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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾
サンゴ礁ネットワークWEBシステムのイメージコレクション 10.18908/lsdba.nbdc02655-000
海洋中動植物
海洋環境モニタリングデータ

国際海洋環境情報センター (GODAC) では、2002年から2013年までに市民ダイバーにより提供された琉球列島のサンゴ礁海域周辺に生息する生物の画像や、GODACの遠隔操作型小型無人潜水機「ニライカナイ150」が撮影した動画をとりまとめ、サンゴ礁ネットワークWEBシステム(http://www.godac.jp/coral/)で公開していた。これらの画像集は琉球列島周辺の生物相を捉えたスナップショットであり、振り返って状態を知るための最適な素材となり得る。サンゴ礁ネットワークWEBシステムに提供された画像については画像のメタ情報に基づき、学名や出現位置(緯度経度)を抽出し、生物出現記録として整備し、海洋生物多様性情報のデータベースであるBISMaL (http://www.godac.jamstec.go.jp/bismal/j/)において公開している。

・海洋生物の地理的分布の把握
・生物多様性の評価・予測方法の開発

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DoBISCUIT 10.18908/lsdba.nbdc01145-000
代謝系/シグナル伝達経路
Streptomyces (1883)

DoBISCUITは放線菌の二次代謝産物合成遺伝子クラスターに関する情報を網羅的に集約したデータベースです。

放線菌によって生成される二次代謝物は、リード化合物や医薬品開発の候補として重要です。ポリケチド合成酵素 (PKS) と非リボソームペプチド合成酵素 (NRPS) は、複雑な化合物の構築における役割で大きな注目を集めています。二次代謝物の生合成遺伝子クラスターは、異種発現やコンビナトリアル生合成などのバイオテクノロジーの用途でよく使用されます。生合成遺伝子クラスターについて記述した科学論文は毎年多数発表されていますが、特定の遺伝子クラスターに関する情報は多くの参考文献に分散しており、網羅的に記述されていません。
私たちは、既知のPKSおよびNRPS遺伝子クラスターに関する文献ベースのデータベースを構築しました。本データベースは、生合成クラスター情報、KS/A ドメイン配列情報で構成されています。本データベースの利用により生合成クラスターに関連する包括的な情報に簡単にアクセスでき、標準化された遺伝子説明を参照できます。本データベースは、二次代謝物と生合成遺伝子クラスターの分析に役立つ参考資料となります。

独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター

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Mutant Panel
(Rice Tos17 Insertion Mutant Database)
10.18908/lsdba.nbdc00229-000.V001
植物データベース-イネ
Oryza sativa (4530)

イネ(日本晴)の内在性レトロトランスポゾンTos17を転移させて作製したTos17挿入変異系統(ミュータントパネル)のデータベースです。

各系統のTos17の挿入部位と表現型が整理されています。挿入により破壊された遺伝子と表現型の関係を調べることができます。

国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構

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JEDI System/OCEANS DB
(Joint Environmental Data Integration System/Oshima Coastal Environmental data Acquisition Network System database)
10.18908/lsdba.nbdc02629-000.V001
その他(海洋中動植物プランクトンデータ)
その他(海洋環境モニタリングデータ)

伊豆大島・波浮港(北緯34度40分58.5秒,東経139度26分39.7秒, 水深約20m)に設置したJEDI (Joint Environmental Data Integration) Systemの一部である沿岸海洋観測システムOCEANS (Oshima Coastal Environmental data Acquisition Network System)によって2014年8月12日から2018年8月10日までに得られた物理,化学,生物,工学系の各種計測データです。詳細はwww2.kaiyodai.ac.jp/~hide/JEDI/をご覧ください。さらなる技術的な詳細についてはhideat_markkaiyodai.ac.jpまで連絡してください。

・生物多様性の評価・予測方法の開発
・プランクトン等の分類データ

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Index to Chromosome numbers in Asteraceae
(キク科の染色体数データベース)
10.18908/lsdba.nbdc02601-000
植物データベース-その他の植物
Alangiaceae (42219)
Alseuosmiaceae (49929)
Argophyllaceae (57707)
Asteraceae (4210)
Calyceraceae (41860)
Campanulaceae (4381)
Carpodetaceae (85554)
Goodeniaceae (16472)
Menyanthaceae (24579)
Pentaphragmataceae (41864)
Phellinaceae (57708)
Rousseaceae (85554)
Stylidiaceae (41865)

このデータベースの名称がキク科植物の情報に限定しているような印象をあたえるが、キク目に含まれる13科(多くの科が研究者になじみが薄いため、代表的なキク科をdatabase名に使用)全部の分類・系統・進化の解明に必要な情報を集めたものです:ウリノキ科 (Alangiaceae)、アルセウオスミア科 (Alseuosmiaceae)、アルゴフィラ科 (Argophyllaceae)、キク科 (Asteraceae) 、カリケラ科 (Calyceraceae)、キキョウ科 (Campanulaceae)、カルポデタ科 (Carpodetaceae)、クサトベラ科 (Goodeniaceae)、ミツガシワ科 (Menyanthaceae)、ペンタフラグマタ科(Pentaphragmataceae)、フェリネ科(Phellinaceae)、ローセア科 (Rousseaceae)、スチリダ科 (Stylidiaceae) の植物名(学名、ラテン語)、科以下の分類ランク名 (亜科、連、亜連、属、種、亜種、変種)、染色体数、DNA量、核及び葉緑体DNAの塩基配列(genBank access番号)、 調査個体数、材料産地、繫殖方法、発表論文著者名、発表年、論文名、掲載誌名、巻号、ページを収録したデータベースです。

■ キク科植物は、被子植物(花の咲く植物)最大の科で、24,000~30,000種が知られており、被子植物全体の1/8~1/10を占める。地球の歴史の中で最も新しい植物群と考えられており、現在も活発に種分化(新しい種が誕生すること)がおきており、主要な穀物(小麦、イネ、トウモロコシ)に次ぐ多数の研究者が集中して研究している。 染色体数の情報は、生物の系統と進化を明らかにする上で極めて重要である。 報告されたデータは、膨大な量になっているので、必要な情報を速やかに検索・利用できるsystemが必要になってきている。
■ 調査がすんだ全ての植物の科の染色体数のIndexは、Darlington & Wylie (1945, 1955), Fedrov (1969, 1974), Moore (1967-1971, 1973, 1974), Goldblatt et al. (1975-2003)等により、科名、属名、種名、染色体数、発表論文著者名、文献が記載され、2~3年に1度、印刷され販売されてきた。 そのため、以前の情報は、継続的にこれらの文献を購入している機関(日本では、神戸大学と国立科学博物館だけが保有)を除き、かなり入手しにくくなっている。 そこで全国の関係者から問い合わせが私(渡邊) にあり、その度に過去のIndexをくって情報を提供してきた。
■ 継続的にこれらの文献を購入していない発展途上国や後進国では、新しく調査して得られたdataが、すでに他の研究者により発表されていたり、以前に発表されたdataと食い違いがあるのにもかかわらず、何の検討もされず報告されるケースが増えてきた。 さらに、新しい分子系統学が発展したのに伴い、キク科の分類、系統関係の解明が著しくすすみ、亜科(Subfamily)、連(Tribe),属(Genus)、種(Species)、の改訂、修正、記入漏れ等が多くなり、過去のdataの見直し、再整理が必要になってきた。
■ このdatabaseにより、この研究分野の情報整理と問題点、絶滅前に早急に調査が必要な分類群や地域等を明確にして、集中的な研究の取り組みが可能になる。このdatabaseを公開することで、世界中の研究機関、大学、個人が、無料で情報の利用が可能になる。

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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾