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データ説明
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データ名
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水素結合情報
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00495-002.V002
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バージョン
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データ内容の説明
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<span style="color: #000000;" color="red">分子情報</span>で選んだPDBエントリに含まれる水素結合の情報。水素結合は
A: Bに共有結合した原子
B: 水素原子（HまたはD）
C: 窒素、酸素または硫黄原子(N, O, S)
について、距離BCが2.7Å、2.6Å、3.1Å以内（それぞれCがN, O, Sの場合）で、かつ２つのベクトルABとBCがなす角が90度以内となる三原子A, B, Cを自動抽出している。
Aをドナー原子、Cをアクセプター原子と呼んでいる。
ドナー原子が炭素となる特殊な水素結合（C-H…X型）も含めていることに注意。
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データファイル
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データファイル名 :
hhdb_hbondinfo.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
2.3MB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/hhdb_hbondinfo
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データ取得方法
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PDB
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解析方法
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A: Bに共有結合した原子
B: 水素原子（HまたはD）
C: 窒素、酸素または硫黄原子(N, O, S)
について、距離BCが2.7Å、2.6Å、3.1Å以内（それぞれCがN, O, Sの場合）で、かつ２つのベクトルABとBCがなす角が90度以内となる三原子A, B, Cを自動抽出
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データ件数
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75,360件
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データ詳細
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項目名
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項目の説明
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| Molecule No. |
分子番号 |
| Access Code |
アクセスコード |
| Hydrogen ID |
水素原子のAtom ID |
| Acceptor ID |
アクセプター原子のAtom ID |
| Donor ID |
ドナー原子のAtom ID |
| Donor Chain ID |
ドナーChain ID |
| Donor Residue No. |
ドナー残基番号 |
| Donor Insertion Code |
ドナーInsertion code |
| Donor Residue ID |
ドナー残基ID（残基の相対位置を求めるために与えた通し番号） |
| Donor Residue Name |
ドナー残基名（アミノ酸残基種） |
| Donor Residue Type |
ドナー残基タイプ（A：標準アミノ酸残基、W：水和水、H：水和水以外の非標準残基） |
| Donor Str. Type |
ドナー二次構造タイプ |
| Acceptor Chain ID |
アクセプターChain ID |
| Acceptor Residue No. |
アクセプター残基番号 |
| Acceptor Insertion Code |
アクセプターInsertion code |
| Acceptor Residue ID |
アクセプター残基ID（残基の相対位置を求めるために与えた通し番号） |
| Acceptor Residue Name |
アクセプター残基名（アミノ酸残基種） |
| Acceptor Residue Type |
アクセプター残基タイプ（A：標準アミノ酸残基、W：水和水、H：水和水以外の非標準残基） |
| Acceptor Str. Type |
アクセプター二次構造タイプ |
| Hydrogen / Deuterium |
軽水素、重水素の別（H, D） |
| Hydrogen Name |
水素原子名 |
| Alternative Locator |
Alternative locator |
| Hydrogen Temp. Factor |
水素原子温度因子（Å^2） |
| Donor Element |
ドナー元素名 |
| Donor Name |
ドナー原子名 |
| Donor Temp. Factor |
ドナー原子温度因子（Å^2） |
| Donor Group ID |
ドナー官能基ID |
| Donor Group Name |
ドナー官能基名 |
| Donor Alternative Locator |
ドナーAlternative locator |
| Acceptor Element |
アクセプター元素名 |
| Acceptor Name |
アクセプター原子名 |
| Acceptor Temp. Factor |
アクセプター原子温度因子（Å^2） |
| Acceptor Group ID |
アクセプター官能基ID |
| Acceptor Group Name |
アクセプター官能基名 |
| Acceptor Alternative Locator |
アクセプターAlternative locator |
| Hydrogen Bond Distance |
水素結合距離（Å、水素原子・アクセプター原子の間の距離） |
| Hydrogen Bond Angle |
水素結合角度（度、ドナー原子・水素原子・アクセプター原子の間の角度） |
| Symmetry |
対称（対称分子に対する水素結合の場合） |
| XY Distance |
ドナー原子からアクセプター原子までの距離 |
| XH Distance |
ドナー原子から水素原子までの距離 |
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