GenBank blastn search result

データ説明

データ名

GenBank blastn search result

DOI

10.18908/lsdba.nbdc00120-007

データ内容の説明

GenBankの塩基配列に対してblastn検索した結果

データファイル

データファイル名:

kome_genbank_blastn_search_result.zip

データのURL:

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/kome/LATEST/kome_genbank_blastn_search_result.zip

ファイルサイズ:

24 MB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_genbank_blastn_search_result

データ取得方法

GenBankの塩基配列に対するblastn検索結果を使用。

解析方法

NCBI-GenBankデータRelease 150.0（2005年8月15日付）をデータベースに、完全長cDNAをクエリにしてBlastn検索(blast2.2.12)を行った。
実際に用いたデータベースは、GenBankの18ディビジョン中の以下の10ディビジョンである。
1. PRI - primate sequences
2. ROD - rodent sequences
3. MAM - other mammalian sequences
4. VRT - other vertebrate sequences
5. INV - invertebrate sequences
6. PLN - plant, fungal, and algal sequences
7. BCT - bacterial sequences
8. VRL - viral sequences
9. PHG - bacteriophage sequences
13. PAT - patent sequences
閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。

データ件数

1,144,403 件

データ詳細

項目名	項目の説明
ACCESSION_NO	完全長cDNAクローンのアクセッション番号
CLONE_NAME	完全長cDNAクローンの名称
RANK	blast検索結果の順位
ACCESSION	GenBankエントリのアクセッション番号
DEFINITION	GenBankクローンの定義
DIVISION	GenBankのディビジョン
SCORE	blastn検索のスコア
EXPECT	blastn検索の期待値
IDENTITIES	配列の同一性
STRAND1_1	データベース配列のストランドの向き（常にPlus）
STRAND1_2	クエリ配列のストランドの向き

- あのデータベースが、丸ごとダウンロード可能に！-