| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
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| 参照トランスクリプトームメタデータ | カイコ参照トランスクリプトームデータ | 10.18908/lsdba.nbdc02443-001 |
参照トランスクリプトームデータのメタデータをGTF2フォーマットにて記述してある。
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kaiko_transcript_data.zip
(3.9 MB) |
https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kaiko_transcript_data |
カイコP50T(大造)系統の5齢3日目の幼虫から、脂肪体、中腸、マルピーギ管、精巣、 卵巣、前部絹糸腺、後部絹糸腺、中部絹糸腺を取り出し、さらに中部絹糸腺をさらに前、中部、後部に分けてサンプリングした。サンプリングした組織をSOGEN (NIPPON GENE, Tokyo, Japan) と SV Total RNA Isolation System (Promega, Madison, WI) を用いてtotal RNAを抽出した。Total RNAをIllimina Novaseq 6000でシーケンスした。 |
シーケンスした各fastqをTrimmomatic-version 0.36 で処理したのち、新規参照ゲノム配列にHisat2 version 2.1.0でマッピングしたのちstringtie version 1.3.3でassembleし各組織におけるtransciptデータを取得した。各サンプルのtransciptデータをmergeし、これを"reference transcirptome data"としgtf ファイルを得た。 |
421,949 件 |
データ詳細
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| 組織別発現データ | カイコ参照トランスクリプトームデータ | 10.18908/lsdba.nbdc02443-002 |
各転写産物毎の組織別発現量をtpm値で記述したデータ。 |
kaiko_transcript_tpm_data.zip
(5.8 MB) |
https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kaiko_transcript_tpm_data |
「参照トランスクリプトームメタデータ」で説明した方法で作成した参照トランスクリプトームメタデータおよび各組織別RNAseqデータ
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上記データと利用し、Kallisto ver0.44.0にてTPM値を算出した。 |
51,926 件 |
データ詳細
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| How-to | ゲノム解析ツールリンク集 | 10.18908/lsdba.nbdc01092-003 |
収録されているゲノム解析ツールを効果的に使用する方法を紹介している。解析の目的、全体的な操作の流れ、コマンドラインツールやWEBサービスを対象とした具体的な操作手順を示している。 |
stga_howto.zip
(7.3 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/stga_howto | 5 件 |
データ詳細
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| カテゴリ | ゲノム解析ツールリンク集 | 10.18908/lsdba.nbdc01092-001 |
ゲノム解析ツールを解析の目的やその手法などによって3階層のカテゴリに分類したもの。
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stga_category.zip
(1.5 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/stga_category | 70 ノード (Rootノードを含む) |
データ詳細
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| キーワード | ゲノム解析ツールリンク集 | 10.18908/lsdba.nbdc01092-005 |
各ゲノム解析ツールに割り当てられたキーワードの一覧。キーワードの簡易な説明も提供している。 |
stga_keyword.zip
(12.9 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/stga_keyword | 226 件 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |
データのメタデータ一覧