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データベース名称 ⇅	DOI ⇅	データベース分類 ⇅	生物種 ⇅	説明 ⇅	データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅	運用場所 ⇅	利用許諾 ⇅
Mouse B6N BAC Clone Database	10.18908/lsdba.nbdc00959-000	塩基配列データベース	Mus musculus (10090)	マウス (C57BL/6N系統)のBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース。	データベースにある各クローンは理研バイオリソースセンターDNA BANKから供給可能である。		CC 表示-継承
DGBY (Database for Gene function and expression of Baker's Yeast)	10.18908/lsdba.nbdc00953-000	マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース	Saccharomyces cerevisiae (4932)	パン酵母の製造や製パン過程は、パン酵母にとって過酷なストレス（製パン関連ストレス）を伴います。製パン関連ストレスは、ドライイースト製造における乾燥（乾燥ストレス）、菓子パン生地に添加される高濃度のショ糖による高浸透圧（高ショ糖ストレス）、冷凍生地製パン法における凍結・融解（冷凍ストレス）等、広範かつ複合的なものであり、パン酵母の発酵力を著しく低下させます。　私共は、これら3つの製パン関連ストレスに着目したパン酵母のポストゲノム研究を行ってきました。この研究では、1) DNAマイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析（トランスクリプトミクス）、2) 酵母遺伝子破壊株セットを用いた網羅的表現型解析（フェノミクス）、という二つのアプローチによって、ストレス耐性に関連する遺伝子の情報を取得しました。これらの情報を皆様にご活用頂けるようにデータベース化し、DGBY （Database for Gene function and expression of Baker’s Yeast）として公開致しました。	パン酵母の製パン関連ストレス（乾燥、冷凍、高濃度ショ糖）に対する応答遺伝子あるいは耐性に必要な遺伝子の探索に利用できます。	独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構食品総合研究所	CC 表示-継承
Fluorome (The Cyanobacterial Chlorophyll Fluorescence Database)	10.18908/lsdba.nbdc00451-000	その他の分子生物学データベース	Synechocystis sp. PCC 6803 (1148)	原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。各遺伝子破壊株のクロロフィル蛍光挙動をグラフィックに見ることができると共に、その蛍光挙動が２つの遺伝子破壊株の間でどの程度異なるかを定量化し、自分が注目する遺伝子破壊株とよく似た蛍光挙動を示す遺伝子破壊株をリストアップすることができます。遺伝子の機能を明らかにするためには、遺伝子変異株の表現型の解析が行なわれます。しかし、遺伝子の機能によって異なる解析手法を使う必要があり、ゲノム単位で大規模な解析を行なうことも困難です。さらに言えば、そもそも、何の表現型を解析すればよいのか、ということがわからなければ、解析の進めようさえありません。この状況を打破するために、本プロジェクトではゲノム特定研究の支援を受け、光合成生物のクロロフィル蛍光をプローブとして用い、蛍光という単一の表現型を使いながら、ゲノム上の全遺伝子の半分程度について、遺伝子破壊株の表現型を得るシステムを構築しました。	マイクロアレイなどを用いた共発現解析などと同様に、自分が興味を持っている遺伝子と何らかの関連がある可能性がある遺伝子を特定の前提条件なしにリストアップすることができます。	早稲田大学教育学部理学科	CC 表示-継承
INOH (Integrating Network Objects with Hierarchies)	10.18908/lsdba.nbdc00107-000.V003	代謝系/シグナル伝達経路-代謝経路代謝系/シグナル伝達経路-タンパク質・タンパク質相互作用代謝系/シグナル伝達経路-シグナル伝達経路		専門家が科学文献中に記述されている生体内分子機序に関する知識を抽出し、計算機による様々な処理ができるような形式で電子化したデータベース。	オントロジーによる詳細なアノテーションが付与されたシグナル伝達パスウェイデータベース。専門家が論文からデータ抽出を行い、パスウェイの要素にオントロジーをアノテーションしている。キュレーションツールであるINOH client は、フリーで公開している。オントロジーのWeb検索ツール（Ontology Viewer）により、興味あるオントロジータームがアノテーションされたパスウェイデータをダウンロードすることができる。高度なパスウェイ推論検索システム（Similarity Search）は、オントロジーの階層、複合体の階層、イベント間のつながり、分子間の相互作用などから類似パスウェイを検索することができる。パスウェイデータは、BioPAX Level2, Level3フォーマットで公開している。	東京大学大学院医科学研究所 ※オリジナルサイトでの公開を終了	CC 表示-継承
The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis	10.18908/lsdba.nbdc00945-000	植物データベース-イネ	Oryza sativa (4530)	イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できるシステムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベース	突然変異体や組み換え体を用いることで、遺伝子の表現型を全生活史に渡ってもれなく記録・観察している。	国立研究開発法人農業生物資源研究所	CC 表示-継承
データベース名称	DOI	データベース分類	生物種	説明	データベースの特長・有用性・活用方法	運用場所	利用許諾