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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
クラスター一覧 Medaka Full-length cDNA Database 10.18908/lsdba.nbdc00147-002

クラスター情報の一覧。全データをマージして作成したクラスター (Merge cluster)と由来組織及び発生段階ライブラリごとに作成したクラスター (Tissue cluster)の2種類のクラスタが存在する。ここではMerge clusterごとにTissue cluster(ライブラリ)別のクローン数の内訳とクローン情報一覧へのリンクを示している。Tissue clusterのクローン数は由来組織ごとの擬似的な発現量として把握することに利用可能である。
さらにMerge clusterごとに代表クローンを1つ選定しBlast検索の結果を示している。代表クローンの一部は完全長配列を決定している (完全長配列を決定した代表クローン一覧を参照)。

なし

全データをマージし、FASTAによってクラスタリング。

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クローン一覧 Medaka Full-length cDNA Database 10.18908/lsdba.nbdc00147-001

メダカcDNAクローンの3'及び5'末端配列の情報と各組織/発生段階別ライブラリごとに作成したクラスター (Tissue cluster)及び全ライブラリを対象としたクラスター (Merge cluster)の情報。

ABI3730XLを用いたサンガーシーケンス法により配列を取得 (Phrap法によるQuality check Phredスコア >30)し、FASTAによるクラスタリングを行っている。

NCBI proteinのnon-redundant protein sequencesに対するblastx(version 2.2.15)でトップヒットを採用。

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完全長配列を決定した代表クローン一覧 Medaka Full-length cDNA Database 10.18908/lsdba.nbdc00147-003

各マージクラスタの代表クローンの重複のない完全長cDNA配列情報とホモロジー検索結果。クラスター一覧も参照のこと。

各クラスターの代表クローンを選別後、クローンを混合しshotgunライブラリーを作成する。ショットガンシークエンスを行い、代表クローンの 5'及び3'配列をseedとしてアセンブル (Phred/Phrap)をおこなう。この方法により各代表クローンの全長配列を取得する。アセンブリーにより全長配列が得られない場合にはプライマー 歩行を行い全長配列を完成させる。

NCBI proteinのnon-redundant protein sequencesに対するblastx(version 2.2.15)でトップヒットを採用。

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Analytical Method (M) Metabolonote 10.18908/lsdba.nbdc01324-003

サンプルを機器分析した方法に関する情報

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Analytical Method Details (MS) Metabolonote 10.18908/lsdba.nbdc01324-005

複数の分析実験に共通に適用した分析手法の詳細情報。
どのような装置をどのような設定で用いたか、などを含む。
M(Analytical Method)で参照されます。

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細