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生命科学系データベースアーカイブ

Medaka Full-length cDNA Database

クローン一覧

データ説明

info データ名 クローン一覧
info DOI 
info データ内容の説明 

メダカcDNAクローンの3'及び5'末端配列の情報と各組織/発生段階別ライブラリごとに作成したクラスター (Tissue cluster)及び全ライブラリを対象としたクラスター (Merge cluster)の情報。

info データファイル 
データファイル名:
medaka_full_length_cdna_clone.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/medaka-full-length-cdna-db/LATEST/medaka_full_length_cdna_clone.zip
ファイルサイズ:
99MB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

ABI3730XLを用いたサンガーシーケンス法により配列を取得 (Phrap法によるQuality check Phredスコア >30)し、FASTAによるクラスタリングを行っている。

info 解析方法 

NCBI proteinのnon-redundant protein sequencesに対するblastx（version 2.2.15）でトップヒットを採用。

info データ件数 

257,122件

データ詳細

項目名項目の説明
Clone name クローン名
Library ライブラリー名
5' end seq. ID 5'末端の配列ID
Acc. of 5' end 5'末端の配列のアクセション番号
Tissue cluster of 5' end 5'末端の配列の組織別クラスターID
Merge cluster of 5' end 5'末端の配列のマージクラスターID
Homology of 5' end 5'末端のホモロジー検索結果
Score of 5' end 上記ホモロジー検索のスコア
E-value of 5' end 上記ホモロジー検索のE-value
3' end seq. ID 3'末端の配列ID
Acc. of 3' end 3'末端の配列のアクセション番号
Tssue cluster of 3' end 3'末端の配列の組織別クラスターID
Merge cluster of 3' end 3'末端の配列のマージクラスターID
Homology of 3' end 3'末端のホモロジー検索結果
Score of 3' end 上記ホモロジー検索のスコア
E-value of 3' end 上記ホモロジー検索のE-value
Full length seq. ID 完全長配列のID (へのリンク）