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全 696 件 (261件から265件)
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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
分子情報 HHDB 10.18908/lsdba.nbdc00495-001.V002

2012年までに登録されたPDBエントリから、水素を含む構造(中性子回折による構造と、分解能1.0Å以下のX線回折による構造)を自動選択し、情報を自動抽出。

PDB (Protein Data Bank)

登録されたPDBエントリから、水素を含む構造(中性子回折による構造と、分解能1.0Å以下のX線回折による構造)を自動選択し、情報を自動抽出

データ詳細 open_in_full
水素結合情報 HHDB 10.18908/lsdba.nbdc00495-002.V002

分子情報で選んだPDBエントリに含まれる水素結合の情報。水素結合は
A: Bに共有結合した原子
B: 水素原子(HまたはD)
C: 窒素、酸素または硫黄原子(N, O, S)
について、距離BCが2.7Å、2.6Å、3.1Å以内(それぞれCがN, O, Sの場合)で、かつ2つのベクトルABとBCがなす角が90度以内となる三原子A, B, Cを自動抽出している。
Aをドナー原子、Cをアクセプター原子と呼んでいる。
ドナー原子が炭素となる特殊な水素結合(C-H…X型)も含めていることに注意。

PDB

A: Bに共有結合した原子
B: 水素原子(HまたはD)
C: 窒素、酸素または硫黄原子(N, O, S)
について、距離BCが2.7Å、2.6Å、3.1Å以内(それぞれCがN, O, Sの場合)で、かつ2つのベクトルABとBCがなす角が90度以内となる三原子A, B, Cを自動抽出

データ詳細 open_in_full
Index to Chromosome numbers in Asteraceae Index to Chromosome numbers in Asteraceae 10.18908/lsdba.nbdc02601-001

このデータベースの名称がキク科植物の情報に限定しているような印象をあたえるが、キク目に含まれる13科(多くの科が研究者になじみが薄いため、代表的なキク科をdatabase名に使用)全部の分類・系統・進化の解明に必要な情報を集めたものです:ウリノキ科 (Alangiaceae)、アルセウオスミア科 (Alseuosmiaceae)、アルゴフィラ科 (Argophyllaceae)、キク科 (Asteraceae) 、カリケラ科 (Calyceraceae)、キキョウ科 (Campanulaceae)、カルポデタ科 (Carpodetaceae)、クサトベラ科 (Goodeniaceae)、ミツガシワ科 (Menyanthaceae)、ペンタフラグマタ科(Pentaphragmataceae)、フェリネ科(Phellinaceae)、ローセア科 (Rousseaceae)、スチリダ科 (Stylidiaceae) の植物名(学名、ラテン語)、科以下の分類ランク名 (亜科、連、亜連、属、種、亜種、変種)、染色体数、DNA量、核及び葉緑体DNAの塩基配列(genBank access番号)、 調査個体数、材料産地、繫殖方法、発表論文著者名、発表年、論文名、掲載誌名、巻号、ページを収録したデータベースです。

データ詳細 open_in_full
Event Ontology INOH 10.18908/lsdba.nbdc00107-003.V003

パスウェイのオントロジー。パスウェイ・サブパスウェイ・その他の生命現象を分類して、有向非巡回グラフ構造を構築するためのもの。

文献からのマニュアルキュレーション

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データ詳細 open_in_full
Event OntologyのLinkage画像ファイル INOH 10.18908/lsdba.nbdc00107-004.V003

Event OntologyのLinkage画像ファイル。
3,829個のPNGファイルをZIP形式で圧縮している。

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細