データのメタデータ検索
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ詳細 |
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| Genome annotations | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-009 |
Genbankのblastn/x検索結果の中からイネゲノム関連で最も相同性が高いヒットを抽出した結果 |
GenBankの塩基配列に対するblastn検索結果、及び、GenBankのアミノ酸配列に対するblastx検索結果を使用。 |
Genbankのblastn/x検索結果の中からイネゲノム関連で最も相同性が高いヒットを抽出した。
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データ詳細
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| GO classification Arabidopsis | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-025 |
Arabidopsis thalianaの予想CDSへの相同性検索結果を元にGO(遺伝子オントロジー)分類した結果 |
Arabidopsis thalianaの予想CDSへのBlast結果を使用。 |
Arabidopsis thalianaの予想CDSへのBlast結果を元に、GO(遺伝子オントロジー)分類を行った。 |
データ詳細
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| GO classification GenBank | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-023 |
GenBankの相同性検索結果を元にGO(遺伝子オントロジー)分類した結果 |
GenBankの相同性検索結果を使用。 |
GenBankデータ１０ディビジョンに対してのBlastx結果を元に、GO(遺伝子オントロジー)分類を行った。 |
データ詳細
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| GO classification InterPro | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-024 |
InterProモチーフ検索結果を元にGO(遺伝子オントロジー)分類した結果 |
InterProモチーフ検索結果を使用。 |
InterProモチーフ検索結果を元に、GO(遺伝子オントロジー)分類を行った。 |
データ詳細
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| Indica genome blast search result | KOME | 10.18908/lsdba.nbdc00120-012 |
インディカ種のイネゲノム配列に対してblastn検索した結果（上部ヒットのみ） |
BGI RISで公開されているインディカ種のイネゲノムデータを使用。 |
インディカ種のイネゲノム配列に対してblastn検索(blast2.2.12)を行った。（上部ヒットのみ）
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データ取得方法 | 解析方法 | データ詳細 |