データベース全般 | |||||||
 名称 | PGDBj - オルソログデータベース | ||||||
| 名称の読み方 | ピージーディービージェイ - オルソログデータベース | ||||||
| 別名 | Plant Genome Database Japan - Ortholog Database | ||||||
| DOI | 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-000.V002 | ||||||
| バージョン |
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| 作成者 | |||||||
| 連絡先 | 〒565-0871 大阪府吹田市山田丘2-2 | ||||||
| データベース分類 | タンパク質配列データベース-タンパク質ドメインデータベース、タンパク質分類 | ||||||
| 生物種 | |||||||
| データベースの説明 | 「オルソログ」とは、共通の祖先遺伝子から種分岐に伴って派生した遺伝子間の対応関係、もしくは、そのような対応関係にある遺伝子群を指し、生物種間のシンテニーに基づいたゲノム進化や遺伝子機能を推定する上で重要な手掛かりとなります。PGDBjオルソログDBは、異なる生物種間におけるアミノ酸配列の類似性に基づいた遺伝子のオルソログ情報を蓄積したデータベースです。現在、緑色植物40種とラン藻213種のオルソログ情報が含まれています。 | ||||||
| データベースの特長・有用性・活用方法 | PGDBjオルソログDBは、生物種間の進化系統を反映させた階層的なデータベースであり、生物種間の「ハブ」として国内外の様々な植物ゲノムデータベースが連結されています。これにより、利用者が本DBに対して入力したキーワードやアミノ酸配列に基づいて、生物種や系統群を超えたデータの検索が可能であり、モデル植物から作物を含む多様な生物種における遺伝子の機能や特性に関する情報を一度に取得することができます。 | ||||||
| データベースの利用許諾 | CC 表示-継承 詳細 | ||||||
| 予算的背景・プロジェクト | |||||||
| 論文等 | |||||||
データベースのオリジナルサイト情報 | |||||||
| データベース運用場所 | かずさDNA研究所 | ||||||
| オリジナルサイト | http://pgdbj.jp/pages/index.html?dir=&page=od&ln=ja | ||||||
| 運用開始年月日 | 2012年8月 | ||||||
| 最終更新年月日 | 2016年12月 | ||||||
| 統括サイト | http://pgdbj.jp/ | ||||||
| データの一括ダウンロードサイト | http://pgdbj.jp/od2/download_33090.html | ||||||
| 参照先データベース |
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| 一覧表示 | 有り | ||||||
| クエリ検索 | 有り | ||||||
| Webサービス | 無し | ||||||
| WebサービスURL | - | ||||||
| ユーザ登録 | 無し | ||||||
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