| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
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| Cluster (緑色植物) | PGDBj - オルソログデータベース | 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-002.V002 |
NCBI Reference Sequenceデータベースから取得した緑色植物のアミノ酸配列を配列間のBLASTによる網羅的なホモロジー情報に基づいて各系統群ごとにクラスタリ ングしたデータ。各系統群では1つのアミノ酸配列は必ず1つのクラスターに所属する。 |
pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_cluster.zip
(16.6 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_cluster |
Protein (緑色植物)のデータを使用。 |
NCBI Taxonomyデータベースから取得した生物種間の系統関係を遡る方向に下位系統群でのクラスター（subcluster）を併合して上位系統群でのク ラスター（supercluster）を再帰的に生成している。 |
2,310,444 件 |
データ詳細
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| Protein (ラン藻) | PGDBj - オルソログデータベース | 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-004.V002 |
NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したラン藻のアミノ酸配列をNCBI GI番号およびReference Sequence IDと注釈情報を付記して整理したデータ。各系統群でアミノ酸配列が所属するオルソログデータベースのクラスターIDを併記。 |
pgdbj_ortholog_db_cyanobacteria_protein.zip
(106 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pgdbj_ortholog_db_cyanobacteria_protein |
NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したアミノ酸配列。 |
NCBI Reference Sequenceデータベースで500以上のアミノ酸配列を含む生物種を対象。 |
797,587 件 |
データ詳細
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| Protein (緑色植物) | PGDBj - オルソログデータベース | 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-001.V002 |
NCBI Reference Sequenceデータベースから取得した緑色植物のアミノ酸配列をNCBI GI番号およびReference Sequence IDと注釈情報を付記して整理したデータ。各系統群でアミノ酸配列が所属するオルソログデータベースのクラスターIDを併記。 |
pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_protein.zip
(200 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_protein |
NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したアミノ酸配列。 |
NCBI Reference Sequenceデータベースで500以上のアミノ酸配列を含む生物種を対象。 |
1,137,698 件 |
データ詳細
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| Taxon (ラン藻) | PGDBj - オルソログデータベース | 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-006.V002 |
ラン藻のオルソログクラスターの系統群に沿った再帰的な関係を示したデータ。 |
pgdbj_ortholog_db_cyanobacteria_taxon.zip
(7.4 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pgdbj_ortholog_db_cyanobacteria_taxon |
生物種間の系統関係はNCBI Taxonomyデータベースから取得。 |
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318 件 |
データ詳細
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| Taxon (緑色植物) | PGDBj - オルソログデータベース | 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-003 |
緑色植物のオルソログクラスターの系統群に沿った再帰的な関係を示したデータ。 |
pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_taxon.zip
(4.0 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_taxon |
生物種間の系統関係はNCBI Taxonomyデータベースから取得。 |
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175 件 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |
データのメタデータ一覧