データベース全般 |
名称 | カイコ参照トランスクリプトームデータ |
名称の読み方 | かいこさんしょうとらんすくりぷとーむでーた |
別名 | - |
DOI | 10.18908/lsdba.nbdc02443-000 |
バージョン | |
作成者 |
|
連絡先 | 横井 翔 |
データベース分類 | マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース |
データベース分類 | アノテーション |
生物種 |
|
データベースの説明 | 本データ集はカイコの新規参照ゲノム配列(Kawamoto et al., 2019, Insect biochemistry and molecular biology )とカイコP50T系統における複数の器官由来のRNAseqデータから確立した参照トランスクリプトームデータとその関連データである。 「参照トランスクリプトームメタデータ」は新規参照ゲノム配列上での各転写産物の位置情報を示している。 「組織別発現データ」では先述のカイコから取り出した各器官毎の各転写産物のtpm値を示している。 「トランスクリプトームアノテーション情報」は各転写産物をヒトとショウジョウバエのタンパク質のデータセットに対してBLAST検索し、アノテーションを付与したデータを含んでいる。 参照トランスクリプトームデータの予測アミノ酸」は参照トランスクリプトームデータから予測されたアミノ酸配列のマルチfasta fileである。 |
データベースの特長・有用性・活用方法 | - |
データベースの利用許諾 | - |
予算的背景・プロジェクト | 予算:内閣府 戦略的イノベーション創造プログラム(SIP):スマートバイオ産業・農業基盤技術 「昆虫(カイコ等)による有用タンパク質・新高機能素材の製造技術の開発・実用化」、農林水産省委託プロジェクト研究「蚕業革命による新産業創出プロジェクト」 |
論文等 |
|
データベースのオリジナルサイト情報 |
データベース運用場所 | - |
オリジナルサイト | - |
運用開始年月日 | - |
最終更新年月日 | - |
統括サイト | - |
データの一括ダウンロードサイト | - |
参照先データベース | - |
一覧表示 | - |
クエリ検索 | - |
Webサービス | - |
WebサービスURL | - |
ユーザ登録 | - |