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データベース名称 ⇅ DOI ⇅ データベース分類 ⇅ 生物種 ⇅ 説明 ⇅ データベースの特長・有用性・活用方法 ⇅ 運用場所 ⇅ 利用許諾 ⇅
FANTOM web resource 10.18908/lsdba.nbdc00448-000
発現
Homo sapiens (9606)
Mus musculus (10090)

FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。このデータベースでは、過去の FANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした結果とともに、最新のFANTOMプロジェクトであるFANTOM4で得られた結果を提供しています。
FANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の、転写開始点（TSS）の動態を deepCAGE法（deep sequencing with CAGE）により経時的に測定した結果、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタすることができました。これらのデータから転写因子結合部位をコンピューター解析により予測し、THP-1における転写制御ネットワークの一部を明らかにするとともに、この分化において支配的な役割を果たす転写因子を抽出することに成功しました。 転写制御ネットワークの他にも、FANTOM4で取得されたデータを解析することで、転写開始点に関連する短鎖RNAの発見、および、ゲノム配列中に数多く存在する反復配列の役割に関する新たな発見に結びつきました。

FANTOM3では、CAGE (Cap Analysis Gene Expression) 法や関連手法を適用することで、マウスもしくはヒトのトランスクリプトームの全体像を明らかにすることを主眼とした。またFANTOM4では、次世代シー ケンサをCAGE法へ適用することで、トランスクリプトームの動態とその制御機構の解明を主眼とした。本データベースは、これらプロジェクトより得られた データを統合し提供するものである。
CAGE法は、5'端にキャップ構造を持つRNAを、ランダムに5'端から数十塩基ずつ読み取る技術である。そのため、mRNAやncRNAの転写開始点 と、その活性を同時に測定することがあできる。FANTOM3では様々な組織のプロファイルに、FANTOM4ではTHP-1ヒト細胞株をPMAにより刺 激したタイムコースに対してCAGE法を適用した(FANTOM4では、CAGE法の他にqRT-PCRやマイクロアレイ、siRNAによるノックダウ ン、ChIP-chip等の技術によるプロファイルも行った)。そのため、様々な条件におけるプロモータ活性に興味のある研究者、転写制御に興味のある研 究者、また単芽球分化に興味のある研究者にとって、有効なデータベースである。

理化学研究所　オミックス基盤研究領域

 CC 表示-継承
Medaka Full-length cDNA Database 10.18908/lsdba.nbdc00147-000
塩基配列データベース
Oryzias latipes (8090)

メダカ近交系Hd-rRⅡ1の完全長cDNAライブラリー11種に由来するcDNA配列のデータベース。

掲載されているクローンについてはNBRP Medakaを通じてリソースの提供が可能である。レファレンスゲノムDNA配列を決定した系統に由来する完全長cDNAクローンである。

国立遺伝学研究所　生物遺伝資源情報総合センター

 CC 表示-継承
D-HaploDB
(Definitive Haplotype Database) 		10.18908/lsdba.nbdc00036-000
ヒト遺伝子/疾患-多型データベース全般
Homo sapiens (9606)

全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造に関する公開データベース。

全胞状奇胎のゲノムは単一精子に由来するため、D-HaploDBでは直接決定されたハプロタイプの情報が得られる。これに対して、例えばハップマップが提供するアジア人ハプロタイプは推定ハプロタイプであり、ある程度の誤りを含むと考えられる。オリジナルサイトではゲノムブラウザ機能を利用でき、また2011年６月に新規アレイデータ（D4）が追加されている。

九州大学　生体防御医学研究所　附属遺伝情報実験センター　ゲノム構造学分野
http://www.gen.kyushu-u.ac.jp/~genome/index.html

＊オリジナルサイトでの公開を終了

 CC 表示-継承
RIKEN SSBC
(RIKEN Systems and Structural Biology Center) 		10.18908/lsdba.nbdc01138-000
構造データベース-タンパク質構造
Mus musculus (10090)
Homo sapiens (9606)

高等動植物等タンパク質の立体構造解析実験データベース。タンパク3000プロジェクトにおいてRSGIにより取得された、Ｘ線回折画像データ、結晶化スクリーニング観察画像データと、発現・精製など一連の付随実験情報を含む。ヒトとマウスの48種のタンパク質のデータを公開している。

Ｘ線回折画像や結晶観察画像の巨大なデータセットを多数含み、解析方法の検証などに用いることができる。またタンパク質毎に、発現・精製から結晶化・回折実験までの一連の実験過程を追うことができる。

独立行政法人 理化学研究所 生命分子システム基盤研究領域

 CC 表示-非営利-改変禁止
Micro-Tom BAC End Sequence Database 10.18908/lsdba.nbdc01107-000
塩基配列データベース
Solanum lycopersicum (4081)

トマト品種マイクロトムのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース。

Tomato SBM & Marker DatabaseではこのデータベースをBLASTの対象となる配列データセットとして利用している。
データベースにある各クローンはNBRPトマトのサブ機関であるかずさDNA研究所の以下のウェブサイトから供給可能である。
http://www.kazusa.or.jp/clonereq/
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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾