DNA配列

Index イオンID Metal 金属名 Protein Name タンパク質名 SCOP ID SCOP-ID Metal Ion 金属イオン Residues 金属が結合するアミノ酸残基 PDB ID PDB-ID PDB Files PDBファイル数 PDB Sites PDBサイト数 EC EC番号 Remark 備考

brc/nbrc/ NBRC保存菌株のRDFファイルです。 brc/jcm/ JCM保存菌株のRDFファイルです。

ontology/meo/meo.ttl 微生物の生息環境を定義したオントロジー MEO ontology/meo/meo_fma_mapping.ttl MEOのIDとFMA(Foundational Model of Anatomy)とのIDマッピングのデータのRDFファイルです。 ontology/msv/msv.ttl メタゲノムのサンプルリング環境について記述する際に使用する語彙を定義したオントロジー MSV ontology/mdbv/mdbv.rdf MicrobeDB.jp version 2で使用する語彙を定義したオントロジー MDBV ontology/mgfo/mgfo.ttl MBGDによる微生物の遺伝子の機能分類を定義したオントロジー MGFO ontology/pdo/pdo.owl 微生物が関連する病気を定義したオントロジー PDO ontology/csso/csso.owl PDOで定義した病気が引き起こす症状を定義したオントロジー CSSO ontology/mpo/mpo.ttl 微生物の表現型を定義したオントロジー MPO ontology/mccv/mccv.ttl 菌株保存機関の菌株情報について記述するための語彙を定義したオントロジー MCCV ontology/taxonomy/taxonomy.ttl 生物の系統関係を記述するためのオントロジー NCBI Taxonomyについて、DDBJで独自にRDF化したファイルです。 ontology/insdc/nucleotide.ttl INSDCで使用する用語を定義したオントロジーです。

sra/metadata/meo_mapping/ INSDC DRA/ERA/SRAのメタ16S・メタゲノムサンプルの環境情報をMEOでアノテーションしたRDFファイルです。 sra/metadata/msv_mapping/ INSDC DRA/ERA/SRAのメタ16S・メタゲノムサンプルの環境関連のメタデータのRDFファイルです。 sra/metadata/host_taxonomy_mapping/ INSDC DRA/ERA/SRAのメタ16S・メタゲノムサンプルの宿主の情報をNCBI TaxonomyでアノテーションしたRDFファイルです。 sra/metadata/sra_description/ INSDC DRA/ERA/SRAのメタ16S・メタゲノムサンプルのメタデータ(環境関連の記述以外)のRDFファイルです。 sra/analysis/sra/function/mbgd/ INSDC DRA/ERA/SRAのメタゲノムサンプルのMBGDオーソログクラスタ組成のRDFファイルです。 sra/analysis/sra/function/mgfo/ INSDC DRA/ERA/SRAのメタゲノムサンプルのMBGDオーソログ機能組成のRDFファイルです。 sra/analysis/sra/function/ko/ INSDC DRA/ERA/SRAのメタゲノムサンプルのKEGGオーソログ組成のRDFファイルです。 sra/analysis/sra/function/pathway/ INSDC DRA/ERA/SRAのメタゲノムサンプルのKEGGパスウェイ組成のRDFファイルです。 sra/analysis/sra/taxonomy/ INSDC DRA/ERA/SRAのメタ16S・メタゲノムサンプルの系統組成のRDFファイルです。 sra/analysis/env/function/mbgd/ MEOごとにINSDC DRA/ERA/SRAのメタゲノムサンプルのMBGDオーソログクラスタ組成を集計したRDFファイルです。 sra/analysis/env/function/mgfo/ MEOごとにINSDC DRA/ERA/SRAのメタゲノムサンプルのMBGDオーソログ機能組成を集計したRDFファイルです。 sra/analysis/env/function/ko/ MEOごとにINSDC DRA/ERA/SRAのメタゲノムサンプルのKEGGオーソログ機能組成を集計したRDFファイルです。 sra/analysis/env/function/pathway/ MEOごとにINSDC DRA/ERA/SRAのメタゲノムサンプルのKEGGパスウェイ組成を集計したRDFファイルです。 sra/analysis/env/taxonomy/meta16s/ MEOごとにINSDC DRA/ERA/SRAのメタ16Sサンプルの系統組成を集計したRDFファイルです。 sra/analysis/env/taxonomy/metagenome/ MEOごとにINSDC DRA/ERA/SRAのメタゲノムサンプルの系統組成を集計したRDFファイルです。

ncbi/bioproject/ NCBI BioProjectのメタデータのRDFファイルです。 ncbi/biosample/ NCBI BioSampleのメタデータについて、MEO,MSV,NCBI Taxonomyを用いてアノテーションしたRDFファイルです。 ncbi/pubmed/ PubMedのメタデータのRDFファイルです。 ncbi/assembly/ NCBI AssemblyのAssembly ReportsのメタデータのRDFファイルです。

Scientific name 学名 Scientific name authority Authorityを含めた学名 Japanese name 和名 Taxonomy ID NCBI Taxonomy ID Phylum division 門名(日) Family 科名(英) Family(Japanese) 科名(和) Genus 属名 (英) Genus(Japanese) 属名 (日) Species 種名 (英) Variety 変種名 (英) Common name 一般名 (英) Common name(Japanese) 一般名 (日) Synonym 別名 Links (DFCI) DFCI Gene Indexへのリンク情報 Resource info リソース情報 Reference 参考文献 Sequencing method シークエンシング手法 Reads count リード数 Assembly method アセンブル手法 Sequencing depth シークエンシング深度 Gene annotation method 遺伝子アノテーション手法 Contig count コンティグ数 Scaffold count N50以上のスキャフォールド数 Gene count 推定遺伝子数 Chromosome count 染色体数 Covered region ゲノムカバーサイズ Genome size ゲノムサイズ ORF count ORF数 GC content GC含有率 Contact この生物種のゲノムに関する問い合わせ先 Country 問い合わせ先のある国 Links (GOLD) JGI GOLDへのリンク情報 Links (NCBI Genome) NCBI Genomeへのリンク情報 Description 説明 Description(Japanese) 説明（日） Links (Marker list) マーカーリストへのリンク（簡易検索のみ） Links (QTL list) QTLリストへのリンク（簡易検索のみ） Links (KNApSAcK Core) KNApSAcK Coreへのリンク（簡易検索のみ） Links (Skewered KNApSAcK) Skewered KNApSAcKへのリンク（簡易検索のみ） Links (Mass Base) Mass Baseのリンク（簡易検索のみ）

ID マーカーのID Scientific name 学名 Family 科名(英) Marker マーカー名 Source マーカーのソース： 1: Kazusa Marker DB 2: PGDBj Culated Marker DB Marker type マーカーの種類 Forward primer Forward primer 配列 Reverse primer Reverse primer 配列 Population 集団名 LG 連鎖グループ名 Chr 染色体名 Linked trait 連鎖形質 Trait type 連鎖形質タイプ： 1:anatomy and morphology trait 2:stature or vigor trait 3:stress trait 4:biochemical trait 5:growth and development trait 6:yield trait 7:sterility or fertility trait 8:quality trait 9:other miscellaneous trait DOI 文献のDOI PMID 文献のPubMed ID

QTL ID マーカーのID Scientific name 学名 Family 科名(英) QTL QTL名 Trait name 形質名 Description 説明 Trait type 連鎖形質タイプ： 1:anatomy and morphology trait 2:stature or vigor trait 3:stress trait 4:biochemical trait 5:growth and development trait 6:yield trait 7:sterility or fertility trait 8:quality trait 9:other miscellaneous trait Significant marker 主要マーカー名 LG 連鎖グループ名 Chr 染色体名 LOD peak (cM) LODピークの位置（単位：cM） LOD score LODスコア P value/-log10(p) etc. 検定のP値、-log10(p)など DOI 文献のDOI PMID 文献のPubMed ID

データベースID データベースの整理番号 データベース名 データベース名 記載植物 データベースに記載された植物の学名 (日) 科名 データベースに記載された植物の科名 (日) Family name データベースに記載された植物の科名 (英) 和名 データベースに記載された植物の和名 Common name データベースに記載された植物の一般名 (英) 国 データベースを作成した機関の国 機関 データベースを作成した機関 URL データベースのURL (簡易検索サイトではデータベースへのリンク) 研究/一般 データベースの区分 (研究/一般) 分類 データベースの分類 説明 データベースの説明

Scientific name 学名 Japanese name 和名 Status ゲノム解析の状況 Chromosome number 染色体数 Genome size ゲノムサイズ (Mb) Year ゲノム解析の行われた年 Sequencing method シークエンス手法 Read counts Read数 Covered genome region 解析されたゲノム領域 (Mb) Sequencing depth Sequencing depth Assembly method Assembly method Number of scaffolds scaffoldの数 Contig counts contig数 Gene annotation method Gene annotation method Number of predicted genes 予測された遺伝子数 Genome database ゲノム解析に関するデータベース (簡易検索サイトではデータベースへのリンク) Assembly release Assembly release Annotation release Annotation release Reference1 (DOI) 参考文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク) Reference1 (PMID) 参考文献のPubMed ID (簡易検索サイトではPubMedへのリンク) Reference2 (DOI) 参考文献2のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク) Other reference (DOI) その他の参考文献のDOI (簡易検索サイトでは文献へのリンク)

GI number アミノ酸配列のNCBI GI番号 RefSeq ID NCBI Reference Sequence ID Chr 染色体番号またはゲノムID Start Position 開始位置 Stop Position 終了位置 Cluster (Kingdom) クラスターID (分類群:Kingdom) Cluster (Phylum) クラスターID (分類群:Phylum) Cluster (No rank 1) クラスターID (分類群:No rank 1) Cluster (No rank 2) クラスターID (分類群:No rank 2) Cluster (No rank 3) クラスターID (分類群:No rank 3) Cluster (No rank 4) クラスターID (分類群:No rank 4) Cluster (No rank 5) クラスターID (分類群:No rank 5) Cluster (No rank 6) クラスターID (分類群:No rank 6) Cluster (No rank 7) クラスターID (分類群:No rank 7) Cluster (No rank 8) クラスターID (分類群:No rank 8) Cluster (No rank 9) クラスターID (分類群:No rank 9) Cluster (No rank 10) クラスターID (分類群:No rank 10) Cluster (Class) クラスターID (分類群:Class) Cluster (No rank 11) クラスターID (分類群:No rank 11) Cluster (Subclass) クラスターID (分類群:Subclass) Cluster (No rank 12) クラスターID (分類群:No rank 12) Cluster (Order) クラスターID (分類群:Order) Cluster (Family) クラスターID (分類群:Family) Cluster (No rank 13) クラスターID (分類群:No rank 13) Cluster (Subfamily) クラスターID (分類群:Subfamily) Cluster (No rank 14) クラスターID (分類群:No rank 14) Cluster (Tribe) クラスターID (分類群:Tribe) Cluster (Subtribe) クラスターID (分類群:Subtribe) Cluster (Genus) クラスターID (分類群:Genus) Cluster (Subgenus) クラスターID (分類群:Subgenus) Cluster (Species) クラスターID (分類群:Species) Cluster (Subspecies) クラスターID (分類群:Subspecies) Cluster (Forma) クラスターID (分類群:Forma) Cluster (No rank 15) クラスターID (分類群:No rank 15) Annotation アミノ酸配列の注釈情報 Organism 生物種名 AA sequence アミノ酸配列

Cluster ID オルソログクラスターに付けられるID 　各系統群でのオルソログクラスタは0からの通し番号（「クラスターID」）を付けて管理されている。異なった系統群での「クラスターID」を区別するためにTaxonomy IDを":"（コロン）で繋げて管理する。例えば、Taxonomy IDが"33090"の系統群の0番目の「クラスターID」は"33090:0"となる。「クラスターID」は「オルソログDB」が独自に付けているものである。 Cluster size クラスターに所属するアミノ酸配列数 Supercluster １つ上位の系統群でのクラスターID Subcluster １つ下位の系統群でのクラスターID

Taxonomy name NCBI Taxonomy name Taxonomy ID NCBI Taxonomy ID Taxonomy rank NCBI Taxonomyのランク Number of clusters 系統群に所属するクラスターの数 Number of proteins 系統群に所属するアミノ酸配列数 Higher taxon 1つ上位の系統群 Lower taxon 1つ下位の系統群

GI number アミノ酸配列のNCBI GI番号 RefSeq ID NCBI Reference Sequence ID Chr 染色体番号またはゲノムID Start Position 開始位置 Stop Position 終了位置 Cluster (Phylum) クラスターID (分類群:Phylum) Cluster (No rank 1) クラスターID (分類群:No rank 1) Cluster (Class) クラスターID (分類群:Class) Cluster (Subclass) クラスターID (分類群:Subclass) Cluster (Order) クラスターID (分類群:Order) Cluster (No rank 2) クラスターID (分類群:No rank 2) Cluster (Family) クラスターID (分類群:Family) Cluster (Genus) クラスターID (分類群:Genus) Cluster (Species) クラスターID (分類群:Species) Cluster (No rank 3) クラスターID (分類群:No rank 3) Cluster (Subspecies) クラスターID (分類群:Subspecies) Cluster (No rank 4) クラスターID (分類群:No rank 4) Annotation アミノ酸配列の注釈情報 Organism 生物種名 AA sequence アミノ酸配列

Cluster ID オルソログクラスターに付けられるID 　各系統群でのオルソログクラスターは0からの通し番号（「クラスターID」）を付けて管理されている。異なった系統群での「クラスターID」を区別するためにTaxonomy IDを":"（コロン）で繋げて管理する。例えば、Taxonomy IDが"1117"の系統群の0番目の「クラスターID」は"1117:0"となる。「クラスターID」は「オルソログDB」が独自に付けているものである。 Cluster size クラスターに所属するアミノ酸配列数 Supercluster １つ上位の系統群でのクラスターID Subcluster １つ下位の系統群でのクラスターID

Taxonomy name NCBI Taxonomy name Taxonomy ID NCBI Taxonomy ID Taxonomy rank NCBI Taxonomyのランク Number of clusters 系統群に所属するクラスターの数 Number of proteins 系統群に所属するアミノ酸配列数 Higher taxon 1つ上位の系統群 Lower taxon 1つ下位の系統群

Gene ID 遺伝子ID Gene Symbol 遺伝子シンボル Gene Name 遺伝子名 Organism 遺伝子の由来する生物の一般名 Phenotype from JST bibliography JST 文献情報から抽出した遺伝子関連疾患や表現型 MeSH Tree 抽出した遺伝子関連疾患や表現型に対応するMeSH 用語を階層構造で示したもの MeSH Tree (日本語) 項目「MeSH Tree」の和訳 JST bibliography database JST が運営する文献情報提供事業 (JDream II) から取得した文献のID

Tissue ID 2次元ゲル電気泳動のID Tissue type 以下の種別 tissue: 生育時期・器官 organelle: 細胞内小器官 Tissue 採取した器官、または細胞小器官名 Gel image ゲル画像の画像ファイル名 Spot No gel image スポット番号付きゲル画像の画像ファイル名

Spot ID スポットID Spot No. スポット番号 tissue ID 2次元ゲル電気泳動のID pI タンパク質の等電点 MW タンパク質の分子量 organism 材料の生物種名 tissue 採取した組織、または細胞小器官名 expression 発現量 spot gel image 当該スポットのゲル拡大画像 Mass Spectrometry Accession No. Mascot解析による相同なタンパク質のアクセション番号 Mass Spectrometry Homologous Protein Mascot解析による相同なタンパク質のdefinition Mass Spectrometry Score (%) Mascotスコア Protein Sequencer Accession No. プロテインシーケンサによる相同なタンパク質のアクセション番号（複数件） Protein Sequencer Homologous Protein プロテインシーケンサによる相同なタンパク質のdefinition（複数件） cDNA Accession No. 相同なcDNAのアクセション番号（複数件）

Spot ID スポットID Amino sequence アミノ酸配列 Homologous Protein Accession No. 相同なタンパク質のアクセション番号 Homologous Protein definition 相同なタンパク質のdefinition Homologous search identities (%) 相同性検索のidentifies

Spot ID スポットID Accession NO 相同なcDNAのアクセション番号 Clone name 相同なcDNAのクローン名 Score スコア Coverage カバレッジ

名称 データベースの名称 別称 データベースの別称 URL データベースをWebで公開している場合、そのURL 運用機関名 現在データベースを運用している機関名 運用機関所在国・地域 運用機関が所在する国及び地域名 説明 データベースの説明 生物種 データベースが扱う生物種のTaxonomy NameとNCBI TaxnomyのID カテゴリ (対象) データベースに収録された主要データの対象を示すカテゴリ カテゴリ (データの種類) データベースに収録された主要データの種類を示すカテゴリ 論文等 (PubMed ID) データベースに関連した論文のPubMed ID 言語 データベースの内容の記載に使用されている言語 稼動状況 データベースの稼動状況。稼働中、休止、運用終了の３つのステータスに分類される。 LSDBアーカイブへのリンク 「LSDBアーカイブ」の当該データベースに関連するページへのリンク MEDALSデータベース便覧へのリンク 経済産業省のライフサイエンス統合データベースポータルサイトの「MEDALSデータベース便覧」の当該データベースに関連するページへのリンク レコード公開日 レコードの公開日 レコード最終更新日 レコードの最終更新日

id 連番 C_ID 代謝物と生物種の対毎に付与されたID 代謝物質名 代謝物の名称 生物活性（機能） 生物活性（機能）情報 生物種 標的となる生物種 論文 参考論文

id 連番 食べ合わせ判定 食べ合わせ判定（○or×） 食べ合わせ 食べ合わせ食材 効能 食べ合わせによる効能 文献 文献情報

id 連番 分類 加工食品の種類 製品番号 製品番号 県名 製品が生産されている県名 市区町村名 製品が生産されている市区町村名 製品名 加工食品の製品名 食材 製品に含まれる食材名 オントロジー 食材用語 学名 オントロジーの学名 科名 オントロジーの科名 界名 オントロジーの界名 製造者 製品の製造者 販売者 製品の販売者

食材名 食材名 学名 学名 効能 効能 機能性天然物 機能性天然物 文献 文献

代謝物名 代謝物和名 英名 代謝物英語名 機能 機能 文献 文献

Locus ID データベース固有のlocus ID UniGene ID UniGene ID Species 生物種 Chr. No. 染色体番号 Strand 鎖 Matched genome 遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のDefinition Matched genome (GI) 遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のGenbank ID Matched genome (RefSeq) 遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のRefSeq ID Gene name 遺伝子名 Left 遺伝子座のゲノム上の位置（左） Right 遺伝子座のゲノム上の位置（右） GO Gene Ontology Variants スプライシングバリアントの数 Splicing type スプライシングタイプ (例：cassette)

cDNA ID データベース固有のcDNA ID Locus ID データベース固有のlocus ID Species 生物種 Chr. No. 染色体番号 Strand 鎖 Gene name 遺伝子名 UniGene ID UniGene ID cDNA UniGene ID cDNAのUniGene ID Genbank accession Genbank アクセション番号 GI Genbank ID CDS left cDNAにおけるコーディング領域の位置（左） CDS right cDNAにおけるコーディング領域の位置（右） Splicing pattern スプラシングパターン (遺伝子モデル) cDNA sequence length cDNA 配列長 DOU start 未成熟(擬似)開始コドンである(true)か否(false)か DOU end 未成熟(擬似)終止コドンである(true)か否(false)か NMD ナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)が発生し得る(true)か否か(false) Number of exons cDNA中のエクソンの数 Number of splicing regions 遺伝子中の選択的スプライシング/転写開始領域の数

Exon ID データベース固有のエキソンID Species 生物種 Locus ID データベース固有のlocus ID cDNA ID データベース固有のcDNA ID Left in cDNA エキソンのcDNA上の位置(左) Right in cDNA エキソンのcDNA上の位置(右) Left in genome エキソンのゲノム上の位置(左) Right in genome エキソンのゲノム上の位置(右)

ID スプライシングパターンID Species 生物種 Locus ID データベース固有のlocus ID Region 遺伝子座内のスプライシング領域番号 Splicing pattern 遺伝子座内のスプライシングパターン番号 cDNA ID データベース固有のcDNA ID Splicing left スプライシング領域のゲノム上の位置(左) Splicing right スプライシング領域のゲノム上の位置(右) Splicing pattern スプライシングパターン(ビット変換) "1"はスプライシング領域を表す Splicing type スプライシングタイプ NAGNAG NAGNAG(6bpのアクセプターサイト)か否か

krid 反応ID enzyme 酵素名 kegg id KEGG番号 ec EC番号 equation 反応 C-class 代謝物分類-1 C-subclass 代謝物分類-2 final product 最終生成物 eclass 酵素分類 reaction_mechanism 反応メカニズム pathway 反応経路図

krid 反応ID speceis 生物種 gene_name 遺伝子名 reference 文献 amino_seq アミノ酸配列 accession Accession No.

国名 国名（日本語） 国名(正式) 国名（正式：英語） 国名(略式) 国名（略式：英語） 国番号 国番号 地域 地域 Species Name 生物種名 Purpose 目的 Reference 文献

Company or Reference 企業名或いは文献 Jamu Name ジャムのブランド名称 Jamu Effect 効能 Jamu Effect Group 効能グループ Ingredient Herbs ジャムに配合されたハーブの名称 Jamu Source ジャムの情報元

Herb Name ハーブ名 Herb Name (Indonesia) ハーブ名（インドネシア） Herb Name (English/Chinese) ハーブ名（英語、中国語） Position of Plants 植物の部位 Effect 効能 Comment その他記述 Reference 文献 Scientific Names 学名

漢方名[Kampo Name] 漢方の名称 (漢字) 漢方名[Rome] 漢方の名称 (ローマ字) 漢方名[Kana] 漢方の名称 (かな) 文献[Reference] 参考文献 生薬名[Herb Name] 生薬の名称 書籍 書籍

生薬名 (漢字) 生薬の名称 (漢字) 生薬名 (カナ) 生薬の名称 (カナ) 慣用名 慣用の名称 (英語) 学名 学名 文献[Reference] 参考文献 効能[Effect] 効能 効能グループ[EffectGroup] 効能グループ その他[Note] その他記載

大分類 生物種の大分類 種名 生物種の名称 学名 (一般名) 生物種の学名 (一般) 科名 生物種の科名 原産 原産 日本伝来 日本伝来 概説 概説 食用 食用 健康促進・薬用 健康促進・薬用 一般文献 一般文献 加工品 加工品 画像 画像へのリンク (簡易検索サイトのみ)

種名 種名 KNApSAcK Core Link Core System (生物種-代謝物関係データ)へのリンク (簡易検索サイトのみ) 健康・薬用・効能 (英語) 健康・薬用・効能 (英語) 健康・薬用・効能 (日本語) 健康・薬用・効能 (日本語) 書籍 参考文献

C_ID 代謝物と生物種の対毎に付与されたID CAS RN CAS登録番号 Metabolite 代謝物の名称 Molecular Formula 代謝物の組成式 Organism 生物種名 Kingdom 生物種の界名 Family 生物種の科名 Genus 生物種の属名 SMILES 代謝物の組成式をSMILESで表したもの InChI 代謝物の組成式をInChIKeyで表したもの InChIKey 代謝物の組成式をInChIKeyで表したもの Reference 参考 Structural formula 代謝物の組成式画像ファイル名（簡易検索ではサムネイルを表示）

Name 代謝物名称 Formula 組成式 C_ID KNApSAcK ID Function 機能 Target 機能が対象とする生物 Reference 参考文献

symbol タンパク質の略称 name タンパク質の名称 organism タンパク質の由来する生物名 mRNA sequence mRNA配列のGI番号 (簡易検索サイトではNCBI Nucleotideへのリンク) protein sequence アミノ酸配列のGI番号 (簡易検索サイトではNCBI Proteinへのリンク) entrez Gene ID (NCBI Gene) uniprot UniProt Accession Number (UniProt) wikipedia Wikipediaでの検索語 ec 酵素番号 omim OMIM ID (Online Mendelian Inheritance in Man) map タンパク質の遺伝子の存在する染色体番号または染色体上の位置 pdb PDB ID (PDBj: Protein Data Bank Japan) kegg pathway KEGG pathway ID (KEGG pathway database) candidate inhibitor 候補阻害剤の名称 (簡易検索サイトではDrugPortへのリンク) drugport id 候補阻害剤のDrugBank ID

id QTLのID番号 QTL/Gene QTLの名称 Major category 量的形質の主要カテゴリ Category of object character 形質のカテゴリ Character 形質 Marker マーカーの種別 No. of marker for position determination 位置決定に用いたマーカーの数 Chr 染色体の番号 Genome start ゲノム上のQTLの開始位置 Genome end ゲノム上のQTLの終了位置 Mapping method マッピング方法 Population 植物の母集団 No. of plants 植物の数 LOD ロッドスコア Parent A 親品種A Parent B 親品種B Direction (Parent) 方向 a) Physical 物理マッピングのマーカー b) Fine1; interval 微細マッピングの隣接マーカーA b) Fine2; interval 微細マッピングの隣接マーカーB b) Fine3; co-segregated 微細マッピングの近接マーカー c) Interval1; interval 区間マッピングの隣接マーカーA c) Interval2; interval 区間マッピングの隣接マーカーB c) Interval3; co-segregated 区間マッピングの近接マーカー d) Co-segregated 近接マーカー Explained variance 説明分散 Additive effect 相加効果 Year 由来する文献の年次 Reference source 文献検索方法 以下の3種の方法で検索している。 ・Jsa (Jstage) ・Pha (PubMed, HighWire) ・RGN　(Rice Genetics Newsletter) Reference no. 由来する文献情報の整理番号 (Reference sourceごとに1から振った値) Reference 書誌 Reference location 文献のURL

ID 技術開発研究題目のID (１つのprojectにつき、1-6個の技術開発研究題目があり、Project IDの後ろに番号を付加して区別。) Project ID 課題ID (ターゲットタンパク研究プログラム課題 ID) Subject 技術開発研究題目 Project Theme 研究課題のテーマ Principal Investigator 代表研究者名 Affiliation 所属機関 Backgrounds 技術開発研究題目の背景 Highlights 技術開発研究題目のハイライト Outline 技術開発研究題目の概要 Application 開発されたプロトコルを利用して行われたターゲットタンパク研究課題の課題番号 (簡易検索サイトでは、研究課題成果データベースの各課題成果へリンク) Article 関連論文 (簡易検索サイトではPubMedへリンク) (複数ある場合、データの並び順は下記「PubMed」と対応する) PubMed ID PubMed ID (複数ある場合、データの並び順は上記「Article」と対応する) CSML File 技術開発研究成果画像（CSMLファイル）のファイル名 (簡易検索サイトではダウンロードデータへのリンク)

Project ID 課題ID PDB ID PDB ID in PDBj Protein Name タンパク質の名称

Project ID 課題ID Protocol ID プロトコルID (PREIMS) Protocol Name プロトコルの名称 Category プロトコルのカテゴリ Author 著者

Project ID 課題ID Project Theme 課題テーマ Project Theme (short) 課題テーマ（略称） Principal Investigator 代表研究者名 Affiliation 所属機関 Backgrounds 課題の背景 Highlights 課題のハイライト Outline 課題の概要 Review 論文 (複数ある場合は、データの並び順は下記「PubMed ID」と対応する。) PubMed ID PubMed ID (複数ある場合は、データの並び順は上記「Review」と対応する。) CSML File ネットワーク情報（CSMLファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、ファイル名)

Project ID 課題ID Sub Group タンパク質のグループ Symbol タンパク質の簡易名称 Synonym タンパク質の簡易名称の別名 Wiki Wikipediaでの目的タンパク質の検索語 Full Name タンパク質の名称 (機能的名称) Other Names タンパク質の別称 TaxId 生物名のTaxon identifer (簡易検索サイトではUniProt Taxonomyへのリンク) Organism タンパク質の生物名 Entrez NCBI Gene ID (簡易検索サイトではNCBI Geneへのリンク) UniProt UniProt KBのaccession number GNP GNP (Genome Network Platform Viewer)のID (NCBI Gene ID)(簡易検索サイトではGNPへのリンク) Struct. PDB PDBj (Protein Data Bank Japan)の PDB ID (簡易検索サイトではPDBjへのリンク) Struct. P3K タンパク質3000構造ギャラリーのID (PDB ID) (簡易検索サイトではタンパク3000構造ギャラリーへリンク) Struct. TPRP TPRP (Targeted Proteins Research Program；TP構造ギャラリー) のID (PDB ID) (簡易検索サイトではTP構造ギャラリーにリンク） PPI GNP GNPにおけるタンパク質相互作用 (PPI) のID (NCBI Gene ID) (簡易検索サイトではPPIへのリンク) PCI PCI (タンパク質化合物相互作用データベース)のID (PDB ID) (簡易検索サイトではPCIへのリンク) TP Article PubMed ID (簡易検索サイトではPubMedへのリンク) Press Release TPプレスリリースのID (日付) (簡易検索サイトではTPプレスリリースへのリンク)

Title データ項目のタイトル Sequence data file 配列データのファイル名 Data file (CSV) CSV形式のデータファイル名 Data file (TogoDB) 簡易検索サイト Image file 画像ファイル名

Gene 遺伝子 ccmC, ccmFn, ccmFc, ccmB の各名称は、Faivre-Nitschke et al. (2001) の提案による。 Comment コメント Transcription 転写 nt: テストしていない T: 転写される N: 転写されない Editing site 編集部位 nt: テストしていない N: 転写されない 空欄: tRNA遺伝子または偽tRNA遺伝子（データ「tRNA」参照） Previous reports on editing sites 編集部位の引用元文献 Strand ストランド S: センス鎖 A: アンチセンス鎖 exon1 start エキソン1の開始点 exon1 end エキソン1の終結点 exon2 start エキソン2の開始点 exon2 end エキソン2の終結点 exon3 start エキソン3の開始点 exon3 end エキソン3の終結点 exon4 start エキソン4の開始点 exon4 end エキソン4の終結点 exon5 start エキソン5の開始点 exon5 end エキソン5の終結点

Fragment no. 断片の番号 Position in mtDNA ミトコンドリアDNAにおける位置 Fragment size(nt) 断片のサイズ Position in ptDNA 色素体DNAにおける位置 (位置の数値はHiratsuka et al. (1989) による) Genes 遺伝子 Substitution 色素体DNA配列からの置換数 Deletion 色素体DNA配列からの削除数 （カッコ内は削除部位の数） Insertion 色素体DNA配列からの挿入数 （カッコ内は挿入部位の数） Homology(%) イネ色素体配列との相同性

nuc. position 遺伝子の位置 length 長さ sense or antisense センス鎖またはアンチセンス鎖 +: センス鎖 -: アンチセンス鎖 organism 生物種 kind of element 種別 R: レトロトランスポゾン T: トランスポゾン accession GenBank Accession番号 % 相同性 definition 記述

Amino acids tRNAが受容するアミノ酸 tRNA tRNA遺伝子名においてtrnに続くアミノ酸略称 rice イネ +: ｔRNAあり -: ｔRNAなし y: 偽遺伝子 a: ミトコンドリアtRNA b: 色素体由来tRNA trnPとtrnRが偽遺伝子であることは Miyata et al. (1998) からの引用 Arabidopsis シロイヌナズナ +: ｔRNAあり -: ｔRNAなし y: 偽遺伝子 a: ミトコンドリアtRNA b: 色素体由来tRNA 色素体由来trnY（trnY2）はtrnFから変換されたもの この項目のデータは文献 Unseld et al. (1997) からの引用 sugarbeet サトウダイコン +: ｔRNAあり -: ｔRNAなし y: 偽遺伝子 a: ミトコンドリアtRNA b: 色素体由来tRNA c: 新規tRNA この項目のデータは文献 Kubo et al. (2000) からの引用

plastid sequence No. 色素体の配列番号 Genes 遺伝子 Length 長さ(bp) Mutations of comparison with nuclear sequence 核配列と比較した変異 sub : 置換 del : 削除 ins : 挿入 カッコ内は断片中で変化のあったヌクレオチドの数 Homology 核配列との相同性(%) Mutations of comparison with mt sequence ミトコンドリア配列と比較した変異 sub : 置換 del : 削除 ins : 挿入 カッコ内は断片中で変化のあったヌクレオチドの数 Homology ミトコンドリア配列との相同性(%)

concept id 対応するFMA (Foundational Model of Anatomy) のID。 representation id 概念の3次元表現に対するID。バージョン、treeが変わっても一意になっています。 en 英語名。 主にFMAのpreferred nameを採用。 kanji 漢字 kana かな

concept id 対応するFMA (Foundational Model of Anatomy) のID。 representation id 概念の3次元表現に対するID。バージョン、treeが変わっても一意になっています。 en 英語名。 主にFMAのpreferred nameを採用。 kanji 漢字 kana かな

parent id 親にあたる臓器概念のID parent name 親にあたる臓器概念の英語名 child id 親の一部にあたる臓器概念のID child name 親の一部にあたる臓器概念の英語名

parent id 親にあたる臓器概念のID parent name 親にあたる臓器概念の英語名 child id 親の一部にあたる臓器概念のID child name 親の一部にあたる臓器概念の英語名

concept id COMPOUND概念のID name COMPOUND概念の英語名 element file id ELEMENTのポリゴンデータファイルID

concept id COMPOUND概念のID name COMPOUND概念の英語名 element file id ELEMENTのポリゴンデータファイルID

名称 データベースの名称 別称 データベースの別称 提供サイト データベースサイトのURL 提供機関 データベースの提供機関 開発機関 データベースの開発機関 国名 データベースの提供機関の所在国 対象 データベースの対象を示すカテゴリ 生物種 データベースが取り扱う生物の情報 提供様式 データの提供様式（検索や閲覧など） WINGpro記事のURL WINGproで公開している当該データベースの記事のURL

DB名 データベースの名称 別称 データベースの別称 提供機関 データベースの提供機関 提供機関の所在 (国) データベースの提供機関の所在国 URL データベースサイトのURL カテゴリ データベースのカテゴリ分類 取り扱い生物種 データベースが取り扱う生物の情報 提供様式 データの提供様式（検索や閲覧など） WINGpro記事のURL WINGproで公開している当該データベースの記事のURL

Category データのカテゴリ Title データのタイトル Description データの説明 Sequence data file fastaファイルのデータファイル名 Data file (CSV) CSVファイルのデータファイル名 Data file (TogoDB) 簡易検索サイト(TogoDB)のテーブル名

ACCESSION_NO KOMEに掲載されている全完全長cDNAクローンは日本DNAデータバンク(DDBJ)に登録されている。 この項目はDDBJにおける該当クローンのアクセッション番号を示している。 CLONE_ID 完全長cDNAクローン１つ１つに固有のID BELONG 完全長cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 CLUSTER_ID 完全長のクラスターＩＤ。 完全長クローン同士でBlastnを実行した時に閾値1e-180以下で相同性が認められるものを同一クラスターとしている。 Cluster IDはその通し番号である。 LENGTH 完全長cDNAの塩基配列数 POLYA_CUT_LENGTH ポリA領域なしの完全長cDNAの塩基配列数 SEQ_QUALITY 完全長cDNAの配列中に含まれるＮ以外の割合 POLYA_CUT_SEQ_QUALITY ポリA領域なしの完全長cDNAの配列中に含まれるＮ以外の割合 SEQ_ACCURACY 完全長cDNAのシークエンスの精度情報。 シークエンス時の塩基毎の解読精度の平均値を算出している。 LIBRARY 該当クローンを抽出する時に用いられたライブラリーの情報。 そのライブラリを作成した試料の器官、処理条件等について記述されている。

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BAC_ACCESSION_NO マッピングされたBACのアクセッション番号 CHROMOSOME マッピングされたBACの染色体番号 BAC_START_POS BAC上のアラインメント開始位置 BAC_END_POS BAC上のアラインメント終端位置 CDNA_START_POS cDNA上のアラインメント開始位置 CDNA_END_POS cDNA上のアラインメント終端位置 STRAND マッピングされたcDNAストランドの向き TU_ID マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BAC_ACCESSION_NO マッピングされたBACのアクセッション番号 CHROMOSOME マッピングされたBACの染色体番号 BAC_START_POS BAC上のエキソン開始位置 BAC_END_POS BAC上のエキソン終端位置 CDNA_START_POS cDNA上のエキソン開始位置 CDNA_END_POS cDNA上のエキソン終端位置 STRAND マッピングされたcDNAストランドの向き TU_ID マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 HIT_NUMBER cDNAクローンのマッピングサイト数 PSEUDOMOLECULE マッピングされたpseudomoleculeの名称 CHROMOSOME マッピングされたpseudomoleculeの染色体番号 CHR_START_POS pseudomolecule上のアラインメント開始位置 CHR_END_POS pseudomolecule上のアラインメント終端位置 CDNA_START_POS cDNA上のアラインメント開始位置 CDNA_END_POS cDNA上のアラインメント終端位置 STRAND マッピングされたcDNAストランドの向き TU_ID マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 HIT_NUMBER cDNAクローンのマッピングサイト数 PSEUDOMOLECULE マッピングされたpseudomoleculeのアクセッション番号 CHROMOSOME マッピングされたpseudomoleculeの染色体番号 CHR_START_POS pseudomolecule上のエキソン開始位置 CHR_END_POS pseudomolecule上のエキソン終端位置 CDNA_START_POS cDNA上のエキソン開始位置 CDNA_END_POS cDNA上のエキソン終端位置 STRAND マッピングされたcDNAストランドの向き TU_ID マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blast検索結果の順位 ACCESSION GenBankエントリのアクセッション番号 DEFINITION GenBankクローンの定義 DIVISION GenBankのディビジョン SCORE blastn検索のスコア EXPECT blastn検索の期待値 IDENTITIES 配列の同一性 STRAND1_1 データベース配列のストランドの向き（常にPlus） STRAND1_2 クエリ配列のストランドの向き

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blast検索結果の順位 ACCESSION GenBankエントリのアクセッション番号 DEFINITION GenBankクローンの定義 DIVISION GenBankのディビジョン SCORE blastx検索のスコア EXPECT blastx検索の期待値 IDENTITIES 配列の同一性 FRAME 完全長cDNAクローンの翻訳されたフレーム

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BLAST_TYPE Blastのタイプ (blastnまたはblastx) HIT_ACCESSION GenBankエントリのアクセッション番号 DIVISION GenBankのディビジョン DEFINITION GenBankクローンの定義 RANK blast検索結果の順位 SCORE blastn/x検索のスコア EXPECT blastn/x検索の期待値

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BLAST_TYPE Blastのタイプ (blastnまたはblastx) HIT_ACCESSION GenBankエントリのアクセッション番号 DIVISION GenBankのディビジョン DEFINITION GenBankクローンの定義 RANK blast検索結果の順位 SCORE blastn/x検索のスコア EXPECT blastn/x検索の期待値

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BAC_ACCESSION_NO GenBankエントリのアクセッション番号 DEFINITION GenBankエントリの定義 EXPECT blastn検索の期待値 SCORE blastn検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 INDICA_ACCESSION GenBankエントリのアクセッション番号 DEFINITION GenBankエントリの定義 EXPECT blastn検索の期待値 SCORE blastn検索のスコア STRAND cDNAストランドの向き

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 ARRAY_ELEMENT G-Arrayプローブのエレメント PROBE_ACCESSION G-Arrayプローブのアクセッション番号 PROBE_CLONE_NAME G-Arrayプローブのクローン名 EXPECT blastn検索の期待値 SCORE blastn検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 FULL_CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 TOS_NAME Tos17クローン名 BAC_ACCESSION_NO マッピングされたBACのアクセッション番号 TOS_INSERT_POSITION BAC上のTos17クローンの挿入位置 cDNA_START_POSITION cDNA上のTos17クローンの開始位置 cDNA_END_POSITION cDNA上のTos17クローンの終端位置

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 HIT_NO sigscan検索の順位 SIGNAL_NAME シグナルエレメントの名称 SIGNAL_TYPE シグナルのタイプ LOCATION シグナルの位置 STRAND クエリcDNA配列のストランドの向き SIGNAL_SEQ シグナル配列 SIGNAL_ID PLACEのシグナルエレメントID

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 FRAME_NO フレーム番号 START_POSITION 最長のORFの開始位置 STOP_POSITION 最長のORFの終端位置 LENGTH 最長のORFの長さ OCCUPATION 完全長cDNAの塩基配列上の占有率

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 MIPS_CODE Arabidopsis thalianaのMIPSコード DEFINITION Arabidopsis thalianaのCDSの定義 EXPECT blastp検索の期待値 SCORE blastp検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blast検索結果の順位 PIR_ACCESSION PIRタンパク質データベースでのアクセッション番号 DEFINITION PIRタンパク質の定義 EXPECT blastx検索の期待値 SCORE blastx検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blast検索結果の順位 DEFINITION SwissProtタンパク質の定義 ENTRY_NAME SwissProtタンパク質の名称 EXPECT blastx検索の期待値 SCORE blastx検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blast検索結果の順位 UNIPROT ID Uniprot ID DEFINITION Uniprotタンパク質の定義 EXPECT blastx検索の期待値 SCORE blastx検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 INTERPRO_ID InterProでのモチーフのID INTERPRO_NAME InterProでのモチーフの名称 METHOD モチーフ検索プログラム ACCESSION_ID モチーフのアクセッション番号 SHORT_NAME モチーフの短い名称 LOCATION モチーフの位置 EXPECT InterPro検索結果の期待値

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blocks検索結果の順位 ACCESSION blocksモチーフのアクセッション番号 DESCRIPTION blocksモチーフの説明 STRENGTH blimps検索の強度 SCORE blimps検索のスコア RF Reading Frame （アミノ酸配列のため常に0） POSITION モチーフの位置 MOTIF_SEQ blocksモチーフのアミノ酸配列 MOTIF_LENGTH blocksモチーフのアミノ酸の長さ

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 GO_ACCESSION 遺伝子オントロジーのアクセッション番号

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 GO_ACCESSION 遺伝子オントロジーのアクセッション番号

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 GO_ACCESSION 遺伝子オントロジーのアクセッション番号

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 COUNT 膜貫通領域の数 WAY 5 '末端の向き

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK PSORT予測の順位 TARGET シグナルのターゲットとなる細胞小器官 CERTAINTY PSORT予測の確実性 SCORE WoLF PSORTのスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RPD_ID 完全長cDNAクローンに対応するイネプロテオームデータベースにおけるタンパク質のID SCORE blastn検索のスコア COVERAGE タンパク質のカバレッジ

ACCESSION 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_ID 完全長cDNAクローンのID CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 CLUSTER_ID クラスターID BELONG cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） SEQUENCE 塩基配列

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BELONG cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） SEQ_DATA トリミング後の配列データ TRIM_TOP 元の配列にトリミングした後の開始位置 TRIM_END 元の配列にトリミングした後の終端位置 TRIM_LENGTH トリミング後の配列の長さ

ACCESSION 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_ID 完全長cDNAのID CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 CLUSTER_ID クラスターID BELONG 完全長cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） SEQUENCE アミノ酸配列

CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 3'EST_NAME 3 'ESTの名称 5'EST_NAME 5 'ESTの名称

3'EST_NAME 3 'ESTの名称 SEQUENCE 3 'ESTの配列

5'EST_NAME 5 'ESTの名称 SEQUENCE 5 'ESTの配列

名称 生物種の和名 学名 生物種の学名 Taxonomy ID NCBI Taxonomy IDとリンク アイコンの分類 オリジナルサイトで生物アイコンの絞り込みに利用されていた分類情報。簡易検索のトップに表示されている階層に対応する。 アイコン (大) アイコン画像 (サイズ大）のファイル名。簡易検索ではアイコン画像が表示される。 アイコン (大) 背景なし アイコン画像 (サイズ大の背景なし）のファイル名。簡易検索ではアイコン画像が表示される。 アイコン (小) アイコン画像 (サイズ小）のファイル名。簡易検索ではアイコン画像が表示される。 アイコン (小) 背景なし アイコン画像 (サイズ小の背景なし）のファイル名。簡易検索ではアイコン画像が表示される。 アイコン (大) URL アイコン画像 (サイズ大）を指定するURL アイコン (大) 背景なし URL アイコン画像 (サイズ大の背景なし）を指定するURL アイコン (小) URL アイコン画像 (サイズ小）を指定するURL アイコン (小) 背景なし URL アイコン画像 (サイズ小の背景なし）を指定するURL 詳細 アイコンについての補足情報 コメント アイコンに対するコメントや寄稿写真を掲載した簡易検索へのリンク

名称 生物種の和名 学名 生物種の学名 アイコン アイコン画像のファイル名。簡易検索ではアイコン画像とアイコンデータの簡易検索へのリンクが表示される。 画像 アイコンに対して投稿された画像のファイル名。簡易検索では投稿画像が表示される。 画像の利用許諾 アイコンに対して投稿された画像の利用許諾。簡易検索では「画像」項目内に表示される。 コメント アイコンに対して投稿されたコメント 氏名 投稿者の情報 記入日時 投稿した日時 更新日時 投稿内容が更新された日時

「category」ノード カテゴリの情報を表す。 各「category」ノードに含まれる属性値は下記の通り。 - id属性: カテゴリのID - value属性: カテゴリ名 下位のカテゴリがある場合には、それらのカテゴリを表す「category」ノードを含む。

Tool ID ツールのID Category IDs ツールが属するカテゴリIDのリスト Categories ツールが属するカテゴリのリスト Name ツールの名称 Availability ツールの入手方法 Provider ツールの提供元へのリンク Keywords ツールに関連するキーワード Feature ツールの特徴や機能の説明 Reference Title ツールに関する文献のタイトル Reference Author 文献の著者 Journal 文献が掲載された雑誌 PubMed ID 文献のPubMed ID Reference 上記4つの文献に関する項目をまとめて表示したもの。(簡易検索サイトのみ) Link to Google Scholar Google Scholarへのリンク。ツールに関する文献を引用している論文の一覧を見ることができる。 Last Updated ツールに関する情報の最終更新日

How-to ID How-toのID Category IDs How-toが属するカテゴリIDのリスト Title How-toのタイトル Caption How-toの簡易な説明 Detail How-toの本文

Review ID ツールレビューのID Category IDs ツールレビューが属するカテゴリIDのリスト Title ツールの性能評価比較のタイトル Caption ツールの性能評価比較に関する簡易な説明 Description ツールの性能評価を比較した文献に関する簡易な説明 Reference Title 文献のタイトル Reference Author 文献の著者 Journal 文献が掲載された雑誌 PubMed ID 文献のPubMed ID Reference 上記4つの文献に関する項目をまとめたもの。(簡易検索サイトのみ) Tools 文献で取り上げられたツールのリスト Detail ツールレビュー本文

Keyword ID キーワードのID Keyword キーワード名 Description キーワードに関する簡易な説明

「node」ノード カテゴリの階層構造における各ノードの情報を表す。 各「node」ノードに含まれる属性値は下記の通り。 - id 属性: ノードのIDを表す。 - tool_id 属性: ツールを表すノードであれば、ツールのIDが記載される。 - workflow_id 属性: ワークフローを表すノードであれば、ワークフローのIDが記載される。 - value 属性: ノードの値が記載される。 「node」ノードは、自身に別の「node」ノードを含む入れ子構造になっている。

Tool ID ツールのID Resource Name ツールの名称 Other Names ツールの別称 Description ツールの説明 Categories ツールが属するカテゴリのリスト Websites ツールの提供元へのリンク Reference ツールに関する文献のタイトル PubMed ID 文献のPubMed ID

Title ワークフローを抽出する元となった文献のタイトル Author 文献の著者 PubMed ID 文献のPubMed ID Reference 上記3つの文献に関する項目をまとめたもの。(簡易検索サイトのみ) Workflow 文献から抽出したワークフロー Workflow Image ワークフローをグラフ化した画像

JW_ID 大腸菌K-12株W3110亜株に対してGenoBaseで割り当てた遺伝子ID ECK number 大腸菌K-12株のMG1655亜株・W3110亜株のいずれの遺伝子も参照できるアクセション番号 B number 大腸菌K-12株MG1655亜株に対してBlattner研究室で割り当てた遺伝子のアクセション番号 Gene name K-12 大腸菌K-12株での遺伝子名 Locus name K-12 大腸菌K-12株での遺伝子座名 Synonyms of locus names K-12 大腸菌K-12株での遺伝子座名の別名 Solubility (%) タンパク質の可溶率 (単位: %) Yield (uM) タンパク質の収量 (単位: μM) Yield (ug/ml) タンパク質の収量 (単位: μg/ml) Minus Sol (%) シャペロン非存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %)　シャペロン効果の評価のために再度定量した値 TF Sol (%) TF存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) GroE Sol (%) GroE存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) KJE Sol (%) KJE存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) Minus Yield (uM) シャペロン非存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) TF Yield (uM) TF存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) GroE Yield (uM) GroE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) KJE Yield (uM) KJE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) Minus Yield (ug/ml) シャペロン非存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) TF Yield (ug/ml) TF存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) GroE Yield (ug/ml) GE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) KJE Yield (ug/ml) KJE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) Calculated MW (kDa) タンパク質の分子量 (単位: kDa) Calculated pI タンパク質の等電点 Type of gene product GenoBase において割り当てられた遺伝子産物のタイプ （タイプの説明は、こちらのページを参照） Gene product description GenoBase における遺伝子産物の説明 Cell location 細胞における局在部位 Structure (PDB) ID GenoBase で割り当てられたPDB ID SCOP assignment GenoBase で割り当てられたSCOPでの構造分類

Clone ID クローンID Library ライブラリの由来組織 Category 配列の分類 Cluster クラスタリング後のID ACC No. of clone クローンのアクセッションナンバー Length クローン配列長 Sequence 配列

Cluster ID クラスターID Description 予測された遺伝子機能 Category 配列の分類 Length コンセンサス配列長 Sequence コンセンサス配列 Source 由来クローン No. of clones 由来クローンの数 Top Blastx hit (E value &lt; 1e-6) Blastx検索トップヒットの遺伝子名 ACC No. Blastx検索トップヒットのアクセッションナンバー E-value Blastx検索トップヒットのE-value GO GOアノテーション

EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、in vivo試験における個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 ORGAN 臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。 FILE_LOCATION FTPサイトの画像ファイルのパスです。 CAPTURE_NO/NO_OF_SAMPLE(n/n) 写真撮影番号と撮影枚数を表しています。例えば、1/2と表示されている場合は、1臓器について2枚のプレパラートが作製されており、そのうちの1枚目のプレパラートの写真であることを示しています。 SPECIES 生物種を表しています。 SINGLE_REPEAT_TYPE in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE 化合物の投与経路を表しています。 ANIMAL_AGE(week) in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。 SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間を表しています。 DOSE 投与量を表しています。 DOSE_UNIT 投与量の単位を表しています。

Gene ID 遺伝子のID Gene Name 遺伝子の名前 Synonym 遺伝子名のシノニム Left Point ORFのゲノム上の開始位置 Right Point ORFのゲノム上の終了位置 Direction ORFの向き（5'-&gt;3'なら1、3'-&gt;5'なら-1、不明なら0） Description 遺伝子の説明 Old JW 以前のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID MG1655 ID この遺伝子情報を得るためにシーケンスされたMG1655クローンのID New JW 現在のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID（現在使用されていないエントリに付与されている） Accession 遺伝子に関連するUniprotエントリのID ECK No このエントリに対応するEscherichia coli K-12株上の遺伝子番号、ECK-COG情報にリンク Status このエントリの状態（最新であれば"current"、古いものであればどのバージョンで変更されたかが記載されている） ASKA Clone この遺伝子についてPPI実験を行ったASKA Cloneの情報にリンク DEL Clone この遺伝子の欠失株であるKeio Collectionの情報にリンク Reference この遺伝子について記載された文献番号（文献情報にリンク） Sequence このORFの配列情報にリンク

Gene ID 遺伝子のID Key 配列の種類（"orf", "rna","rep_origin"のいずれか） Gene Name 遺伝子の名前 Synonym 遺伝子名のシノニム Left Point ORFのゲノム上の開始位置 Right Point ORFのゲノム上の終了位置 Direction ORFの向き（5'-&gt;3'なら1、3'-&gt;5'なら-1、不明なら0） Function 遺伝子の機能（現在は利用されていない） Description 遺伝子の説明 Comment この遺伝子に対するコメント Reference この遺伝子について記載された文献 Old JW 以前のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID Sharp ID 遺伝子のID（Gene IDとは別の体系） Old ID 以前に割り当てられていたSharp ID MG1655 ID この遺伝子情報を得るためにシーケンスされたMG1655クローンのID Swissprot この遺伝子に関連するSwissprotのID（現在は利用されていない） E value この遺伝子配列と他の配列との間の相同性の期待値 EC ID この遺伝子に関連する酵素番号 EG ID この遺伝子に関連するEcoGeneのID PEC ID この遺伝子に関連するProfiling of E.coli ChoromosomeのID New JW 現在のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID（現在使用されていないエントリに付与されている） Accession 遺伝子に関連するUniprotエントリのID ECK No このエントリに対応するEscherichia coli K-12株上の遺伝子番号、ECK-COG情報にリンク Locus 遺伝子座の名前 History このエントリの変更履歴 Comment2 この遺伝子に対するコメント Literature この遺伝子に関する文献のPubmed ID Status このエントリの状態（最新であれば"current"、古いものであればどのバージョンで変更されたかが記載されている）

ECK No Escherichia coli K-12株上の遺伝子番号 COG No ECKの相同遺伝子分類番号 Function COGの機能分類記号 Description 上記分類記号の説明

Gene ID クローン上にある遺伝子のID Clone Name クローン名 Primer Seq n 5'末端側プライマーの配列 Primer Mod n 5'末端側プライマーの標識物質 Primer Seq c 3'末端側プライマーの配列 Primer Mod c 3'末端側プライマーの標識物質 IPTG IPTGを使用した場合の遺伝子発現の度合 GFP GFPを使用した場合の遺伝子の蛍光の強さ Gel No PPI実験で使用したゲルの番号 GFP Photo GFPを使用した遺伝子の蛍光写真の番号 Arc No 上記写真のアーカイブ番号 Number 撮影した写真数 Pattern Name GFPの蛍光パターン IPTG Flag IPTGの効果の有無（"+"または"-"）

Gene ID 遺伝子のID Clone Name この遺伝子が欠失しているクローンの名前 Primer Seq n 5'末端側プライマーの配列 Primer Seq c 3'末端側プライマーの配列

Reference No 文献番号 Journal 雑誌名 Year 発行年 Volume 巻番号 PP Start 記載開始ページ PP End 記載終了ページ Author 著者名 Title 文献タイトル Gene Name 文献に記載された遺伝子名

Gene ID 遺伝子のID Left Point ORFのゲノム上の開始位置 Right Point ORFのゲノム上の終了位置 Direction ORFの向き（5'-&gt;3'なら1、3'-&gt;5'なら-1、不明なら0） Map min ゲノム長を100とした場合の、このORFの位置 NT Seq Length ORF配列長 AA Seq Length ORF配列を翻訳したアミノ酸配列長 Start Codon 開始コドン Stop Codon 終止コドン Upstream Sequence ORFの上流500bpの配列 Sequence ORF配列 Amino Acid Sequence ORF配列を翻訳したアミノ酸配列 Downstream Sequence ORFの下流200bpの配列

Gel No ゲルの番号 HIS Tag HISタグの付いたベイトタンパク質を発現する遺伝子のID Gene 上記の遺伝子の名前 MW ベイトタンパク質の分子量（計算値） Protein ベイトタンパク質の名前 Sample ID 実験サンプルのID Coverage 実験で得られたペプチドがアミノ酸配列に占める割合 JW ベイトタンパク質に結合するプレイタンパク質を発現する遺伝子のID Sharp ID 上記遺伝子のID（JWとは別系統） Target Gene 上記遺伝子の名前 MW(exp) 結合したペプチドの分子量（実験値） PI 結合したペプチドの等電点 Comment1 コメント Comment2 コメント Comment3 コメント Comment4 コメント

TI No 転写因子番号 Operon Name オペロンの名前 Init Position ゲノム上の転写開始点 Direction 転写の向き（5'->3'なら"+"、3'->5'なら"-"） Sigma Factor シグマ因子 Regulator 転写制御因子 Operated Gene この転写に関与するタンパク質を発現する遺伝子のID Reference No この転写に関する文献情報の番号

Kohara ID クローンのID Left Point クローンのゲノム上の開始位置 Right Point クローンのゲノム上の終了位置 Length クローンの配列長 Name クローン名 Left Seq 開始点から50bp分の配列 Right Seq 終止点まで50bp分の配列 Comment コメント

Experiment Type 実験の種別 Disease 疾患名 Group 実験グループ Description 実験グループについての説明 Link to Marker/SNP Information マーカー情報またはSNP情報へのリンク(簡易検索サイトのみ)

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Chromosome マーカーの存在する染色体の番号 Start Position マーカーの染色体上の開始位置 End Position マーカーの染色体上の終了位置 Cytoband マーカーの存在する染色体上の位置 Forward Primer フォワードプライマー配列 Reverse Primer リバースプライマー配列 Amplicon Size アンプリコンサイズ Repeat Unit 繰り返し単位配列 Repeat Number 繰り返し数 Link to Typing Result TypingResultページへのリンク Link to Statistics Statisticsページへのリンク

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Condition サンプルの状態。Pは患者、Nは健常者です。 Number of Allele マーカーとなる配列に対する対立遺伝子の数 Heterozygosity ヘテロ接合性のピーク値 Peakpick type ヘテロ接合性のピーク値の取得方法。Mは手動で、Aはソフトウェアにより自動的に取得したことを表します。 Size アリルサイズ Height ピーク高

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Allele Size (Case) 患者側アリル Allele Number (Case) 患者側アリル度数 Allele Size (Control) 健常者側アリル Allele Number (Control) 健常者側アリル度数 Exact Test 2x2 P Value 2 X 2分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 Exact Test 2xm P Value 2 X m分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 Exact Test 2xm Standard Error 2 X m分割表を使った正確確率検定の標準誤差 Exact Test 2xm Estimate Upper 2 X m分割表を使った正確確率検定で推定された、P値が取りうる上限 Exact Test 2xm Estimate Under 2 X m分割表を使った正確確率検定で推定された、P値が取りうる下限

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Chromosome マーカーの存在する染色体の番号 Start Position マーカーの染色体上の開始位置 End Position マーカーの染色体上の終了位置 Cytoband マーカーの存在する染色体上の位置 Forward Primer フォワードプライマー配列 Reverse Primer リバースプライマー配列 Amplicon Sze アンプリコンサイズ Repeat Unit 繰り返し単位配列 Repeat Number 繰り返し回数 Link to Normalize Information NormalizeInformationへのリンク Link to Hardy Weinberg Test WeinbergTestへのリンク Link to Statistics Statisticsへのリンク

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Allele Space アリル間隔（パラメータ） Group Space グループ間隔（パラメータ） Allele Size アリルサイズ Allele Frequency アリル頻度 Group Average アリルの平均値（整数化後）

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Screening スクリーニング番号 Condition サンプルの状態。Pは患者、Nは健常者を表します。 Probability Test P Value 正確確率検定によって算出されたP値 Probability Test Standard Error 正確確率検定の標準誤差 Heterozygote Excess P Value ヘテロ接合性があるとした場合のP値 Heterozygote Excess Standard Error ヘテロ接合性があるとした場合の標準誤差 Heterozygote Defiency P Value ヘテロ接合性がないとした場合のP値 Heterozygote Defiency Standard Error ヘテロ接合性がないとした場合の標準誤差

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Status 実行ステータス Allele Size (Case) 患者側アリルサイズ Allele Number (Case) 患者側アリル度数 Allele Size (Control) 健常者側アリルサイズ Allele Number (Control) 健常者側アリル度数 Exact Test 2x2 P Value 2 X 2分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 Exact Test 2xm P Value 2 X m分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値

Group SNPのグループ SNP ID SNPのID Chromosome SNPの存在する染色体の番号 Strand SNPの向き Start Position SNPの染色体上の開始位置 End Position SNPの染色体上の終了位置 Cytoband SNPの存在する染色体上の位置 Gene SNPの存在する遺伝子名 Gene Strand 遺伝子の向き Allele 対立するSNP配列の組み合わせ Sequence SNPの周辺配列 Validation Status dbSNPのValidation Status番号 SNP Class dbSNPのSNP Class番号 Polymorphism 対立するSNP配列の組み合わせ（Alleleと同じ） Molecule Type dbSNPのMolecule Type Link to Hardy Weinberg Test HWTへのリンク Link to Statistics Statisticsへのリンク

Group SNPのグループ SNP ID SNPのID Screening スクリーニング番号 Condition サンプルの状態。Pは患者、Nは健常者を表します。 Probability Test P Value 正確確率検定によって算出されたP値 Probability Test Standard Error 正確確率検定の標準誤差 Heterozygote Excess P Value ヘテロ接合性があるとした場合のP値 Heterozygote Excess Standard Error ヘテロ接合性があるとした場合の標準誤差 Heterozygote Defiency P Value ヘテロ接合性がないとした場合のP値 Heterozygote Defiency Standard Error ヘテロ接合性がないとした場合の標準誤差

Group SNPのグループ SNP ID SNPのID Status 実行ステータス Genotype タイプ Allele (Case) 患者側アリル Allele Number (Case) 患者側アリル度数 Allele (Control) 健常者側アリル Allele Number (Control) 健常者側アリル度数 Exact Test 2x2 P Value 対立するSNPに挿入・欠損がない場合に2 X 2分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 Exact Test 2xm P Value 対立するSNPに挿入・欠損がない場合に2 X m分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値

ID 実験ID Post-genomic approache 実験手法 Stress 実験条件 Data file (GEO) GEO内の登録ID Data file (CSV) CSV形式のデータファイル名 Data file (Excel) Excel形式のデータファイル名 Simple search 簡易検索サイト中のテーブル名 Reference (PubMed) 関連文献のPubMed ID 実験ID 実験ID ポストゲノムアプローチ 実験手法 ストレス 実験条件 データファイル (GEO) GEO内の登録ID データファイル （CSV） CSV形式のデータファイル名 データファイル（Excel） Excel形式のデータファイル名 簡易検索サイト 簡易検索サイト中のテーブル名 リファレンス (PubMed) 関連文献のPubMed ID

ORF ORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/） におけるSystematic Name GENE 遺伝子名、SGDにおけるStandard Name Growth rate YM/YW YPD培地中の増殖速度（変異型／野生型の比） Growth rate SM/SW YPD30suc培地（300g/Lショ糖を添加したYPD培地）中の増殖速度（変異型／野生型の比） DESCRIPTION (MIPS) MIPS（Munich Information Center for Protein Sequences）における遺伝子の説明

ORF ORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/） におけるSystematic Name GENE 遺伝子名、SGDにおけるStandard Name Growth rate BM/BW 非ストレス条件の増殖速度（変異型／野生型の比） Growth rate (AM/AW)/(BM/BW) 凍結融解後の増殖速度（変異型／野生型の比）のストレス無しでの増殖速度（変異型／野生型の比）に対する比 DESCRIPTION (MIPS) MIPS（Munich Information Center for Protein Sequences）における遺伝子の説明

ORF ORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/） におけるSystematic Name GENE 遺伝子名、SGDにおけるStandard Name Growth rate BM/BW 非ストレス条件の増殖速度（変異型／野生型の比） Growth rate (DM/DW)/(BM/BW) 乾燥ストレス後の増殖速度（変異型／野生型の比）のストレス無しでの増殖速度（変異型／野生型の比）に対する比 DESCRIPTION (MIPS) MIPS（Munich Information Center for Protein Sequences）における遺伝子の説明

Pathway Name シグナル伝達経路の名称 INOH format INOH形式のデータファイルへのリンク BioPAX level2 format BioPax Level2形式のデータファイルへのリンク BioPAX level3 format BioPax Level3形式のデータファイルへのリンク PubMed ID パスウェイ情報元の参考文献へのリンク

Pathway Name 代謝経路の名称 INOH format INOH形式のデータファイルへのリンク BioPAX level2 format BioPax Level2形式のデータファイルへのリンク BioPAX level3 format BioPax Level3形式のデータファイルへのリンク

inoh_id TermのID alt_id Termの代替ID name Termの名称 synonym Termの別名 def Termの定義 xref_analog 他のオントロジーにおける類似したTermへのクロスリファレンス comment Termの注釈情報 linkage Termとis_aやpart_ofの関係にある他のTermをグラフで表現した画像 inoh_client INOH Clientを起動するリンク。Termに関連するパスウェイのダイアグラムを閲覧・編集することができる is_a is_a関係の定義。このTermの一つ上の階層のTermのIDとnameのリスト relationship part_of関係の定義。このTermが他のTermの一部であるとき、そのTermのIDとnameのリスト is_obsolete このTermが廃止されたものかどうかを示すフラグ。 廃止されたものならば、true。

inoh_id TermのID alt_id Termの代替ID name Termの名称 synonym Termの別名 def Termの定義 xref_analog 他のオントロジーにおける類似したTermへのクロスリファレンス comment Termの注釈情報 linkage Termとis_aやpart_ofの関係にある他のTermをグラフで表現した画像 inoh_client INOH Clientを起動するリンク。Termに関連するパスウェイのダイアグラムを閲覧・編集することができる is_a is_a関係の定義。このTermの一つ上の階層のTermのIDとnameのリスト relationship part_of関係の定義。このTermが他のTermの一部であるとき、そのTermのIDとnameのリスト is_obsolete このTermが廃止されたものかどうかを示すフラグ。 廃止されたものならば、true。

inoh_id TermのID alt_id Termの代替ID name Termの名称 synonym Termの別名 def Termの定義 xref_analog 他のオントロジーにおける類似したTermへのクロスリファレンス comment Termの注釈情報 linkage Termとis_aやpart_ofの関係にある他のTermをグラフで表現した画像 inoh_client INOH Clientを起動するリンク。Termに関連するパスウェイのダイアグラムを閲覧することができる is_a is_a関係の定義。このTermの一つ上の階層のTermのIDとnameのリスト relationship part_of関係の定義。このTermが他のTermの一部であるとき、そのTermのIDとnameのリスト is_obsolete このTermが廃止されたものかどうかを示すフラグ。 廃止されたものならば、true。

ID 試験ID Type 計測機器型式 Species 種名（Oryza sativa） Material 系統 Light condition 光条件 Temperature 温度 Humidity 湿度 Medium 培地 Growth Chamber グロースチャンパー Soil 培土 Imaging system 撮影システム Camera カメラ Induction of germination / Period 発芽誘導・画像取得開始日時（ID=1以外の場合） または 画像取得開始-終了日時（ID=1の場合） Duration of observation 観察期間 Intervals of imaging 計測間隔 Growth data 生育データ Image list 画像名リスト Large image 画像（大） Small image 画像（小） First image 最初の画像 (簡易検索サイトのみ) Last image 最後の画像 (簡易検索サイトのみ)

Clone name クローン名 Library ライブラリー名 5' end seq. ID 5'末端の配列ID Acc. of 5' end 5'末端の配列のアクセション番号 Tissue cluster of 5' end 5'末端の配列の組織別クラスターID Merge cluster of 5' end 5'末端の配列のマージクラスターID Homology of 5' end 5'末端のホモロジー検索結果 Score of 5' end 上記ホモロジー検索のスコア E-value of 5' end 上記ホモロジー検索のE-value 3' end seq. ID 3'末端の配列ID Acc. of 3' end 3'末端の配列のアクセション番号 Tssue cluster of 3' end 3'末端の配列の組織別クラスターID Merge cluster of 3' end 3'末端の配列のマージクラスターID Homology of 3' end 3'末端のホモロジー検索結果 Score of 3' end 上記ホモロジー検索のスコア E-value of 3' end 上記ホモロジー検索のE-value Full length seq. ID 完全長配列のID (へのリンク）

Cluster マージクラスターID olea (embryo ST22) 胚 (ST22)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク oleb (embryo ST35) 胚 (ST35)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olec (embryo ST40) 稚魚 (ST40)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olvl (male liver) 雄肝臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olli (female liver) 雌肝臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olbr (brain) 脳由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olgi (gill) 鰓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olki (kidney) 腎臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olsp (spleen) 脾臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olte (testis) 精巣由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olova (ovary) 卵巣由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク Homology クラスター内の代表配列に対するホモロジー検索結果

Full length seq. ID 完全長配列のID Library ライブラリー名 (各ライブラリ名の略称についてはMerge cluster listを参照） Homology ホモロジー検索結果 Score 上記ホモロジー検索のスコア E-value 上記ホモロジー検索のE-value

RefSNP ID RefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク） Affy/Perlegen ID Affymetrix社またはPerlegen社のマイクロアレイのユニークID。 Chromosome SNPが存在する染色体。 Position SNPの染色体上の位置。 (NCBI Build 35) Alleles 対立遺伝子。 MAF SNPの対立遺伝子の頻度。 (MAF: Minor allele frequency) Genotypes 74セットの胞状奇胎の試料についての遺伝子型。 LD bin LD binの名称。 (簡易検索では、「LD bin 一覧」テーブルへのリンク) tagSNP tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: tagSNPである。 0: tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。 Best tagSNP Best tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: Best tagSNPである。 0: Best tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。

RefSNP ID RefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク） Affy/Perlegen ID Affymetrix社またはPerlegen社のマイクロアレイのユニークID。 Chromosome SNPが存在する染色体。 Position SNPの染色体上の位置。 (NCBI Build 36) Alleles 対立遺伝子。 MAF SNPの対立遺伝子の頻度。 (MAF: Minor allele frequency) Genotypes 87セットの胞状奇胎の試料についての遺伝子型。 LD bin LD binの名称。 (簡易検索では、「LD bin 一覧」テーブルへのリンク) tagSNP tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: tagSNPである。 0: tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。 Best tagSNP Best tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: Best tagSNPである。 0: Best tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。

LD bin LD binの名称。 Chromosome LD binが存在する染色体。 (Chr1～Chr22, ChrX) Position Start LD binの染色体上の開始位置。 (NCBI Build 35) Position End LD binの染色体上の終了位置。 (NCBI Build 35) SNPs Count LD binに含まれるSNPの数。 tagSNPs Count LD binに含まれるtagSNPの数。 Best tagSNP LD binに含まれるtagSNPのうち、r2が最も高いSNPのRefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク）

LD bin LD binの名称。 Chromosome LD binが存在する染色体。 (Chr1～Chr22, ChrX) Position Start LD binの染色体上の開始位置。 (NCBI Build 36) Position End LD binの染色体上の終了位置。 (NCBI Build 36) SNPs Count LD binに含まれるSNPの数。 tagSNPs Count LD binに含まれるtagSNPの数。 Best tagSNP LD binに含まれるtagSNPのうち、r2が最も高いSNPのRefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク）

rs RefSNP accession ID (rs number) chr SNPが存在する染色体の番号 (1-22,X) pos SNPの染色体上の位置 allele1 対立遺伝子1 allele2 対立遺伝子2 gtype 74セット分の胞状奇胎の試料の遺伝子型

chr 染色体番号 (1-22,X) sample データセットの名称 rs RefSNP accession ID (rs number) pos 染色体上の位置 allele1 対立遺伝子1 allele2 対立遺伝子2 gtype 87セット分の胞状奇胎の試料の遺伝子型 ss Affymetrix社のマイクロアレイでのユニークID

seqname SNPの存在する染色体。 (e.g. Chr1) source データセットの名称。 (e.g. CHM_2R80M5Z) feature データの種別。SNPの情報またはLD binの境界の情報。 (e.g. LD_BIN, LD_BIN_BOUNDARIES) start SNP、またはbin左端の染色体上の位置。 (NCBI Build 35) end SNP、またはbin右端の染色体上の位置。 score LD_BIN行では、2:Best tagSNP、1:tagSNP、0:他のSNP。LD_BIN_BOUNDARIES行では常に"." strand （常に"+"） frame （常に"."） attributes 次の複数のデータを含む項目。 ld_bin: LD binの名称（これ以外はLD_BIN行にのみ存在） RSID: RefSNP ID (rs番号) tagging: tagSNPかどうかを示すフラグ besttag: Best tagSNPかどうかを示すフラグ SNPID: Affymetrix社のマイクロアレイのユニークID (e.g. ld_bin 2R80M5Z_10_1 ; RSID rs16930466 ; tagging 1 ; besttag 0 ; SNPID SNP_A-2110939)

seqname SNPの存在する染色体。 (e.g. Chr1) source データセットの名称。 (e.g. CHM_3R80M5Z) feature データの種別。SNPの情報またはLD binの境界の情報。 (e.g. LD_BIN, LD_BIN_BOUNDARIES) start SNP、またはbin左端の染色体上の位置。 (NCBI Build 36) end SNP、またはbin右端の染色体上の位置。 score LD_BIN行では、2:Best tagSNP、1:tagSNP、0:他のSNP。LD_BIN_BOUNDARIES行では常に"." strand （常に"+"） frame （常に"."） attributes 次の複数のデータを含む項目。 ld_bin: LD binの名称（これ以外はLD_BIN行にのみ存在） RSID: RefSNP ID (rs番号) tagging: tagSNPかどうかを示すフラグ besttag: Best tagSNPかどうかを示すフラグ SNPID: Affymetrix社のマイクロアレイのユニークID (e.g. ld_bin 3R80M5Z_10_2 ; RSID rs16930466 ; tagging 1 ; besttag 0 ; SNPID SNP_A-2110939)

COMPOUND_NAME 化合物名の英語表記 COMPOUND_ABBREVIATION 化合物の略称です。 COMPOUND_NO 化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。 Human - in vitro ヒト肝細胞を用いたin vitro試験における遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） Rat - in vitro ラット肝細胞を用いたin vitro試験における遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） Rat - in vivo - Liver - Single ラットを用いたin vivo試験（単回投与）における肝臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） Rat - in vivo - Liver - Repeat ラットを用いたin vivo試験（反復投与）における肝臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） Rat - in vivo - Kidney - Single ラットを用いたin vivo試験（単回投与）における腎臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） Rat - in vivo - Kidney - Repeat ラットを用いたin vivo試験（反復投与）における腎臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク） Pathological items (Liver) ラットを用いたin vivo試験における肝臓での病理所見とプレパラートの画像（簡易検索サイトのみ） Pathological items (Kidney) ラットを用いたin vivo試験における腎臓での病理所見とプレパラートの画像（簡易検索サイトのみ）

BARCODE 使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。 ARR_DESIGN GeneChipのデザイン名です。トキシコゲノミクスプロジェクトではHumanのチップはHG-U133_Plus_2、RatのチップはRat230_2を用いています。 EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、in vivo試験における個体、in vitro試験における試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 ORGAN 臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。 MATERIAL_ID 遺伝子発現データの取得に用いたサンプル切片を識別するためのIDです。Aから始まりB、Cという記号が付与されています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 COMPOUND_ABBREVIATION 化合物の略称です。 COMPOUND_NO 化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。 SPECIES 生物種を表しています。 EXP_TEST_TYPE 実験系（in vivo試験、in vitro試験）を表しています。 SINGLE_REPEAT_TYPE in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 SEX_TYPE 性別を表しています。 STRAIN_TYPE in vivo試験におけるラットの系統を表しています。 ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE 化合物の投与経路を表しています。 ANIMAL_AGE(week) in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。 SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間、in vitro試験における曝露時間を表しています。 DOSE 投与量を表しています。 DOSE_UNIT 投与量の単位を表しています。 DOSE_LEVEL 投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。

EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 SPECIES 生物種を表しています。 SEX_TYPE 性別を表しています。 SACRIFICE_PERIOD in vitro試験においては曝露時間を表しています。 DOSE 曝露量を表しています。 DOSE_UNIT 曝露量の単位を表しています。 DOSE_LEVEL 曝露量のレベルを表しています。曝露量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 BARCODE CELファイル属性情報へのリンク CELL_VIABILITY 細胞生存率情報へのリンク

EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 SPECIES 生物種を表しています。 SEX_TYPE 性別を表しています。 SACRIFICE_PERIOD in vitro試験においては曝露時間を表しています。 DOSE 曝露量を表しています。 DOSE_UNIT 曝露量の単位を表しています。 DOSE_LEVEL 曝露量のレベルを表しています。曝露量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 DNA(%) ＤＮＡ含量を基に算出した相対生存率 LDH(%) 培養上清中に漏出したＬＤＨの活性値を基に算出した相対生存率

EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 SINGLE_REPEAT_TYPE in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 SEX_TYPE 性別を表しています。 STRAIN_TYPE in vivo試験におけるラットの系統を表しています。 ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE 化合物の投与経路を表しています。 ANIMAL_AGE(week) in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。 SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間を表しています。 DOSE 投与量を表しています。 DOSE_UNIT 投与量の単位を表しています。 DOSE_LEVEL 投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 BARCODE (Liver) CELファイル属性情報へのリンク(肝臓) (簡易検索サイトのみ) BARCODE (Kidney) CELファイル属性情報へのリンク(腎臓) (簡易検索サイトのみ) HEMATOLOGY 血液学情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) BIOCHEMISTRY 血液化学情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) ORGAN_WEIGHT 臓器の重量に関する情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) BODY_WEIGHT 体重情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) FOOD_CONSUMPTION 摂餌情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) PATHOLOGY (Liver) 肝臓の病理情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) PATHOLOGY (Kidney) 腎臓の病理情報へのリンク(簡易検索サイトのみ) PATHOLOGICAL_IMAGE (Liver) 肝臓の病理標本（プレパラート）画像へのリンク(簡易検索サイトのみ) PATHOLOGICAL_IMAGE (Kidney) 腎臓の病理標本（プレパラート）画像へのリンク(簡易検索サイトのみ)

EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 SINGLE_REPEAT_TYPE in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 SEX_TYPE 性別を表しています。 STRAIN_TYPE in vivo試験におけるラットの系統を表しています。 ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE 化合物の投与経路を表しています。 ANIMAL_AGE(week) in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。 SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間を表しています。 DOSE 投与量を表しています。 DOSE_UNIT 投与量の単位を表しています。 DOSE_LEVEL 投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 TERMINAL_BW(g) 屠殺時の体重 LIVER(g) 肝臓の重量 KIDNEY_TOTAL(g) 腎臓の重量 KIDNEY_R(g) 右腎の重量 KIDNEY_L(g) 左腎の重量

EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 SINGLE_REPEAT_TYPE in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間を表しています。 DOSE 投与量を表しています。 DOSE_UNIT 投与量の単位を表しています。 DOSE_LEVEL 投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 RBC(x10_4/ul) 赤血球数 Hb(g/dL) ヘモグロビン量 Ht(%) ヘマトクリット値 MCV(fL) 平均赤血球容積 MCH(pg) 平均赤血球血色素量 MCHC(%) 平均赤血球血色素濃度 Ret(%) 網赤血球率 Plat(x10_4/uL) 血小板数 WBC(x10_2/uL) 白血球数 Neu(%) 好中球比 （白血球百分率） Eos(%) 好酸球比 （白血球百分率） Bas(%) 好塩基球比 （白血球百分率） Mono(%) 単球比 （白血球百分率） Lym(%) リンパ球比 （白血球百分率） PT(s) プロトロンビン時間 APTT(s) 活性化部分トロンボプラスチン時間 Fbg(mg/dL) フィブリノーゲン量

EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 SINGLE_REPEAT_TYPE in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間を表しています。 DOSE 投与量を表しています。 DOSE_UNIT 投与量の単位を表しています。 DOSE_LEVEL 投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 ALP(IU/L) アルカリフォスファターゼ TC(mg/dL) 総コレステロール TG(mg/dL) 中性脂肪 PL(mg/dL) リン脂質 TBIL(mg/dL) 総ビリルビン DBIL(mg/dL) 直接ビリルビン GLC(mg/dL) グルコース BUN(mg/dL) 血中尿素窒素 CRE(mg/dL) クレアチニン Na(meq/L) ナトリウム K(meq/L) カリウム Cl(meq/L) 塩素 Ca(mg/dL) カルシウム IP(mg/dL) 無機リン TP(g/dL) 総蛋白質 RALB(g/dL) アルブミン A/G A/G比　（アルブミン・グロブリン比） AST(IU/L) アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ ALT(IU/L) アラニンアミノトランスフェラーゼ LDH(IU/L) 乳酸脱水素酵素 GTP(IU/L) γグルタミルトランスペプチダーゼ

EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 DOSE_LEVEL 投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間を表しています。 PROGRESS_TIME in vivo試験における体重測定日を表しています。単位はday(日)であり、投与開始日をday1としています。 BODY_WT PROGRESS_TIME時の個体の体重を表しています。単位はg(グラム)です。

EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 DOSE_LEVEL 投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間を表しています。 PROGRESS_TIME in vivo試験における摂餌量測定日を表しています。単位はday(日)であり、投与開始日をday1としています。 FC_AMOUNT 各個体における飼料の１日摂取量を表しています。単位はg/day(グラム/日)です。

BARCODE 使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。ただし、「No ChipData」のデータは、遺伝子発現解析実験を行っておりませんので、対応するCELファイルはありません。 EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 DOSE_LEVEL 投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間を表しています。 ORGAN 臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。 FINDING_TYPE 病変の種類を表しています。 TOPOGRAPHY_TYPE 病変が見られた臓器の部位を表しています。 GRADE_TYPE 病変における変化の程度を表しています。変化の程度の低い順にP(present)、minimal、slight、moderate、severeとなっています。 SP_FLG 病変が自然発生的に生じたものかどうかを示すフラグです。自然発生的に生じた病変の場合は1(簡易検索サイトではチェックボックスがオン)、そうではない場合は0(簡易検索サイトではチェックボックスがオフ)で表されます。 PATHOLOGICAL_IMAGE 病理標本（プレパラート）画像へのリンク(簡易検索サイトのみ)

BARCODE 使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。ただし、「No ChipData」のデータは、遺伝子発現解析実験を行っておりませんので、対応するCELファイルはありません。 ARR_DESIGN GeneChipのデザイン名です。トキシコゲノミクスプロジェクトではHumanのチップはHG-U133_Plus_2、RatのチップはRat230_2を用いています。 EXP_ID 実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。 GROUP_ID 群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。 INDIVIDUAL_ID 同一群内で、in vivo試験における個体、in vitro試験における試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。 ORGAN 臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。 MATERIAL_ID 遺伝子発現データの取得に用いたサンプル切片を識別するためのIDです。Aから始まりB、Cという記号が付与されています。 COMPOUND_NAME 化合物の名称です。 COMPOUND_ABBREVIATION 化合物の略称です。 COMPOUND_NO 化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。 SPECIES 生物種を表しています。 EXP_TEST_TYPE 実験系（in vivo試験、in vitro試験）を表しています。 SINGLE_REPEAT_TYPE in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。 SEX_TYPE 性別を表しています。 STRAIN_TYPE in vivo試験におけるラットの系統を表しています。 ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE 化合物の投与経路を表しています。 ANIMAL_AGE(week) in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。 SACRIFICE_PERIOD in vivo試験における屠殺時間、in vitro試験における曝露時間を表しています。 DOSE 投与量を表しています。 DOSE_UNIT 投与量の単位を表しています。 DOSE_LEVEL 投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。 臓器の重量 TERMINAL_BW(g) 屠殺時の体重 LIVER(g) 肝臓の重量 KIDNEY_TOTAL(g) 腎臓の重量 KIDNEY_R(g) 右腎の重量 KIDNEY_L(g) 左腎の重量 血液学検査 RBC(x10_4/ul) 赤血球数 Hb(g/dL) ヘモグロビン量 Ht(%) ヘマトクリット値 MCV(fL) 平均赤血球容積 MCH(pg) 平均赤血球血色素量 MCHC(%) 平均赤血球血色素濃度 Ret(%) 網赤血球率 Plat(x10_4/uL) 血小板数 WBC(x10_2/uL) 白血球数 Neu(%) 好中球比 （白血球百分率） Eos(%) 好酸球比 （白血球百分率） Bas(%) 好塩基球比 （白血球百分率） Mono(%) 単球比 （白血球百分率） Lym(%) リンパ球比 （白血球百分率） PT(s) プロトロンビン時間 APTT(s) 活性化部分トロンボプラスチン時間 Fbg(mg/dL) フィブリノーゲン量 血液化学検査 ALP(IU/L) アルカリフォスファターゼ TC(mg/dL) 総コレステロール TG(mg/dL) 中性脂肪 PL(mg/dL) リン脂質 TBIL(mg/dL) 総ビリルビン DBIL(mg/dL) 直接ビリルビン GLC(mg/dL) グルコース BUN(mg/dL) 血中尿素窒素 CRE(mg/dL) クレアチニン Na(meq/L) ナトリウム K(meq/L) カリウム Cl(meq/L) 塩素 Ca(mg/dL) カルシウム IP(mg/dL) 無機リン TP(g/dL) 総蛋白質 RALB(g/dL) アルブミン A/G A/G比　（アルブミン・グロブリン比） AST(IU/L) アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ ALT(IU/L) アラニンアミノトランスフェラーゼ LDH(IU/L) 乳酸脱水素酵素 GTP(IU/L) γグルタミルトランスペプチダーゼ 細胞生存率 DNA(%) ＤＮＡ含量を基に算出した相対生存率 LDH(%) 培養上清中に漏出したＬＤＨの活性値を基に算出した相対生存率

Clone ID BACクローンID Accession of forward seq. 挿入断片のT7側末端の配列のDDBJ/GenBank/EMBLのアクセション番号 (簡易検索ではNCBIへのリンク） Version of forward seq. 挿入断片のT7側末端の配列のDDBJ/GenBank/EMBLのバージョン番号 Length of forward seq. 挿入断片のT7側末端の配列の配列長 Forward sequence 挿入断片のT7側末端の配列の塩基配列 Accession of reverse seq. 挿入断片のSP6側末端の配列のDDBJ/GenBank/EMBLのアクセション番号 (簡易検索ではNCBIへのリンク) Version of reverse seq. 挿入断片のSP6側末端の配列のDDBJ/GenBank/EMBLのバージョン番号 Length of reverse seq. 挿入断片のSP6側末端の配列の配列長 Reverse sequence 挿入断片のSP6側末端の配列の塩基配列

Clone ID BACクローンID (簡易検索ではMouse BAC browserへのリンク） Accession of forward seq. 5'末端配列のDDBJ/GenBank/EMBLのアクセション番号 (簡易検索ではNCBIへのリンク) Version of forward seq. 5'末端配列のDDBJ/GenBank/EMBLのバージョン番号 Length of forward seq. 5'末端配列の配列長 Forward sequence 5'末端配列の塩基配列 Accession of reverse seq. 3'末端配列のDDBJ/GenBank/EMBLのアクセション番号 (簡易検索ではNCBIへのリンク) Version of reverse seq. 3'末端配列のDDBJ/GenBank/EMBLのバージョン番号 Length of reverse seq. 3'末端配列の配列長 Reverse sequence 3'末端配列の塩基配列

Domain ID ドメインID Protein name タンパク質名（UniProt ACより変換） UniProt AC UniProt AC（PDB IDより変換） UniProt ID UniProt AC（PDB IDより変換） Domain name ドメイン名 AA seq. アミノ酸配列 Sample preparation プラスミド、発現条件、精製条件へリンクする結晶化ID Crystallization condition ID 結晶化条件ID Crystallization plates 結晶化プレート Selected plate ID 選択された結晶化プレートのID Selected plate 選択された結晶化プレートの結晶化キット名 Selected well 選択されたウェル Selected well image 選択されたウェル画像 Crystallization final condition 最終の結晶化条件 Diffraction ID 回折実験ID Diffraction 位相決定法とビームライン名 Diffraction images 回折実験画像 PDB ID PDB ID

dmid ドメインID start_pos ドメイン切り出し位置(N末側) stop_pos ドメイン切り出し位置(C末端側) naseq 塩基配列 aaseq アミノ酸配列 domain_name ドメイン名

Plasmid プラスミドID Domain ID ドメインID Cleaved aaseq (切断処理後の)アミノ酸配列 MD ID MidiPrep ID Domain name ドメイン名 Expression system 利用した発現システム Scale 合成スケール (単位: ml) Tube num 反応チューブ数（全体の合成スケールはscale*tube_num） (単位: 本数) Temperature 反応温度 (単位: ℃) Incubation time 反応時間 (単位: hour) Plasmid conc プラスミド濃度 (単位: ul/ml) Cofactor コファクター Tag 切断処理の有無 Protease 切断処理に用いたプロテアーゼ Affinity Affinity (AF) 精製用カラム Ion-exchange イオン交換 (IEX) 精製用カラム Gel filtration ゲルろ過 (GF) 精製用カラム Protein conc タンパク質濃度 (単位: mg/ml) Protein volume タンパク質収量 (単位: ul) Label セレノメチオニンラベルの有無 Lot 精製ロット Buffer バッファー組成 Purification date 精製終了年月日 PDB ID PDBID Condition ID 結晶化条件ID

condition_id 結晶化条件ID dmid ドメインID purification_id 結晶化に用いた精製サンプル date 結晶化を仕込んだ日 plate_id 結晶化プレートID method1 結晶化方法 method2 結晶化方法 kit 使用した結晶化キット(Expandはある条件を展開した場合) expand_reference 結晶化条件展開時の参照キット＆条件 temperature 結晶化温度。 (単位: ℃) protein_conc 使用したタンパク質濃度 (単位: mg/ml) final_condition 最終の結晶化条件

dmid ドメインID plate_id 結晶化プレートID method スクリーニング方法 obs_system プレート自動観察装置 condition_id 結晶化条件ID kit 結晶化実験スクリーニングキット名 kit_id スクリーニングキットID pdb_id PDBID well 反射測定に使用したPDBに直結する結晶の析出したウェル。 image_file 上記wellの画像ファイル dataset_dir 画像ファイルの格納されているディレクトリ

diffraction_id 回折実験ID image_file 回折実験画像ファイル dataset_dir 画像ファイルの格納されているディレクトリ condition_id 結晶化条件ID dmid ドメインID pdb_id PDBID measurement_date 測定日 beamline ビームライン名 detector 検出機名 data_collection_protocol データ収集プロトコル（多波長or単波長) phasing_protocol 位相決定法 mr_starting_model 分子置換法（MR）で解いたときの初期構造モデル camera_length カメラ長 (単位: mm) omega_step 振動角 (単位: °) angle_range 測定範囲 (単位: °) wavelength1 波長 (単位: Å) wavelength2 波長 (単位: Å) wavelength3 波長 (単位: Å) wavelength4 波長 (単位: Å) exposure_time 露光時間 (単位: sec.) resolution 分解能 (単位: Å) space_group 空間群 (単位: ) a セル長 (単位: Å) b セル長 (単位: Å) c セル長 (単位: Å) alpha セル角 (単位: °) beta セル角 (単位: °) gamma セル角 (単位: °)

kit_id スクリーニングキットID kit_name 結晶化実験スクリーニングキット名 well プレートウェル位置 reagent_id 結晶化試薬ID well_name プレートウェル位置 final_ph 最終pH salt 塩条件 buffer バッファー条件 precipitant 沈殿剤条件 other 添加剤などの条件