INOH
このデータベースについて
データベースの説明
| データベース全般 | ||||||||||
名称
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INOH
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名称の読み方
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イノウ | |||||||||
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別名
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Integrating Network Objects with Hierarchies | |||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00107-000.V003 |
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バージョン
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作成者
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作成氏名
高木 利久*  
作成者英名
Toshihisa Takagi
作成者所属
東京大学大学院理学系研究科
作成者の文献検索
作成氏名
福田 賢一郎
作成者英名
Ken-ichiro Fukuda
作成者所属
独立行政法人 産業技術総合研究所 情報環境基盤部
作成氏名
山本 智子
作成者英名
Satoko Yamamoto
作成者所属
独立行政法人 科学技術振興機構 バイオインフォマティクス推進センター
作成氏名
酒井 紀子
作成者英名
Noriko Sakai
作成者所属
独立行政法人 科学技術振興機構 バイオインフォマティクス推進センター
作成氏名
中村 浩実
作成者英名
Hiromi Nakamura
作成者所属
株式会社 情報数理研究所
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連絡先
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https://form2.jst.go.jp/s/contact_nbdc | |||||||||
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データベース分類
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代謝系/シグナル伝達経路-代謝経路
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データベースの説明
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専門家が科学文献中に記述されている生体内分子機序に関する知識を抽出し、計算機による様々な処理ができるような形式で電子化したデータベース。 |
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データベースの特長・有用性・活用方法
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オントロジーによる詳細なアノテーションが付与されたシグナル伝達パスウェイデータベース。 専門家が論文からデータ抽出を行い、パスウェイの要素にオントロジーをアノテーションしている。
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データベースの利用許諾
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CC 表示-継承 詳細 | |||||||||
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予算的背景・プロジェクト
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名称
科学技術振興機構(BIRD, JST) 「生命情報データベースの高度化・標準化」プロジェクト  |
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論文等
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文献名
INOH: ontology-based highly structured database of signal transduction pathways.
著者名
Yamamoto S, Sakai N, Nakamura H, Fukagawa H, Fukuda K, Takagi T.
雑誌名/掲載年月/号
Database (Oxford). 2011 Nov 26;2011:bar052. Print 2011.
外部リンク
文献名
INOH pathway database: Curation, Annotation, Integration.
著者名
Fukuda K.
雑誌名/掲載年月/号
InterOntology08, 1(1), pp.47-50 (2008).
文献名
Graphical Syntax and Query for Pathway Database
著者名
Fukuda, K., Yamamoto, S., Sakai, N., Nakanishi, Y., Nakamura, H., Takagi, T.
雑誌名/掲載年月/号
The 10th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Infrmatics, pp7-10 (2006).
外部リンク
文献名
Event ontology: a pathway-centric ontology for biological processes.
著者名
Kushida T, Takagi T, Fukuda K.
雑誌名/掲載年月/号
Pac Symp Biocomput. 2006:152-63.
外部リンク
文献名
Research on biological pathways peculiar to woody perennial Plants using a pathway database : P-INOH.
著者名
Kushida, T., Yamamoto, S., Yamagata, Y., Asanuma, T., Hattori, E., Takagi, T. and Fukuda, K.
雑誌名/掲載年月/号
Proceedings of International Workshop on Knowledge Discovery and Data Management in Biomedical Science. 2005.5, pp.56-67
文献名
Higher Order Knowledge Proceeding : Pathway Database and Ontologies.
著者名
Fukuda, K.
雑誌名/掲載年月/号
Genomics & Informatics, vol.3, No.2, ISSN 1598-866X, 2005.6, pp.47-51
文献名
The Molecule Role Ontology: An Ontology for Annotation of Signal Transduction Pathway Molecules in the Scientific Literature.
著者名
Yamamoto S, Asanuma T, Takagi T, Fukuda K.
雑誌名/掲載年月/号
Comp Funct Genomics. 2004;5(6-7):528-36.
外部リンク
文献名
A Pathway Editor for Literature-based Knowledge Curation.
著者名
Ken-ichiro Fukuda, Toshihisa Takagi.
雑誌名/掲載年月/号
APBC 2004, pp.339-344.
文献名
Pathway Database: Higher Order Knowledge in Biology.
著者名
Ken-ichiro Fukuda, Yuki Yamagata, Toshihisa Takagi.
雑誌名/掲載年月/号
Information Processing Society of Japan (IPSJ), Transactions on Databases, vol.45 No.SIG7(TOD 22) June 2004, pp.77-84
外部リンク
文献名
FREX: a query interface for biological processes with hierarchical and recursive structures.
著者名
Fukuda K, Yamagata Y, Takagi T.
雑誌名/掲載年月/号
In Silico Biol. 2004;4(1):63-79. Epub 2004 Feb 22.
外部リンク
文献名
Knowledge representation of signal transduction pathways.
著者名
Fukuda K, Takagi T.
雑誌名/掲載年月/号
Bioinformatics. 2001 Sep;17(9):829-37.
外部リンク
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| データベースのオリジナルサイト情報 | ||||||||||
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データベース運用場所
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東京大学大学院医科学研究所 |
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オリジナルサイト
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（運用終了） http://inoh.hgc.jp/ | |||||||||
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運用開始年月日
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2006/02/01 | |||||||||
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最終更新年月日
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2011/03/29 | |||||||||
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統括サイト
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データの一括ダウンロードサイト
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（運用終了） http://inoh.hgc.jp/download.html | |||||||||
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参照先データベース
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一覧表示
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有り | |||||||||
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クエリ検索
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有り | |||||||||
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Webサービス
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有り | |||||||||
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WebサービスURL
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（運用終了） http://inoh.hgc.jp/inoh_api_manual.html | |||||||||
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