データ説明 | |
 データ名 | 完全長配列を決定した代表クローン一覧 |
| DOI | 10.18908/lsdba.nbdc00147-003 |
| データ内容の説明 | 各マージクラスタの代表クローンの重複のない完全長cDNA配列情報とホモロジー検索結果。クラスター一覧も参照のこと。 |
| データファイル | |
| 簡易検索URL | http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/medaka_full_length_cdna_non_redundant |
| データ取得方法 | 各クラスターの代表クローンを選別後、クローンを混合しshotgunライブラリーを作成する。ショットガンシークエンスを行い、代表クローンの 5'及び3'配列をseedとしてアセンブル (Phred/Phrap)をおこなう。この方法により各代表クローンの全長配列を取得する。アセンブリーにより全長配列が得られない場合にはプライマー 歩行を行い全長配列を完成させる。 |
| 解析方法 | NCBI proteinのnon-redundant protein sequencesに対するblastx（version 2.2.15）でトップヒットを採用。 |
| データ件数 | 15,381件 |
データ詳細 | |
