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このデータベースについて

Ontology

データ説明
データ名
Ontology
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01181-004.V002
バージョン
V2 10.18908/lsdba.nbdc01181-004.V002 更新履歴
V1 10.18908/lsdba.nbdc01181-004.V001 -
データ内容の説明
MicrobeDB.jp version 2で使用している様々なオントロジーのファイルです。 ただし、Sequence Ontology(SO)やGene Ontology(GO)などの広く流通しているオントロジーは含みません。 データファイル(tar.gzip圧縮)は複数のディレクトリに分かれています(データ詳細参照)。
データファイル
データファイル名 :
ontology.tar.gz
データのURL :
ファイルサイズ :
91 MB
簡易検索URL
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データ取得方法

MPOとMCCVは共同研究者であるオントロジー開発者から提供していただきました。NCBI TaxonomyとINSDCオントロジーはDDBJサイトから取得しました。それ以外は本プロジェクトで作成しました。

解析方法

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データ件数

21,722,610 トリプル

データ詳細
項目名 項目の説明
ontology/meo/meo.ttl

微生物の生息環境を定義したオントロジー MEO

ontology/meo/meo_fma_mapping.ttl

MEOのIDとFMA(Foundational Model of Anatomy)とのIDマッピングのデータのRDFファイルです。

ontology/msv/msv.ttl

メタゲノムのサンプルリング環境について記述する際に使用する語彙を定義したオントロジー MSV

ontology/mdbv/mdbv.rdf

MicrobeDB.jp version 2で使用する語彙を定義したオントロジー MDBV

ontology/mgfo/mgfo.ttl

MBGDによる微生物の遺伝子の機能分類を定義したオントロジー MGFO

ontology/pdo/pdo.owl

微生物が関連する病気を定義したオントロジー PDO

ontology/csso/csso.owl

PDOで定義した病気が引き起こす症状を定義したオントロジー CSSO

ontology/mpo/mpo.ttl

微生物の表現型を定義したオントロジー MPO

ontology/mccv/mccv.ttl

菌株保存機関の菌株情報について記述するための語彙を定義したオントロジー MCCV

ontology/taxonomy/taxonomy.ttl

生物の系統関係を記述するためのオントロジー NCBI Taxonomyについて、DDBJで独自にRDF化したファイルです。

ontology/insdc/nucleotide.ttl

INSDCで使用する用語を定義したオントロジーです。