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NBDC Nikkaji RDF
(NBDC版日化辞RDF)
10.18908/lsdba.nbdc01530-02-000.V011
化合物データベース
Chemical Database

日本最大級の化合物データベースである日本化学物質辞書(日化辞)のRDF (Resource Description Framework)データです。

NBDC版日化辞RDFは、日本化学物質辞書(日化辞)をChemical Information Ontology(CHEMINF)やSemanticscience Integrated Ontology(SIO)などの化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータです。ユーザーはこのRDFデータをダウンロードし、各自の環境のトリプルストアに格納することで、RDFの問い合わせ言語であるSPARQLを使って検索が可能になります。

CC 表示
メタゲノム解析用リファレンス16S RNA配列データセット 10.18908/lsdba.nbdc02583-000
RNA配列データベース

Kraken2によるメタゲノムデータ解析で使える16S RNA配列データセット

広島大学 大学院統合生命科学研究科 ゲノム情報科学研究室

CC 表示
jPOSTデータベース 10.18908/lsdba.nbdc01594-02-000
プロテオミクス関連

jPOSTdatabase (Japan ProteOme STandard DataBase)は、jPOSTrepositoryのプロテオームデータに対して統一された基準で再解析した結果を収録したデータベースです。検出された翻訳後修飾の頻度、ペプチド上のリン酸化部位の共起、プロテオーム間のペプチドの共有などをビューアで見ることができます。

jPOSTチーム

CC0
LigandBox
(LIGANDs Data Base Open and eXtensible)
10.18908/lsdba.nbdc00551-000.V004
構造データベース-低分子

LigandBoxは、計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベースです。それぞれの化合物は、水素原子を含む全原子の3次元座標と原子電荷の情報が含まれており、すぐにドッキング計算に使用できるようになっています。
LigandBox(LIGANDs Data Base Open and eXtensible)はJBICによって、分子シミュレーションシステムmyPrestoの一部として開発され,新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)によって開発支援を受けています。
3次元構造データの作成は、ナミキ商事株式会社からいただいた2Dの化合物データをもとに行っています。
本データベースの3次元構造は、計算により生成されたものであり、試薬ベンダー等の保有する化合物と厳密には一致しない場合があります。

薬物スクリーニング(構造ベース・リガンドベース)、薬物ドッキング、ケモインフォマティクスなどに使用できます。 分子構造は、水素原子を含む3次元構造のSybyl mol2ファイルであり、原子電荷はMOPAC AM1-BCCであるため、そのまま論文レベルのMD計算にも使用できます。溶解度・脂溶性などの物性値(予測値)が各分子に付加されており、実験に不適な分子を除外しやすい。実験で利用する場合に、キーがベンダーのIDであり入手しやすく、在庫率も高い。

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ChemTHEATRE 10.18908/lsdba.nbdc01632-000.V002
化学物質のモニタリングデータ

既存の化学物質の環境中濃度に関する情報は,学術論文あるいは公的機関の報告書として電子化されてはいますが,そのほとんどはテキストファイルやエクセルファイルとして保存されており,モデリングやリスク解析を行う上では決して使いやすい形式とはいえません。気候変動研究に比べて地球規模の化学汚染の予測が大きく遅れているのは,予測モデルの入力データや検証材料になり得るモニタリングデータが整備されていないことが一因だと考えられます。このように多額の研究費を投じて得られた貴重な研究成果が十二分に活用されていないのは大きな損失です。これらの貴重な情報を将来にわたって有効活用するためには,汎用性の高いデータベースの構築が必須の課題だと考えます。そのため我々は,環境中化学物質の濃度情報に関するデータベースを構築し,あらゆる化学物質のモニタリング情報を収録・閲覧できるプラットフォーム(ChemTHEATRE)を創出したいと考えています。このプラットフォームを活用することで,化学物質のトレーサビリティが確保され,環境中での挙動・運命予測が容易になる上,化学物質排出量や毒性情報等に関する外部のデータベースとの連携により高精度かつ透明性の高い化学物質の生態リスク評価が可能となります。また,情報の高度な可視化技術との連係によりモニタリング研究の社会への還元,とくに環境教育への寄与やオープンサイエンス化が期待できます。

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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾