データのメタデータ検索
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ詳細 |
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| Ortholog | MicrobeDB.jp | 10.18908/lsdba.nbdc01181-010.V002 |
2015年1月版のMBGDに存在する、微生物オーソログの情報をRDF化したデータです。Refsequenceのゲノム配列を基にオーソログクラスタリングをすることで、作成しました。メタゲノム中の遺伝子の機能推定等に用いております。各オーソログクラスタがどの系統由来のどの遺伝子から構成されているか、およびそのクラスタの機能分類等の情報がRDFファイルに記述されています。 |
MBGDのサイトよりダウンロードしました。 |
データ詳細
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| Refsequence | MicrobeDB.jp | 10.18908/lsdba.nbdc01181-005.V002 |
微生物の高精度ドラフトまたは完全ゲノム(RefSeq/GenBank)のアノテーション情報をRDF化したデータです。対応するアミノ酸配列データは、MicrobeDB.jp version 2において、MBGDのオーソログクラスタリングや、メタゲノム中の遺伝子の機能推定等に用いております。
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微生物の、完全ゲノムおよび、MBGDの基準によって高精度と判定されたドラフトゲノムのアノテーション情報について、RefSeq/GenBankのGenBank形式ファイルをNCBIサイトからダウンロードしRDFに変換しました。 |
データ詳細
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| SRA | MicrobeDB.jp | 10.18908/lsdba.nbdc01181-006.V002 |
INSDC DRA/ERA/SRA由来のメタ16S・メタゲノムサンプルに付随した情報をRDF化したデータ。メタデータはオントロジー(MEO/MSV/Taxonomy)を用いてアノテーション付けされています。統一された解析パイプラインでサンプルごとに配列を解析し、系統および遺伝子機能組成を推定したデータも存在します。
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INSDC DRA/ERA/SRAからメタ16S・メタゲノムサンプルのメタデータと配列データを取得しました。 |
サンプルごとのDNA配列データは、クオリティフィルタリング後に配列の多様性をもとにメタ16Sかメタゲノムデータかを自動で判定し、その後VITCOMIC2によって系統組成の推定を行いました。遺伝子機能組成の推定はメタゲノムデータのみについて行い、リードから遺伝子予測後にGHOSTXを用いてRefsequenceデータベースに対して配列相同性検索を行うことで推定しました。 |
データ詳細
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| Mouse B6N BAC end sequence | Mouse B6N BAC Clone Database | 10.18908/lsdba.nbdc00959-001 |
C57BL/6N 系統マウスのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列データ。 |
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データ詳細
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| AntiBody | Mouse Basement Membrane Bodymap | 10.18908/lsdba.nbdc00574-002 |
基底膜タンパク質の染色に利用した抗体の一覧です。 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データ取得方法 | 解析方法 | データ詳細 |