| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GOLD | MicrobeDB.jp | 10.18908/lsdba.nbdc01181-008.V002 |
JGI GOLDに存在するゲノム解読済み微生物のメタデータについて、MPOを用いて表現型をアノテーションした結果と、各微生物の系統をNCBI Taxonomyでアノテーションした結果のRDFデータです。 |
gold.tar.gz
(882 KB) |
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JGI GOLDからゲノム解読済み微生物のメタデータを取得しました。 |
138,948 トリプル |
データ詳細
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| GTPS | MicrobeDB.jp | 10.18908/lsdba.nbdc01181-002 |
公開微生物ゲノム情報を定期的に再アノテーションし全タンパク質コード遺伝子の品質評価を加えたデータベースGene Trek in Prokaryote Space (GTPS)のデータをRDF化したデータです。 |
gtps.tar.gz
(1.6 GB) |
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公共DB |
GTPSのデータを各ゲノムのRepliconごとにSequence Ontology等を用いてRDF化しました。 |
197,069,932 トリプル |
データ詳細
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| MBGD | MicrobeDB.jp | 10.18908/lsdba.nbdc01181-003 |
微生物比較ゲノムデータベースMBGDで構築しているオーソロググループやその他の関連情報をRDF化したデータです。 |
mbgd.tar.gz
(671 MB) |
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公共DB |
MBGDのデータについて、MBGD default Ortholog Clusterのデータをdefault.ttlとして、オーソログクラスタリングで使用した遺伝子のデータをgene.ttlとして、遺伝子を取得したゲノムのデータをgenome.ttlとして、各生物の系統のデータをorganism.ttlとして、MBGDの各遺伝子IDとUniProt IDとの対応関係をuniprot.ttlとして、それぞれTurtleファイルで記述してあります。 |
291,714,037 トリプル |
データ詳細
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| NCBI | MicrobeDB.jp | 10.18908/lsdba.nbdc01181-009.V002 |
MicrobeDB.jp version 2で使用するNCBI関連データをRDF化したデータです。
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ncbi.tar.gz
(79 MB) |
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NCBIで提供されている各種データ(XML,TSV)のファイルをパースし、MicrobeDB.jp version 2で使用するデータを抽出しました。 |
14,905,682 トリプル |
データ詳細
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| Ontology | MicrobeDB.jp | 10.18908/lsdba.nbdc01181-004.V002 |
MicrobeDB.jp version 2で使用している様々なオントロジーのファイルです。
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ontology.tar.gz
(91 MB) |
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MPOとMCCVは共同研究者であるオントロジー開発者から提供していただきました。NCBI TaxonomyとINSDCオントロジーはDDBJサイトから取得しました。それ以外は本プロジェクトで作成しました。 |
21,722,610 トリプル |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |
データのメタデータ一覧