データのメタデータ一覧
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SNPs Typing: SNP Information | GDBS | 10.18908/lsdba.nbdc00070-009 |
個別タイピングによる実験により絞り込まれた領域に存在するSNPのデータ。 |
hgold_snp_info.zip
(76.7 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/hgold_snp_info |
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3,807件 |
データ詳細
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| SNPs Typing: Statistics | GDBS | 10.18908/lsdba.nbdc00070-011 |
個別タイピングによる実験により絞り込まれた領域に存在するSNPについて、タイピングを実施し、統計処理を行ったデータ。 |
hgold_snp_stat.zip
(33.4 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/hgold_snp_stat |
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4,468件 |
データ詳細
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| HTMLソース | GENIUS II | 10.18908/lsdba.nbdc00471-001 |
オリジナルサイト（運用終了）のHTMLソースです。CGIへのリンクは動作しません。 |
HTML_Source.tar.gz
(41MB) |
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データ詳細
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| ORFアライメント | GENIUS II | 10.18908/lsdba.nbdc00471-005 |
ORF配列と中間配列との間のBLAST検索結果（アライメント）へのリンク情報です。 |
genius_orf_alignment.zip
(170 MB) |
https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/genius_orf_alignment#ja |
RefSeq, nr-aa |
ORF配列と中間配列との間でBLAST検索を行った。 |
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データ詳細
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| ORFリスト | GENIUS II | 10.18908/lsdba.nbdc00471-002 |
234生物種ゲノムのORF一覧です。ここからORF配列情報、アライメント情報へリンクすることができます。 |
genius_orf_list.zip
(15 MB) |
https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/genius_orf_list#ja |
PDB, RefSeq, nr-aa, PROSITE, CATH |
まず、PDBとnr-aa間でPSI-BLAST検索を行い、CATHの構造分類情報から得られた閾値を満たしたnr-aaのヒット領域を中間配列として集積した。次に、集積されたこれらの配列を対象として、各ゲノムのORF配列によるBLAST検索を行い、中間配列を媒介したPDB-ゲノムへの立体構造帰属を行った。 |
817789 件 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |