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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
タンパク質結合による構造変化の補助データ ConfC 10.18908/lsdba.nbdc00400-002

二面角φ、ψのZ scoreをもとに、構造変化の大きい部位のデータを登録する。

タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank), 機能部位

重ね合わせたタンパク質立体構造の二面角の変化を計算し、構造変化の大きい部位を求めるために二面角変化のZ scoreを計算し、閾値よりZ scoreの大きい領域を決める。

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構造的ゆらぎデータ ConfC 10.18908/lsdba.nbdc00400-004

タンパク質立体構造データベースPDBの温度因子の値を用いて、構造的ゆらぎ(構造がゆらいでいる)領域を登録する。

タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank)

構造的ゆらぎの大きい部位を求めるために、温度因子の値のZ soreを計算し、Z scoreの大きい領域を決める。

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構造解析結果 ConfC 10.18908/lsdba.nbdc00400-005

PDBファイルの構造解析を行った結果(生データ)
各解析結果は、「タンパク質結合による構造変化のデータ」テーブルからリンクされている

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進化的構造変化データ ConfC 10.18908/lsdba.nbdc00400-003

タンパク質配列の置換や挿入・欠損などによる構造変化の情報を登録する

タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank)

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InCeP CREATE portal 10.18908/lsdba.nbdc00403-002

mKIAAの細胞内情報伝達経路

免疫沈降:成体マウスの組織もしくは培養細胞株の抽出液を用いて抗mKIAA抗体を用いた免疫沈降を行いました。
質量分析:共沈したタンパク質をSDS-PAGEにより分離し、切り出したタンパク質バンドを質量分析により解析しました。

質量分析:LC-MSによる質量分析の結果をMascot解析し、共沈したタンパク質を予想しました。
KeyMolnet解析:KeyMolnetのソフトを用いて、質量分析の結果同定されたタンパク質情報と既存のタンパク質相互作用の情報を合わせてmKIAAの細胞内情報伝達経路のイメージ図を作成しました。

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細