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FANTOM5
(Functional Annotation of the Mammalian Genome)
10.18908/lsdba.nbdc01389-000.V003
発現
Homo sapiens (9606)
Mus musculus (10090)
Canis lupus familiaris (9615)
Rattus norvegicus (10116)
Macaca mulatta (9544)
Gallus gallus (9031)

FANTOMは、理化学研究所のマウスゲノム百科事典プロジェクトで収集された完全長cDNAのアノテーション(機能注釈)を行うことを目的に、林崎良英博士が中心となり2000年に結成された国際研究コンソーシアムである。その役割はトランスクリプトーム解析の分野を軸に発展・拡大してきた。また、プロジェクトの研究対象は、ゲノムの転写産物という「要素」の理解から、転写制御ネットワークという「システム」つまり「生命体のシステム」の理解へ、より高次の階層に向けて着実に進められている。FANTOM5では、ヒトの体を構成するさまざまな細胞腫について、どの遺伝子がゲノム上のどの場所(転写開始点)からどの程度転写されているかをHeliscope社の一分子シーケンサーによるHeliscopeCAGE法などを用いて網羅的に調べた。この情報を用いることで、ヒトを構成するさまざまな初代培養細胞の転写制御モデルの構築が可能になることが期待できる。本リソースはFANTOM5プロジェクトで得られた様々な生データや解析データで構成されている。

FANTOM5での研究により、人体を構成する正常な細胞の性質を制御する遺伝子制御部位について、その活性を細胞の種類ごとに測定した包括的データが得られた。これは、ゲノムから読み解かれる情報を用いた網羅的かつ体系的な「正常細胞の定義」の基礎となるものである。臨床において病理診断で用いられる組織像などによる細胞の分類には限界があり、細胞の種類を定義づける決定的な方法が存在しなかったが、本研究で得られた細胞の定義を今後さらに充実させることで、ヒトゲノムが生成し得る細胞の全体像が明らかになると期待できる。従って今回の成果は、細胞の多様性がどのように制御されているかという問題の解決だけでなく、病的な状態を定義するために必要な「何が正常なのか」という「正常細胞の定義」の基本になるといえる。がんなどの細胞を「正常細胞の定義」で比較することで、どのような異常が発生しているのかを詳細に解析することが可能になり、有効な抗がん剤などの評価に貢献すると期待できる。

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PoSSuM
(Pocket Similarity Search using Multiple-Sketches)
10.18908/lsdba.nbdc01144-000
構造データベース-低分子

PoSSuMは、タンパク質上の低分子結合サイトを推定するためのデータベースです。このデータベースにはDrug Search機能もあります。Drug SearchではChEMBLから194の創薬に適した化合物を抽出して、それらの化合物との結合する既知のポケットと、それらのポケットと相同性のあるポケットを推定しています。

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医学・薬学予稿集全文データベース
文献

医学・薬学関係の学会や研究会、医師会の年会・大会・集会の予稿集に掲載された記事の書誌情報とスキャン画像のデータベースです。オリジナルは科学技術振興機構(JST)のJDreamIIにおいて公開されていた「医学・薬学予稿集全文データベース」で、JSTでのサービス終了に伴って、公開に許諾をいただいた学会のデータをライフサイエンス統合データベースセンターが継承し、2011年より医学・薬学予稿集全文データベース検索サービス(http://togodb.dbcls.jp/yokou)として公開していたものです。

ほとんどの予稿集は紙の冊子として学会の会員向けに限定数発行されるもので、閲覧できる図書館は非常に限られています。本データベースにより会員以外の方がインターネット閲覧することが可能になりました。タイトルや発表者名による検索の他、本文に関連するキーワードによる検索も可能です。

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ライフサイエンス 新着論文レビュー
文献

日本人を著者とする生命科学分野の論文について、論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを公開するサービスです。

・Nature、Science、Cellなどに代表されるトップジャーナルに掲載された生命科学分野の原著論文のうち、筆頭著者が日本人である論文をいち早くとりあげます。論文の出版から1か月以内の公開を目標とし、遅くとも2か月以内には公開します。2010年9月のサービス開始からこれまでに約1,000本のレビューを公開しています。
・広く生命科学全般にかかわる教員・研究者および大学院生・学生を対象とし、専門の異なる読者にも論文の先進性およびおもしろさがわかるよう、結果・結論ばかりでなく、前提となる研究の経緯・バックグラウンド、将来の展望などもあわせて示すようにしています。
・原稿そのままではなく、生命科学を専門とする編集者がきちんとした編集作業を行っています。
・サイエンスコミュニティの共有物として、クレジットの明記を条件に、転載・改変・再利用(営利目的での二次利用も含め)を自由に行えます。高解像度の図をJPEGファイルとしてダウンロードでき、講義や講演、論文などの著作物に自由に利用することができます。

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ライフサイエンス 領域融合レビュー
文献

生命科学分野における最新の研究成果について、第一線の研究者の執筆による日本語のレビューを公開するサービスです。

・日本分子生物学会、日本蛋白質科学会、日本細胞生物学会、日本植物生理学会 との協力のもと、ある学問分野・領域を広く総合的にとりあげる比較的長いレビューを公開・出版するものです。執筆者・執筆テーマの選定は、それぞれの学会から推薦された編集委員により構成される編集委員会において行います。原稿は、編集委員会の指名した1名以上の査読者により査読をうけ、必要に応じ加筆あるいは改稿のうえ原稿受理とします。2012年9月のサービス開始からこれまでに約60本のレビューを公開しています。
・広く生命科学全般にかかわる教員・研究者および大学院生・学生を対象とし、専門の異なる読者にも論文の先進性およびおもしろさがわかるよう、結果・結論ばかりでなく、前提となる研究の経緯・バックグラウンド、将来の展望などもあわせて示すようにしています。
・原稿そのままではなく、生命科学を専門とする編集者がきちんとした編集作業を行っています。
・サイエンスコミュニティの共有物として、クレジットの明記を条件に、転載・改変・再利用(営利目的での二次利用も含め)を自由に行えます。高解像度の図をJPEGファイルとしてダウンロードでき、講義や講演、論文などの著作物に自由に利用することができます。

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データベース名称 DOI データベース分類 生物種 説明 データベースの特長・有用性・活用方法 運用場所 利用許諾