データベース全般 | |
KOME | |
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Knowledge-based Oryza Molecular biological Encyclopedia | |
10.18908/lsdba.nbdc00120-000 | |
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2 | |
植物データベース-イネ | |
「イネ完全長cDNAプロジェクト」において収集、全長塩基配列が決定されたイネ(品種:日本晴)由来の完全長cDNAクローン(約38,000)の情報が公開されている。完全長cDNAクローンは環境ストレス処理を施した様々な植物の組織から調製されている。核酸配列やアミノ酸配列のほかに、公共データベースとの相同性検索結果、マッピング情報、選択的スプライシングのパターン、タンパクドメイン情報、膜貫通構造、Gene Ontologyによる細胞内局在や遺伝子機能情報も含まれる。 | |
完全長cDNAライブラリーは、ランダムにピックアップされている17万クローンから、ストレス処理等をおこなったジャポニカ種イネの組織20種類を使用して構築されている。3 '端シングルパス配列の配列情報により、クローンは独立した約28,000種類にグループ化される。すべての代表的なクローンは、完全に配列決定されている。 | |
CC 表示-継承 詳細 | |
BRAIN(生物系特定産業技術研究支援センター)監督の下、独立行政法人農業生物資源研究所(NIAS)、財団法人 国際科学振興財団(FAIS)、理化学研究所(RIKEN)の共同コラボレーションによって収集され、完全に配列決定された完全長cDNAクローンの情報がこのサイトで描かれている。この作業は「イネ完全長cDNAプロジェクト」という名前のプロジェクトを介して行われてきた。 | |
データベースのオリジナルサイト情報 | |
(運用終了) http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/ | |
2003年7月18日 | |
2010年3月31日 | |
http://agrid.dna.affrc.go.jp/ | |
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DDBJ | |
有り | |
有り | |
無し | |
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無し |