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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
Cluster (緑色植物) PGDBj - オルソログデータベース 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-002.V002

NCBI Reference Sequenceデータベースから取得した緑色植物のアミノ酸配列を配列間のBLASTによる網羅的なホモロジー情報に基づいて各系統群ごとにクラスタリ ングしたデータ。各系統群では1つのアミノ酸配列は必ず1つのクラスターに所属する。

Protein (緑色植物)のデータを使用。

NCBI Taxonomyデータベースから取得した生物種間の系統関係を遡る方向に下位系統群でのクラスター(subcluster)を併合して上位系統群でのク ラスター(supercluster)を再帰的に生成している。

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Protein (ラン藻) PGDBj - オルソログデータベース 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-004.V002

NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したラン藻のアミノ酸配列をNCBI GI番号およびReference Sequence IDと注釈情報を付記して整理したデータ。各系統群でアミノ酸配列が所属するオルソログデータベースのクラスターIDを併記。

NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したアミノ酸配列。

NCBI Reference Sequenceデータベースで500以上のアミノ酸配列を含む生物種を対象。

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Protein (緑色植物) PGDBj - オルソログデータベース 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-001.V002

NCBI Reference Sequenceデータベースから取得した緑色植物のアミノ酸配列をNCBI GI番号およびReference Sequence IDと注釈情報を付記して整理したデータ。各系統群でアミノ酸配列が所属するオルソログデータベースのクラスターIDを併記。

NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したアミノ酸配列。

NCBI Reference Sequenceデータベースで500以上のアミノ酸配列を含む生物種を対象。

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Taxon (ラン藻) PGDBj - オルソログデータベース 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-006.V002

ラン藻のオルソログクラスターの系統群に沿った再帰的な関係を示したデータ。

生物種間の系統関係はNCBI Taxonomyデータベースから取得。

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Taxon (緑色植物) PGDBj - オルソログデータベース 10.18908/lsdba.nbdc01194-02-003

緑色植物のオルソログクラスターの系統群に沿った再帰的な関係を示したデータ。

生物種間の系統関係はNCBI Taxonomyデータベースから取得。

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細