このデータベースについて
完全長配列を決定した代表クローン一覧
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データ名
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完全長配列を決定した代表クローン一覧 | ||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00147-003 |
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データ内容の説明
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各マージクラスタの代表クローンの重複のない完全長cDNA配列情報とホモロジー検索結果。<a href="jp/medaka-full-length-cdna-db/data-2.html" target="_blank">クラスター一覧</a>も参照のこと。 | ||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
medaka_full_length_cdna_nr.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
8.7MB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/medaka_full_length_cdna_non_redundant | ||||||||||||
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データ取得方法
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各クラスターの代表クローンを選別後、クローンを混合しshotgunライブラリーを作成する。ショットガンシークエンスを行い、代表クローンの 5'及び3'配列をseedとしてアセンブル (Phred/Phrap)をおこなう。この方法により各代表クローンの全長配列を取得する。アセンブリーにより全長配列が得られない場合にはプライマー 歩行を行い全長配列を完成させる。 |
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解析方法
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NCBI proteinのnon-redundant protein sequencesに対するblastx（version 2.2.15）でトップヒットを採用。 |
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データ件数
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15,381件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||
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