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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾
Open TG-GATEs 病理写真データベース 10.18908/lsdba.nbdc00954-02-000
トキシコゲノミクスデータベース
Rattus norvegicus (10116)

当病理写真データベースでは、Open TG-GATEsに登録されている160化合物について、それらの化合物を用いて実施した動物試験で作製した肝臓および腎臓の病理標本(約53,000 枚)の高解像度デジタル病理画像を公開しています。従って、Open TG-GATEsに登録されている病理所見の確認などを行うことができます。
データベースOpen TG-GATEsについては、こちらのアーカイブをご覧ください。

病理写真はデジタルスライドとして表示・拡大・縮小などが可能です。

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Open TG-GATEs 10.18908/lsdba.nbdc00954-01-000
トキシコゲノミクスデータベース
Homo sapiens (9606)
Rattus norvegicus (10116)

トキシコゲノミクスプロジェクト(Toxicogenomics Project、TGP )は、独立行政法人医薬基盤研究所、国立医薬品食品衛生研究所および製薬企業(15社)が参画した官民共同プロジェクトであり、平成14年度から平成18年度までの5年間をかけて、150の化合物(医薬品等)をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現情報および毒性情報を取得し、大規模かつ良質なトキシコゲノミクスデータベースを構築しました。さらに当データベースに解析および毒性予測システムの機能を付加したTG-GATEs(Toxicogenomics Project-Genomics Assisted Toxicity Evaluation system)の開発も達成しています。
TGP2(Toxicogenomics Informatics Project、トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト)は、独立行政法人医薬基盤研究所、国立医薬品食品衛生研究所および企業13社が参画したTGPの後継プロジェクトであり、平成19年度から平成23年度までの5年間をかけ、TG-GATEsを活用して30種以上の安全性バイオマーカーの開発を達成しました。バイオマーカーの検証あるいは機序解析等を目的にTGP2で取得された追加データもTG-GATEsに収載されています。

Open TG-GATEsは、TGPおよびTGP2の研究成果を幅広い研究者に活用して頂くために開発した一般公開用のトキシコゲノミクスデータベースであり、TG-GATEsに格納されているデータの中から170化合物に係るデータを公開しています。データの絞り込みにおいては、化合物名を起点とした検索と臓器別病理所見を起点とした検索を行うことが出来ます。また病理所見等のフェノタイプデータに紐付けされた遺伝子発現データをCEL(*)ファイルとしてダウンロードすることが可能です。

(*)CELは、Affymetrix GeneChip®で取得された遺伝子発現データ(生データ)を表現する一つのファイル形式です。

化合物名を起点とした検索と臓器別病理所見を起点とした検索を行うことが出来ます。また病理所見等のフェノタイプデータに紐付けされた遺伝子発現データをCELファイルとしてダウンロードすることが可能です。

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DIAM - 微生物情報
(微生物産業利用支援データベース:DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes)
10.18908/lsdba.nbdc01076-04-000
文献

微生物やバイオセーフティ関連情報のデータベース「DIAM」の中で、微生物の「同定・分類関連情報」「安全関連情報」「利用関連情報」に関する情報を提供するデータベース。

組換え微生物を産業利用する事業者が、微生物を適切に管理し、関連技術の安全性を確保するための取り組みの一助となるように、同定・分類、安全、利用の3つの観点から微生物の情報を幅広く提供している。

(財)バイオインダストリー協会
※2011年3月31日をもって、DIAMのオリジナルサイトでの公開を終了

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DIAM - バイオセイフティ関連の法規制
(微生物産業利用支援データベース:DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes)
10.18908/lsdba.nbdc01076-03-000
文献

DIAMから提供されている遺伝子組換え微生物やバイオセイフティ関連情報のうち、「国内のカルタヘナ法(*)関連文書」、「海外の法規制の概説」、「カ ルタヘナ法Q&A」についてまとめたデータベース。
(*カルタヘナ法:遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律)

国内のカルタヘナ法に関する最新情報を幅広く閲覧することができ、遺伝子組換え生物に関わる欧米諸国の規制の解説や関連情報を閲覧できる。

(財) バイオインダストリー協会
※2011年3月31日をもって、DIAMのオリジナルサイトの公開を終了

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GenoBase ver.6 10.18908/lsdba.nbdc00077-000
塩基配列データベース-遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位
Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 (316407)

GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。

大腸菌K-12(W3110)のORF情報を中心に、遺伝子・クローン・PPI実験・文献等の関連データを収録している。

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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾