データのメタデータ検索

全 696 件 (426件から430件)

件を表示

データ名 ⇅	データベース名 ⇅	DOI ⇅	説明 ⇅	データ取得方法 ⇅	解析方法 ⇅	データ詳細
GOLD	MicrobeDB.jp	10.18908/lsdba.nbdc01181-008.V002	JGI GOLDに存在するゲノム解読済み微生物のメタデータについて、MPOを用いて表現型をアノテーションした結果と、各微生物の系統をNCBI Taxonomyでアノテーションした結果のRDFデータです。	JGI GOLDからゲノム解読済み微生物のメタデータを取得しました。		データ詳細 open_in_full
GTPS	MicrobeDB.jp	10.18908/lsdba.nbdc01181-002	公開微生物ゲノム情報を定期的に再アノテーションし全タンパク質コード遺伝子の品質評価を加えたデータベースGene Trek in Prokaryote Space (GTPS)のデータをRDF化したデータです。	公共DB	GTPSのデータを各ゲノムのRepliconごとにSequence Ontology等を用いてRDF化しました。	データ詳細 open_in_full
MBGD	MicrobeDB.jp	10.18908/lsdba.nbdc01181-003	微生物比較ゲノムデータベースMBGDで構築しているオーソロググループやその他の関連情報をRDF化したデータです。	公共DB	MBGDのデータについて、MBGD default Ortholog Clusterのデータをdefault.ttlとして、オーソログクラスタリングで使用した遺伝子のデータをgene.ttlとして、遺伝子を取得したゲノムのデータをgenome.ttlとして、各生物の系統のデータをorganism.ttlとして、MBGDの各遺伝子IDとUniProt IDとの対応関係をuniprot.ttlとして、それぞれTurtleファイルで記述してあります。	データ詳細 open_in_full
NCBI	MicrobeDB.jp	10.18908/lsdba.nbdc01181-009.V002	MicrobeDB.jp version 2で使用するNCBI関連データをRDF化したデータです。データファイル（tar.gzip圧縮）は４つのディレクトリに分かれています（データ詳細参照）。	NCBIで提供されている各種データ(XML,TSV)のファイルをパースし、MicrobeDB.jp version 2で使用するデータを抽出しました。		データ詳細 open_in_full
Ontology	MicrobeDB.jp	10.18908/lsdba.nbdc01181-004.V002	MicrobeDB.jp version 2で使用している様々なオントロジーのファイルです。ただし、Sequence Ontology(SO)やGene Ontology(GO)などの広く流通しているオントロジーは含みません。データファイル（tar.gzip圧縮）は複数のディレクトリに分かれています（データ詳細参照）。	MPOとMCCVは共同研究者であるオントロジー開発者から提供していただきました。NCBI TaxonomyとINSDCオントロジーはDDBJサイトから取得しました。それ以外は本プロジェクトで作成しました。		データ詳細 open_in_full
データ名	データベース名	DOI	説明	データ取得方法	解析方法	データ詳細