SRA
| データ説明 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ名
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SRA | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc01181-006.V002 |
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バージョン
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データ内容の説明
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INSDC DRA/ERA/SRA由来のメタ16S・メタゲノムサンプルに付随した情報をRDF化したデータ。メタデータはオントロジー(MEO/MSV/Taxonomy)を用いてアノテーション付けされています。統一された解析パイプラインでサンプルごとに配列を解析し、系統および遺伝子機能組成を推定したデータも存在します。 データファイル（tar.gzip圧縮）は複数のディレクトリに分かれています（データ詳細参照）。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
sra.tar.gz
データのURL :
ファイルサイズ :
8.4 GB
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簡易検索URL
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データ取得方法
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INSDC DRA/ERA/SRAからメタ16S・メタゲノムサンプルのメタデータと配列データを取得しました。 |
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解析方法
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サンプルごとのDNA配列データは、クオリティフィルタリング後に配列の多様性をもとにメタ16Sかメタゲノムデータかを自動で判定し、その後VITCOMIC2によって系統組成の推定を行いました。遺伝子機能組成の推定はメタゲノムデータのみについて行い、リードから遺伝子予測後にGHOSTXを用いてRefsequenceデータベースに対して配列相同性検索を行うことで推定しました。 |
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データ件数
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1,926,303,942 トリプル |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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