データベースの説明

データベース全般
名称	GlycoProtDB
名称の読み方	グライコプロットディービー
別名	GPDB
DOI	10.18908/lsdba.nbdc00797-000
作成者	作成氏名梶裕之* 作成者英名 Hiroyuki Kaji 作成者所属産業技術総合研究所糖鎖医工学研究センター作成氏名礒辺俊明作成者英名 Toshiaki Isobe 作成者所属首都大学東京大学院理工学研究科作成氏名菊池紀広作成者英名 Norihiro Kikuchi 作成者所属三井情報開発株式会社作成氏名高橋順子作成者英名 Yoriko Takahashi 作成者所属三井情報開発株式会社作成氏名鹿内俊秀作成者英名 Toshihide Shikanai 作成者所属三井情報開発株式会社（作成時）作成氏名成松久作成者英名 Hisashi Narimatsu 作成者所属産業技術総合研究所糖鎖医工学研究センター
連絡先	産業技術総合研究所　糖鎖医工学研究センター〒305-8568 茨城県つくば市梅園1-1-1 中央第2事業所　OSL 029-861-3124
データベース分類	構造データベース―炭水化物(Carbohydrates)
生物種	Taxonomy Name Homo sapiens Taxonomy ID 9606 Taxonomy Name Mus musculus Taxonomy ID 10090 Taxonomy Name Caenorhabditis elegans Taxonomy ID 6239
データベースの説明	質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質のデータベース。由来の生物種、試料組織、同定されたタンパク質のアミノ酸配列上の糖鎖付加位置、当該部位を含む糖ペプチドと親和性を示すレクチンの種類、の他、アミノ酸配列上の構造モチーフ(シグナル配列や膜貫通領域の予測データ)、および同定された糖タンパク質の類縁分子についての外部データベースへのリンク、を含む。
データベースの特長・有用性・活用方法	興味あるタンパク質に糖鎖が結合しているか、結合している場合はその位置と、その部位に結合している糖鎖と親和性を示したレクチン名を知ることができる。ただし、結合していないことを確定することはできない。糖鎖付加位置情報は膜タンパク質の配向を推定するために有効であり、また配向の予測プログラムを開発する際の学習セットとして利用できる。またマウスタンパク質については、発現している組織の情報を得られる。
データベースの利用許諾	CC 表示-継承詳細
予算的背景・プロジェクト	名称経済産業省 NEDO糖鎖構造解析プロジェクト
論文等	文献名 Proteomics reveals N-linked glycoprotein diversity in Caenorhabditis elegans and suggests an atypical translocation mechanism for integral membrane proteins. 著者名 Kaji H, Kamiie J, Kawakami H, Kido K, Yamauchi Y, Shinkawa T, Taoka M, Takahashi N, Isobe T. 雑誌名/掲載年月/号 Mol Cell Proteomics. 2007 Dec;6(12):2100-9. Epub 2007 Aug 30. 外部リンク文献名 Large-scale identification of N-glycosylated proteins of mouse tissues and construction of a glycoprotein database, GlycoProtDB. 著者名 Kaji H, Shikanai T, Sasaki-Sawa A, Wen H, Fujita M, Suzuki Y, Sugahara D, Sawaki H, Yamauchi Y, Shinkawa T, Taoka M, Takahashi N, Isobe T, Narimatsu H. 雑誌名/掲載年月/号 J Proteome Res. 2012 Sep 7;11(9):4553-66. doi: 10.1021/pr300346c. Epub 2012 Aug 13. 外部リンク文献名 Large-scale identification of target proteins of a glycosyltransferase isozyme by Lectin-IGOT-LC/MS, an LC/MS-based glycoproteomic approach. 著者名 Sugahara D, Kaji H, Sugihara K, Asano M, Narimatsu H. 雑誌名/掲載年月/号 Sci Rep. 2012;2:680. Epub 2012 Sep 21. 外部リンク文献名 Glycoproteomic discovery of serological biomarker candidates for HCV/HBV infection-associated liver fibrosis and hepatocellular carcinoma. 著者名 Kaji H, Ocho M, Togayachi A, Kuno A, Sogabe M, Ohkura T, Nozaki H, Angata T, Chiba Y, Ozaki H, Hirabayashi J, Tanaka Y, Mizokami M, Ikehara Y, Narimatsu H. 雑誌名/掲載年月/号 J Proteome Res. 2013 Jun 7;12(6):2630-40. doi: 10.1021/pr301217b. Epub 2013 Apr 30. 外部リンク
データベースのオリジナルサイト情報
データベース運用場所	独立行政法人　産業技術総合研究所　糖鎖医工学研究センターグライコプロテオーム解析チーム
オリジナルサイト	https://acgg.asia/gpdb2/
運用開始年月日	2008/8
最終更新年月日	2013/4/30
統括サイト	https://acgg.asia/
データの一括ダウンロードサイト	-
参照先データベース	NCBI
一覧表示	無し
クエリ検索	有り
Webサービス	無し
WebサービスURL	-
ユーザ登録	無し