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生命科学系データベースアーカイブ

「NBDC NikkajiRDF」 (国立研究開発法人 科学技術振興機構)のデータを更新しました

「NBDC NikkajiRDF」は日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベースです。

今回の更新では、「日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ(UniChem由来)」 および 「日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ(PubChem由来)」について、データを更新しました。

「FANTOM5」(理化学研究所)を更新しました

「FANTOM5」は、ヒトやマウスの様々な細胞種における転写産物や転写因子の活性に関するデータベースです。

今回の更新では、以下の6つのデータを新たに追加しました。

また、以下の2つのデータを更新しました。

  • FANTOM5
  • 「PSCDB」 (産業技術総合研究所 雨宮崇之研究員)を追加しました

    「PSCDB」は、タンパク質の立体構造変化とリガンド結合の関係を表したデータベースです。

    サイトメンテナンスのお知らせ

    生命科学系データベースアーカイブでは、サーバ設備のメンテナンスのため下記期間においてサービスを停止する予定です。 大変ご迷惑をおかけしますが、何卒ご理解いただきますようお願いいたします。

    • サービス停止予定
    • 1.2016年12月20日(火) 10:00~17:00 全サービス停止

      2.2017年1月23日(月) 9:00~18:00 データダウンロードと簡易検索の停止

      3.1月24日(火) 9:00~18:00 メインサイト・簡易検索・相同性検索・SPARQL Endpointの停止

      4.1月25日(水) 9:00~18:00 データダウンロードと簡易検索の停止

      5.1月26日(木) 9:00~18:00 画像検索の停止

      6.1月27日(金) 9:00~18:00 「Open TG-GATEs 病理写真データベース」の参照の停止(一括ダウンロードは可)

    「NBDC NikkajiRDF」 (国立研究開発法人 科学技術振興機構)のデータを更新しました

    「NBDC NikkajiRDF」は日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベースです。

    今回の更新では、以下の1つのデータを新たに追加しました。

    また、「日化辞の本体のRDFデータ」、「日化辞のInChIのRDFデータ」 および 「日化辞のSMILESのRDFデータ」について、データを更新しました。

    「NITE NBRC Yeast Image Collection」(製品評価技術基盤機構)を追加しました

    「NITE NBRC Yeast Image Collection」 は、酵母の3種の形状(細胞、菌糸、胞子)画像と、撮影時の培地条件に関するデータを収録したデータベースです。

    「Autophagy Database」(国立遺伝学研究所)を追加しました

    「Autophagy Database」は、多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベースです。

    「LEGENDA」を追加しました

    「LEGENDA」は、文献から抽出した疾患-遺伝子-物質との関係を納めた疾患情報テキストマイニングデータベースです。

    「ConfC」 (明治薬科大学 野口保教授)を追加しました

    「ConfC」は、PDB内のタンパク質立体構造から動的情報を抽出したデータベースです。

    「日化辞 InChI対応表」 (国立研究開発法人 科学技術振興機構)のデータを更新しました

    「日化辞 InChI対応表」は日本化学物質辞書(日化辞)の化合物IDとInChIおよびInChIKeyの対応に関するデータベースです。

    今回の更新では、「InChI対応表」 について、以下のデータ更新を行いました。

    • レコードの統廃合 (3 化合物)
    • InChIおよびInChIKey変更 (3,154 化合物)
    • 新規追加 (89,872 化合物)

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