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データ名 ⇅	データベース名 ⇅	DOI ⇅	説明 ⇅	データ取得方法 ⇅	解析方法 ⇅	データ詳細
SNP 一覧 (Phase II)	D-HaploDB	10.18908/lsdba.nbdc00036-001	D2（Phase II）のSNP一覧。 D1（Phase I、Perlegen社アレイによる281K SNPデータ）に、Affymetrix 500Kアレイを用いて決定したデータをマージし、品質管理（QC）を行ったもの（74サンプル分）。連鎖不平衡領域（LD bin）を算出してある。 Phase IIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、SNP単位の情報を表形式にまとめたもの。	Perlegen 281K arrays、Affymetrix 500K arrays	Perlegen 281K arraysによる解析については Kukita et al. (2005) に記載のとおりである。Affymetrix 500K arraysによる解析についてはHigasa et al. (2009) に記載されているが論文ではアノテーションにゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用しているのに対し、D2では Build35 を使用しており、同じ参照配列を使用したPerlegen 281K arrays の結果と統合している。なお、タイピングの結果、1%以下の割合でヘテロと判定された箇所があるが、これらはエラー判定の可能性が高い（全胞状奇胎ではヘテロは基本的にないはずであり、実際にこれらのコールの再現性も悪い）のですべてノーコールに変換している。LD binの解析方法についてはLD bin一覧の解析方法の項目を参照のこと。	データ詳細 open_in_full
SNP 一覧 (Phase III)	D-HaploDB	10.18908/lsdba.nbdc00036-002	D3（Phase III）のSNP一覧（1M SNP、87サンプル分）。基本的にはKukita et al. (2010)記載の通りに作成されているが、論文のQCはより厳しくさらに２サンプル（CHM010とCHM035)が排除されている。連鎖不平衡領域（LD bin）を算出してある。 Phase IIIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、SNP単位の情報を表形式にまとめたもの。	Affymetrix SNP 6.0	全胞状奇胎(CHM)100検体をAffymetrix SNP 6.0 arrays でジェノタイピングした。アノテーションにはゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用した。Kukita et al.(2010)に記載の方法に従って、蛍光シグナル比(log2R)が低値であったSNP、CNV解析により欠失領域にあると判定されたSNP、およびヘテロと判定されたSNPをノーコールに変換した。このあとサンプルコール率およびSNPコール率によるQCを行い最終的に87CHMについての876KSNPのタイピング結果を取得した。LD binの解析方法についてはLD bin一覧の解析方法の項目を参照のこと。	データ詳細 open_in_full
BLOCKS - PDB ATOMマッチングデータ	DB-SPIRE	10.18908/lsdba.nbdc00411-008	本データベースでBLOCKSエントリに対応したATOM配列とマッチしたPDBエントリとチェインのデータ	BLOCKS, PDB	ワード検索、モチーフ検索	データ詳細 open_in_full
BLOCKS - PDB SEQRESマッチングデータ	DB-SPIRE	10.18908/lsdba.nbdc00411-007	本データベースでBLOCKSエントリに対応したSEQRES配列とマッチしたPDBエントリとチェインのデータ	BLOCKS, PDB	ワード検索、モチーフ検索	データ詳細 open_in_full
BLOCKS - PDBマッチングデータ	DB-SPIRE	10.18908/lsdba.nbdc00411-006	本データベースでBLOCKSエントリとマッチしたPDBエントリとチェインのデータ	BLOCKS, PDB	ワード検索、モチーフ検索	データ詳細 open_in_full
データ名	データベース名	DOI	説明	データ取得方法	解析方法	データ詳細