データベースのメタデータ検索
| データベース名称 ⇅ | DOI ⇅ | データベース分類 ⇅ | 生物種 ⇅ | 説明 ⇅ | データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅ | 運用場所 ⇅ | 利用許諾 ⇅ |
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TMBETA-GENOME
(Annotation of Beta-Barrel Membrane Proteins in Genomic Sequences) |
10.18908/lsdba.nbdc00713-000 |
タンパク質配列データベース-タンパク質属性
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Bacteria
(2)
Archaea
(2157)
Eukaryota
(2759)
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TMBETA-GENOMEはゲノム配列の解読が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計的手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。 |
ゲノムの各配列についてβ-バレル型膜タンパク質と判定された配列をFASTAフォーマットで取得することができ、さらなる解析に用いることができます。また"TMBETA-DISC"や"TMBETA-SVM"などの予測ツールを提供しており（アーカイブ版には含まれません）、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行うことができます。 |
産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター |
CC 表示-継承 |
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DNA ProbeLocator
(マイクロアレイプローブデータベース) |
10.18908/lsdba.nbdc01077-000 |
マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース
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Homo sapiens
(9606)
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アフィメトリクス、アジレント、ならびにDNAチップ研究所から提供された多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングした結果を格納しています。 |
DNA ProbeLocatorはプローブのマッピングデータをエクソン構造と共に、直感的に表現するデータベースです。データはヒトゲノム（build35）を用いており、H-InvDBに格納されている完全長のクローンで検証された遺伝子に関するアノテーション情報を提供します。
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（独）産業技術総合研究所 |
CC 表示-継承 |
| OpenPML | 10.18908/lsdba.nbdc01204-000 |
その他の分子生物学データベース
データ記述形式
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遺伝型－表現型データ記述形式の標準化規格PML について記述したものです。あわせてPaGE-OMの説明、スキーマやサンプルスクリプトなどを公開しています。ゲノムの多様性と表現型の多様性の関係についての研究には、大規模且つ多様なデータを多くの協力者や研究者の間で共有することが不可欠です。そのためには各々の研究者がデータの互換性を担保した統一のとれた方法でデータを記述することが重要となります。 PaGE-OM (Phenotype and Genotype-Object Model)とはデータ記述のためのデータモデルです。
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遺伝型－表現型データベースを作成するときに、国際標準規格に基づいた形式で記述することができます。ゲノム多型と表現型のデータベースを開発する際に、国際標準形式で作成することができます。また、PMLで作成されたデータは再利用しやすいことになります。 |
運用停止しました。なおアーカイブ版はhttp://dbarchive.biosciencedbc.jp/archive/openpml/で閲覧可能です。 |
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RGP gmap98
(RGP: A HIGH-DENSITY RICE GENETIC MAP) |
10.18908/lsdba.nbdc00318-02-000 |
植物データベース-イネ
ゲノム
配列
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Oryza sativa
(4530)
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「Genetics」（1998年1月）に掲載された高密度RFLP連鎖地図より、印刷物として掲載できなかった大量のデータをここで提供します。 |
イネ連鎖地図は、Nipponbare (japonica) と Kasalath (indica) のF2交雑でマッピングされた2,275個のRFLPマーカー情報から構成されています。データはアイソザイム遺伝子座、各プローブの塩基配列および親サザン画像に対応した表、関連するクローン情報のデータを含んでいます。表にはマッピングされたクローンの類似検索の結果も含みます。
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RPSD
(イネタンパク質構造データベース) |
10.18908/lsdba.nbdc00749-000 |
構造データベース-タンパク質構造
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Oryza sativa
(4530)
Arabidopsis thaliana
(3702)
Sorghum bicolor
(4558)
Zea mays
(4577)
Hordeum vulgare
(4513)
Triticum aestivum,
(4565)
Glycine max
(3847)
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イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造を決定し、その成果と関連情報をまとめました。Protein Data Bankを情報源としたタンパク質の基本情報、構造決定に用いた実験手法、文献情報、配列、立体構造の画像等を掲載しています。 |
本研究では、イネ植物機能の総合的な解明と有用遺伝子の効率的な利用方策の開発に向けて、イネゲノムプロジェクトによって得られた遺伝子情報や完全長cDNA等を活用し、学術上または農業・産業上の重要性が想定される遺伝子について、「タンパク質の立体構造と機能/表現型」の相関と機能発現機構を原子レベルの分解能で解明することを目的としています。このサイトでは、タンパク質の立体構造を、植物ごとに一覧して検索できます。 |
※オリジナルサイト休止中 |
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