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生命科学系データベースアーカイブ

HHDB

水素結合情報

データ説明

info データ名 水素結合情報
info DOI 
info バージョン 
V2
V1-
info データ内容の説明 

分子情報で選んだPDBエントリに含まれる水素結合の情報。水素結合は
A: Bに共有結合した原子
B: 水素原子（HまたはD）
C: 窒素、酸素または硫黄原子(N, O, S)
について、距離BCが2.7Å、2.6Å、3.1Å以内（それぞれCがN,　O,　Sの場合）で、かつ２つのベクトルABとBCがなす角が90度以内となる三原子A, B, Cを自動抽出している。
Aをドナー原子、Cをアクセプター原子と呼んでいる。
ドナー原子が炭素となる特殊な水素結合（C-H…X型）も含めていることに注意。

info データファイル 
データファイル名:
hhdb_hbondinfo.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/hhdb/LATEST/hhdb_hbondinfo.zip
ファイルサイズ:
2.3MB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

PDB

info 解析方法 

A: Bに共有結合した原子
B: 水素原子（HまたはD）
C: 窒素、酸素または硫黄原子(N, O, S)
について、距離BCが2.7Å、2.6Å、3.1Å以内（それぞれCがN,　O,　Sの場合）で、かつ２つのベクトルABとBCがなす角が90度以内となる三原子A, B, Cを自動抽出

info データ件数 

75,360件

データ詳細

項目名項目の説明
Molecule No. 分子番号
Access Code アクセスコード
Hydrogen ID 水素原子のAtom ID
Acceptor ID アクセプター原子のAtom ID
Donor ID ドナー原子のAtom ID
Donor Chain ID ドナーChain ID
Donor Residue No. ドナー残基番号
Donor Insertion Code ドナーInsertion code
Donor Residue ID ドナー残基ID（残基の相対位置を求めるために与えた通し番号）
Donor Residue Name ドナー残基名（アミノ酸残基種）
Donor Residue Type ドナー残基タイプ（A：標準アミノ酸残基、W：水和水、H：水和水以外の非標準残基）
Donor Str. Type ドナー二次構造タイプ
Acceptor Chain ID アクセプターChain ID
Acceptor Residue No. アクセプター残基番号
Acceptor Insertion Code アクセプターInsertion code
Acceptor Residue ID アクセプター残基ID（残基の相対位置を求めるために与えた通し番号）
Acceptor Residue Name アクセプター残基名（アミノ酸残基種）
Acceptor Residue Type アクセプター残基タイプ（A：標準アミノ酸残基、W：水和水、H：水和水以外の非標準残基）
Acceptor Str. Type アクセプター二次構造タイプ
Hydrogen / Deuterium 軽水素、重水素の別（H, D）
Hydrogen Name 水素原子名
Alternative Locator Alternative locator
Hydrogen Temp. Factor 水素原子温度因子（Å^2）
Donor Element ドナー元素名
Donor Name ドナー原子名
Donor Temp. Factor ドナー原子温度因子（Å^2）
Donor Group ID ドナー官能基ID
Donor Group Name ドナー官能基名
Donor Alternative Locator ドナーAlternative locator
Acceptor Element アクセプター元素名
Acceptor Name アクセプター原子名
Acceptor Temp. Factor アクセプター原子温度因子（Å^2）
Acceptor Group ID アクセプター官能基ID
Acceptor Group Name アクセプター官能基名
Acceptor Alternative Locator アクセプターAlternative locator
Hydrogen Bond Distance 水素結合距離（Å、水素原子・アクセプター原子の間の距離）
Hydrogen Bond Angle 水素結合角度（度、ドナー原子・水素原子・アクセプター原子の間の角度）
Symmetry 対称（対称分子に対する水素結合の場合）
XY Distance ドナー原子からアクセプター原子までの距離
XH Distance ドナー原子から水素原子までの距離