データ説明 | |
 データ名 | ORFリスト |
| DOI | 10.18908/lsdba.nbdc00471-002 |
| データ内容の説明 | 234生物種ゲノムのORF一覧です。ここからORF配列情報、アライメント情報へリンクすることができます。 |
| データファイル | |
| 簡易検索URL | https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/genius_orf_list#ja |
| データ取得方法 | PDB, RefSeq, nr-aa, PROSITE, CATH |
| 解析方法 | まず、PDBとnr-aa間でPSI-BLAST検索を行い、CATHの構造分類情報から得られた閾値を満たしたnr-aaのヒット領域を中間配列として集積した。次に、集積されたこれらの配列を対象として、各ゲノムのORF配列によるBLAST検索を行い、中間配列を媒介したPDB-ゲノムへの立体構造帰属を行った。 |
| データ件数 | 817789 件 |
データ詳細 | |
