データのメタデータ検索

全 696 件 (11件から15件)

件を表示

データ名 ⇅	データベース名 ⇅	DOI ⇅	説明 ⇅	データ取得方法 ⇅	解析方法 ⇅	データ詳細
エキソン	ASTRA	10.18908/lsdba.nbdc00371-003	バリアントに含まれるエキソン	イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所　分子遺伝部　遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。	完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。	データ詳細 open_in_full
スプライシングパターン	ASTRA	10.18908/lsdba.nbdc00371-004	選択的スプライシング/選択的転写開始のパターン	イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所　分子遺伝部　遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。	完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。	データ詳細 open_in_full
遺伝子座	ASTRA	10.18908/lsdba.nbdc00371-001	遺伝子座と、その中に現れるスプライシングパターン	イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所　分子遺伝部　遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。	ゲノムへのマップ位置とcDNAのアノテーションを元に遺伝子名を特定	データ詳細 open_in_full
Graphical abstract	AT Atlas	10.18908/lsdba.nbdc01162-004	「ターゲットタンパク研究技術開発研究課題」における成果を、Cell Illustratorを使って表現した図です。図はXML形式の１つであるCSMLフォーマットで抽出しています。技術開発研究題目１つに対して1つのCSML形式ファイルがあります (１つの研究課題につき、技術開発研究題目は１つから複数あり、複数の場合はIDで区別されています)。	-	-	データ詳細 open_in_full
Image File	AT Atlas	10.18908/lsdba.nbdc01162-005	「ターゲットタンパク研究技術開発研究課題」における成果をCell Illustratorを使って表現した図について、画像にしたものです。技術開発研究題目１つに対して1つのPNG形式ファイルがあります (１つの研究課題につき、技術開発研究題目は１つから複数あり、複数の場合はIDで区別されています)。	-	-	データ詳細 open_in_full
データ名	データベース名	DOI	説明	データ取得方法	解析方法	データ詳細