データベース全般 | |||||||
 名称 | MicrobeDB.jp | ||||||
| 名称の読み方 | マイクローブディービージェーピー | ||||||
| 別名 | - | ||||||
| DOI | 10.18908/lsdba.nbdc01181-000.V002 | ||||||
| バージョン |
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| 作成者 | |||||||
| 連絡先 | 〒411-8540 | ||||||
| データベース分類 | 微生物統合データベース | ||||||
| 生物種 | |||||||
| データベースの説明 | MicrobeDB.jpは、ゲノム情報を核として遺伝子・系統・環境等の様々な微生物学のデータをセマンティックウェブ技術を用いて統合し、幅広い分野における微生物学の知見の利用を促進することができる統合データベースです。 | ||||||
| データベースの特長・有用性・活用方法 | MicrobeDB.jp version 2(doi: 10.18908/lsdba.nbdc01181-000.V002)では、2013年までのデータを用いているversion 1(doi: 10.18908/lsdba.nbdc01181-000.V001)から、ゲノム・オーソログ・菌株・メタゲノム等の様々なデータを大幅に追加するとともに個々のRDFデータの構造等の改善を行いました。上記データ群は、塩基・アミノ酸配列の類似性を基準に統合化しました。また、我々のグループで開発している、生息環境や感染症などの各種オントロジーも上記データの追加にあわせて語彙の追加や構造の見直しを行い、それらのオントロジーを用いてversion 2のRDFデータをアノテーションすることで、意味の類似性を基にした統合化も行いました。すべてのデータはRDFまたはOWLによって記述されておりますので、Tripleストアにデータをロードすることで、SPARQL言語を用いて検索することができます。 | ||||||
| データベースの利用許諾 | CC 表示-継承 詳細 | ||||||
| 予算的背景・プロジェクト | |||||||
| 論文等 | |||||||
データベースのオリジナルサイト情報 | |||||||
| データベース運用場所 | |||||||
| オリジナルサイト | http://microbedb.jp/ | ||||||
| 運用開始年月日 | 2012年12月12日 (version 1) | ||||||
| 最終更新年月日 | 2017/02/01 | ||||||
| 統括サイト | http://microbedb.jp/ | ||||||
| データの一括ダウンロードサイト | - | ||||||
| 参照先データベース | NCBI RefSeq, INSDC GenBank, INSDC SRA, NBRC, JCM, NCBI BioProject, NCBI BioSample, NCBI Taxonomy, JGI GOLD, UniProt, PubMed | ||||||
| 一覧表示 | 無し | ||||||
| クエリ検索 | 有り | ||||||
| Webサービス | 無し | ||||||
| WebサービスURL | - | ||||||
| ユーザ登録 | 無し | ||||||
