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データのメタデータ一覧

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データ名 ⇅	データベース名 ⇅	DOI ⇅	説明 ⇅	データファイル ⇅	簡易検索URL ⇅	データ取得方法 ⇅	解析方法 ⇅	データ件数 ⇅	データ詳細
Yeast Interacting Proteins DatabaseのFullデータ(オリジナル版）	Yeast Interacting Proteins Database	10.18908/lsdba.nbdc00742-004	Yeast Interacting Proteins Databaseにおける全データ。遺伝子情報（gene name, description)は論文(*1)発表時のデータ。データ件数は4,549件。 CSV形式のテキストファイル。	full_original.zip (180KB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/yipd_full	酵母２ハイブリッド法（Fields, S. & Song, O. K. (1989) Nature (London) 340, 245-246.）	実験によって取得された相互作用の信頼度の指標として、酵母蛋白質とその相互作用についての文献情報等を、 YPD（Yeast Proteome Database, Costanzo, M. C., Hogan, J. D., Cusick, M. E., Davis, B. P., Fancher, A. M., Hodges, P. E., Kondu, P., Lengieza, C., Lew-Smith, J. E., Lingner, C., et al. (2000) Nucleic Acids Res. 28, 73-76.）等から収集し記載している。	4,549件	データ詳細 open_in_full
画像	おもしろい糸状菌	10.18908/lsdba.nbdc00845-002	糸状菌の写真 (GIF形式)。	marine_fungi_picture.zip (4.42MB)	-			18 件	データ詳細 open_in_full
説明	おもしろい糸状菌	10.18908/lsdba.nbdc00845-001	海洋性の糸状菌17種について、顕微鏡写真データ名(簡易検索サイトでは画像）、学名、説明のリスト。	marine_fungi.zip (1.64KB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/marine_fungi			17 件	データ詳細 open_in_full
トランスクリプトームアノテーション情報（ヒト、ショウジョウバエ）	カイコ参照トランスクリプトームデータ	10.18908/lsdba.nbdc02443-003	各転写産物をヒトおよびショウジョウバエの遺伝子セットをsubjectにしてBLAST検索し、トップヒットした遺伝子シンボルを割当てることでアノテーション情報を付与した。	kaiko_annotation_human_drosophila_data.zip (391 KB)	https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kaiko_annotation_human_drosophila_data	Referece trasnscriptomic data に対して、Ensemble内のhuman (version GRCh38)とDrosophila melanogaster (version BDGP6.22)のprotein データセットに対して blastをしてトップヒットした遺伝子をBiomartを用いてシンボル表記に変換した。	Blast検索	51,926 件	データ詳細 open_in_full
参照トランスクリプトームデータの予測アミノ酸配列	カイコ参照トランスクリプトームデータ	10.18908/lsdba.nbdc02443-004	参照トランスクリプトームデータからTranscoder (v5.5.0)を使って予測されたアミノ酸配列のマルチfasta file	kaiko_bm_ref_transcript_TSA.zip (11 MB)	-	参照トランスクリプトームデータ	Transcoder (v5.5.0)	-	データ詳細 open_in_full
データ名	データベース名	DOI	説明	データファイル	簡易検索URL	データ取得方法	解析方法	データ件数	データ詳細