データ説明 | ||||
 データ名 | 参照トランスクリプトームメタデータ | |||
| DOI | 10.18908/lsdba.nbdc02443-001 | |||
| バージョン |
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| データ内容の説明 | 参照トランスクリプトームデータのメタデータをGTF2フォーマットにて記述してある。 | |||
| データファイル | ||||
| 簡易検索URL | https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kaiko_transcript_data | |||
| データ取得方法 | カイコP50T（大造）系統の5齢3日目の幼虫から、脂肪体、中腸、マルピーギ管、精巣、 卵巣、前部絹糸腺、後部絹糸腺、中部絹糸腺を取り出し、さらに中部絹糸腺をさらに前、中部、後部に分けてサンプリングした。サンプリングした組織をSOGEN (NIPPON GENE, Tokyo, Japan) と SV Total RNA Isolation System (Promega, Madison, WI) を用いてtotal RNAを抽出した。Total RNAをIllimina Novaseq 6000でシーケンスした。 | |||
| 解析方法 | シーケンスした各fastqをTrimmomatic-version 0.36 で処理したのち、新規参照ゲノム配列にHisat2 version 2.1.0でマッピングしたのちstringtie version 1.3.3でassembleし各組織におけるtransciptデータを取得した。各サンプルのtransciptデータをmergeし、これを"reference transcirptome data"としgtf ファイルを得た。 | |||
| データ件数 | 421,949 件 | |||
データ詳細 | ||||
