Cluster (緑色植物)

データ名

Cluster (緑色植物)

DOI

バージョン

V2	10.18908/lsdba.nbdc01194-02-002.V002	更新履歴
V1	10.18908/lsdba.nbdc01194-02-002.V001	-

データ内容の説明

NCBI Reference Sequenceデータベースから取得した緑色植物のアミノ酸配列を配列間のBLASTによる網羅的なホモロジー情報に基づいて各系統群ごとにクラスタリングしたデータ。各系統群では1つのアミノ酸配列は必ず1つのクラスターに所属する。

データファイル

データファイル名:

pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_cluster.zip

データのURL:

ファイルサイズ:

16.6 MB

簡易検索URL

データ取得方法

Protein (緑色植物)のデータを使用。

解析方法

NCBI Taxonomyデータベースから取得した生物種間の系統関係を遡る方向に下位系統群でのクラスター（subcluster）を併合して上位系統群でのクラスター（supercluster）を再帰的に生成している。

データ件数

2,310,444 件

項目名	項目の説明
Cluster ID	オルソログクラスターに付けられるID 　各系統群でのオルソログクラスタは0からの通し番号（「クラスターID」）を付けて管理されている。異なった系統群での「クラスターID」を区別するためにTaxonomy IDを":"（コロン）で繋げて管理する。例えば、Taxonomy IDが"33090"の系統群の0番目の「クラスターID」は"33090:0"となる。「クラスターID」は「オルソログDB」が独自に付けているものである。
Cluster size	クラスターに所属するアミノ酸配列数
Supercluster	１つ上位の系統群でのクラスターID
Subcluster	１つ下位の系統群でのクラスターID

このデータベースについて