データのメタデータ検索
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ詳細 |
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| Arabidopsis CDS blastp result | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-017 |
Arabidopsis thaliana予想CDS（コーディング領域）に対するblastp検索結果 |
Arabidopsis thalianaの予想CDSデータ（The TIGR Arabidopsis thaliana Database ver5）を使用。 |
Arabidopsis thalianaの予想CDSデータをデータベース、完全長クローンをクエリにしてBlastpを実行した。
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データ詳細
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| Basical information | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-002 |
完全長cDNAクローンの基本情報 |
完全長cDNAは、理化学研究所(RIKEN)、及び、財団法人 国際科学振興財団(FAIS)により解読。 |
完全長クローン同士でBlastnを実行したときに、閾値1e-180以下で相同性が認められるものを同一クラスターとする。 |
データ詳細
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| Blocks search result | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-022 |
Blocksモチーフデータベースの検索結果 |
データベースとしてBlocks Database Version 14.0 (October 2003)を使用。 |
既知のモチーフデータベースであるBlocksに検索をかけた。
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データ詳細
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| GenBank blastn search result | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-007 |
GenBankの塩基配列に対してblastn検索した結果 |
GenBankの塩基配列に対するblastn検索結果を使用。 |
NCBI-GenBankデータRelease 150.0（2005年8月15日付）をデータベースに、完全長cDNAをクエリにしてBlastn検索(blast2.2.12)を行った。
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データ詳細
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| GenBank blastx search result | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-008 |
GenBankのアミノ酸配列に対してblastx検索した結果 |
GenBankの塩基配列に対するblastx検索結果を使用。 |
NCBI-GenBankデータRelease 150.0（2005年8月15日付）をデータベースに、完全長cDNAをクエリにしてBlastx検索(blast2.2.12)を行った。
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データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データ取得方法 | 解析方法 | データ詳細 |